|
|
Bacterial Identifier: Accelerating Bacterial Genome Detection
Nejezchlebová, Julie ; Rychlík, Ivan ; Schwarzerová, Jana
Bacterial identification is crucial for effectively monitoring and controlling the spread of infectious diseases. In addressing this critical need, our study introduces an engineered application designed to expedite the analysis of bacterial sequencing data, thus providing a streamlined method for species identification. The Bacterial Identifier underwent thorough testing using a significant dataset obtained from the Veterinary Research Institute. Central to the app's functionality is the integration of three essential tools. Implemented through a cohesive bash script, these tools are seamlessly combined to ensure optimal performance and accuracy in bacterial identification. Furthermore, to enhance user experience, a userfriendly interface was developed using Python 3, facilitating intuitive navigation and efficient utilization of the application's capabilities.
|
|
|
Interspecific and intraspecific variation in gastrointestinal microbiota composition of parrots and its association with incidence of selected disorders
Černá, Kateřina ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Rychlík, Ivan (oponent)
Papoušci chovaní v zajetí mohou trpět různými poruchami trávení, metabolismu a chování. Výzkum posledních let ukázal, že tyto poruchy by mohly souviset se střevní mikrobiotou, buďto přímo, nebo přes osu mikrobiota-střevo-mozek. Přestože mnoho komerčních probiotických produktů určených papouškům inzeruje prospěšné vlivy na zažívání a duševní pohodu, tyto vlivy nejsou dostatečně podpořeny veřejně dostupnými vědeckými pracemi. Jejich existence je předpokládána spíše na základě znalostí o ose mikrobiota-střevo-mozek získaných ve studiích prováděných na drůbeži, myších a lidech. Papoušci se však od těchto modelových obratlovců významně liší morfologií trávicího traktu, i složením střevní mikrobioty. Tato práce měla za cíl popsat mezidruhovou a vnitrodruhovou variabilitu ve složení střevní mikrobioty papoušků, a propojit tuto variabilitu s incidencí osmi vybraných poruch chování a fyziologie. Složení střevní mikrobioty 491 jedinců 85 druhů papoušků bylo analyzováno pomocí 16S rRNA metabarcodingu. Druh hostitele, typ potravy, a prostředí chovného zařízení byly identifikovány jako hlavní faktory ovlivňující diverzitu a složení střevní mikrobioty papoušků. Silnější fylogenetický signál byl zaznamenán u orální mikrobioty než u mikrobioty trusu. Byly popsány některé bakterie vyskytující se u většiny jedinců...
|
|
|
Impact of a hospital palliative care team on costs and quality of care of patients at the end of life.
Křemenová, Zuzana ; Rychlík, Ivan (vedoucí práce) ; Merta, Miroslav (oponent) ; Bužgová, Radka (oponent)
Souhrn Tato disertační práce srovnává péči v závěru života v nemocnici při zapojení paliativní péče a bez ní. Druhá část práce se zaměřuje na zlepšení kvality života nemocných používáním nástrojů s využitím pacientem reportovaných dat. Používání těchto nástrojů je doporučováno k rutinnímu klinickému hodnocení obtíží pacienta. Cíl Cílem první studie je srovnání kvality péče a nákladovosti terminální hospitalizace při zapojení paliativní péče a bez ní. Cílem druhé studie je provést překlad, kulturní adaptaci a validaci nástroje IPOS-renal, co je nástroj používaný k reportování potíží pacientů s pokročilým chronickým onemocněním ledvin. Metodika První studie byla deskriptivní studií případů a kontrol. Sledovali jsme rozdíl v denních hospitalizačních nákladech mezi skupinou pacientů zemřelých bez paliativní intervence a s ní. Jako sekundární výsledky jsme srovnávali skupiny v trvání hospitalizace, v dnech strávených v intenzivní péči, užití intravenózních antibiotik, CT/MR vyšetření, onkologické léčby, dokumentaci preferencí a limitace péče a podpory rodin umírajících. V druhé studii jsme přeložili IPOS-renal do češtiny a kulturně ho adaptovali s použitím kognitivního testování. V průběhu validační studie jsme testovali vnitřní konzistenci použitím Cronbach's alpha koeficientu, spolehlivost použitím intraclass...
|
|
| |
|
|
Biopsie ledvin u diabetiků, porovnání morfologie a klinického nálezu
Kruntorád, Vít ; Rychlík, Ivan (vedoucí práce)
Zpracování diplomové práce může studentovi přinést mnoho prospěšných dovedností a užitečných znalostí. Záleží především na něm, kolik je připraven vložit času, energie a tvůrčího potenciálu. Mě se podařilo najít výjimečné téma práce, které se mi zároveň stalo velkou výzvou. Hlavní motivací bylo vědomí toho, že práce má jasný klinický smysl a snad i dopad. Diabetes mellitus (DM) je závažné onemocnění zásadně měnící dosavadní život nemocného. Dobrá kontrola a léčba choroby vyžaduje od nemocného disciplínu v životním stylu i respektování léčebných schémat. Avšak i při dobré kompenzaci diabetes může progredovat a snižovat tak kvalitu života postiženého. Jedná se hlavně o chronické komplikace, specifické pro toto onemocnění - tedy postižení oční, ledvinné a polyneuropatické. Tématem této práce je právě jedna z nejzávažnějších chronických komlikací diabetu, a to diabetická nefropatie. Snažili jsme se zmapovat situaci poškození ledvin u diabetiků, jeho závislost na vybraných klinických parametrech a některé prognostické parametry. Informace, které se nám podařilo shromáždit, budou dále použity v projektu České nefrologické společnosti (ČNS) v rámci Českého registru renálních biopsií (CRRB) - Renální biopsie u diabetiků, přehled výsledků v r. 1999-2003, který je finančně plně podpořen prostředky ČNS. CRRB je...
|
|
| |
|
|
Analýza expresse intracelulárního patogena Francisella tularensis kultivovaného za stresových podmínek a v průběhu interakce s hostitelskou buňkou
Lenčo, Juraj ; Stulík, Jiří (vedoucí práce) ; Rychlík, Ivan (oponent) ; Weiser, Jaroslav (oponent)
Studium patogeneze bakteriálních infekcí v současné době patří mezi oblasti biomedicínského výzkumu, kterým je věnována značná pozornost. Tento stav je zapříčiněn zejména stále se rozšiřující rezistencí na antibiotika a antimikrobiální chemoterapeutika, v druhé řadě se tak děje v důsledku reálné hrozby zneužití vysoce patogenních bakteriálních kmenů jako teroristických prostředků. Urychlení výzkumu patogeneze infekčních onemocnění spolu s vývojem účinnějších vakcín a pokrokem v oblasti rychlých detekčních a typizačních technologií jsou logickou odpovědí států západního světa na události z 11. září 2001. Poznatky o molekulární patogenezi infekčních chorob mohou vést k objevu nových farmakologických cílů nebo ke konstrukci účinnějších a bezpečnějších vakcín pro aktivní či pasivní imunizaci. Významným zdrojem informací o molekulární patogenezi bakteriálních infekcí je mimo jiné studium reakcí mikroba na prostředí, se kterým se setkává v průběhu interakce s hostitelským organizmem. Evoluce této interakce se z pohledu hostitelských organizmů nesla ve znamení neustálého zdokonalování strategií, jak se účinně bránit vzniku bakteriální infekce, nebo strategií, které vedou k eliminaci infekce. Na straně mikroorganizmů mezitím docházelo ke zdokonalování nástrojů, jak zmiňované mechanizmy přežít či obejít....
|
|
|
Molekulární markery ovlivňující přežití transplantované ledviny a progresi glomerulopatií
Brabcová, Irena ; Viklický, Ondřej (vedoucí práce) ; Jirsa, Milan (oponent) ; Rychlík, Ivan (oponent)
Na progresi chronických glomerulopatií, i na odhojování transplantované ledviny má vliv řada prozánětlivých cytokinů, jejichž role v patogenezi poškození není dosud detailně popsána. Cílem této disertační práce bylo identifikovat spolehlivé markery rizika progrese renální dysfunkce a přispět tak k efektivnější léčbě pacienta. Analyzovány byly vzorky biopsií nativních ledvin s histologicky potvrzenou glomerulopatií a biopsií ledvinných štěpů. Intrarenální genové exprese byly měřeny metodou RT- qPCR, jednonukleotidové polymorfizmy detekovány metodami založenými na PCR-RFLP. Pro hodnocení mononukleárního infiltrátu bylo využito imunohistochemické barvení. Na naměřených datech byla provedena statistická analýza. V době diagnózy IgA nefropatie byla zjištěna korelace genových transkriptů TGF-β1, HGF, BMP7, MCP-1 a RANTES a mononukleárního infiltrátu se sníženou renální funkcí a proteinurií. Ve dvouletém sledování závisela progrese IgAN na tíži chronické vaskulopatie a na míře exprese genu pro TGF-1. Pacienti po transplantaci ledviny s dysfunkcí štěpu a zvýšenou intrarenální expresí genu pro TGF-1 a MCP-1 měli zkrácenou dobu přežívání transplantované ledviny. V době biopsie měli pacienti s dysfunkcí štěpu upregulovány také mRNA genů pro IL- 10, TGF-1, IL-6, MCP-1, RANTES a TNF-. Míra tubulitidy ve...
|
|
|
Markery ovlivňující průběh IgA nefropatie.
Neprašová, Michaela ; Maixnerová, Dita (vedoucí práce) ; Dusilová Sulková, Sylvie (oponent) ; Rychlík, Ivan (oponent)
IgA nefropatie (IgAN) je celosvětově nejčastější primární glomerulonefritida s velmi závažnou prognózou, způsobuje selhání ledvin až u 50 % nemocných v průběhu 30 let. Pro stanovení diagnózy IgAN je nezbytné provedení renální biopsie, která je jako invazivní vyšetření spojena s řadou rizik pro pacienta (nejčastější je krvácení a jiné). Cílem naší práce bylo stanovit markery, které usnadní diagnózu a mohou pomoci při stanovení aktivity choroby, s odhadem prognózy a následným optimálním nasazením účinné terapie. V pilotním projektu jsme u 19 pacientů s různými typy glomerulonefritid (IgAN, diabetická nefropatie, membranózní glomerulonefritida, lupusová nefritida, ANCA asociovaná vaskulitida) a 19 zdravých kontrol prokázali panel 7 biomarkerů (8-hydroxyguanosin, dodekanal, leukotrien C4, alfa1-antitrypsin, heparan sulfát, IgA-uromodulin, Gd-IgA1), které byly schopny zcela odlišit pacienty s IgAN od nemocných s jiným typem glomerulonefritid či zdravých kontrol. V souboru 93 českých pacientů s IgAN jsme potvrdili vliv klinických faktorů (PU, HT, eGFR) na progresi funkce ledvin. Pomocí LDA a logistického regresního modelu jsme zjistili korelaci Gd-IgA1 naměřeného v séru nativně bez předléčení neuraminidázou s renální funkcí a u pacientů se stabilní renální funkcí jsme potvrdili nízké sérové hladiny...
|
|
|
Vliv transplantační léčby na komplikace diabetu
Bouček, Petr ; Pelikánová, Terezie (vedoucí práce) ; Vondra, Karel (oponent) ; Rychlík, Ivan (oponent)
Mikroangiopatické (retinopatie, nefropatie, neuropatie) a makroangiopatické komplikace jsou nejdůležitějšími příčinami morbidity a mortality diabetických nemocných. Hlavními cíli disertační práce bylo zhodnocení vlivu orgánové transplantace pankreatu s následnou normalizací glukózového metabolismu na vývoj diabetické neuropatie tenkých vláken u diabetu 1. typu a srovnání efektu transplantace ledviny na prognózu nemocných s diabetem 2. typu a osob bez diabetu. U nemocných s diabetem 1. typu byly po kombinované transplantaci ledviny a pankreatu prospektivně sledovány vybrané funkční parametry autonomního nervstva (testy kardiovaskulárních reflexů a spektrální analýza variability srdeční tepové frekvence) a denzita epidermálních nervových vláken v kožních biopsiích. U pacientů s diabetem 2. typu bylo po transplantaci ledviny retrospektivně hodnoceno přežívání nemocných a štěpů a vznik komplikací v porovnání s kontrolním souborem osob bez diabetu. U transplantovaných nemocných s diabetem 1. typu byly v době transplantace přítomny těžké formy diabetické neuropatie a u žádného z hodnocených parametrů nedošlo po transplantaci pankreatu s dlouhodobou hyperglykémií k významnému zlepšení, což svědčí pro ireverzibilní strukturální změny v oblasti tenkých nervových vláken. U nemocných s diabetem 2. typu se přežívání...
|
host ::
RSS.