|
|
Detection of subpopulation-specific neuronal membrane molecules using single-cell expression data
Zátko, Matěj ; Modrák, Martin (vedoucí práce) ; Kubovčiak, Jan (oponent)
Single-cell RNA sekvenování nám umožňuje zkoumat genovou expresi na nebývalé úrovni. Informace o transkripci genů v jednotlivých buňkách může poukázat na dříve nerozpoznatelné rozdíly a pomoci nám odhalit nové buňečné typy. Zde jsme použili exis- tující single-cell RNA datasety k nalezení populačně-specifických membránových proteinů u populací myších neuronů. Tyto membránové proteiny by mohly být později využity k zacílení léčby na konkrétní neuronové populace. Nejprve jsme identifikovali 5 vhodných single-cell datasetů. Následně jsme, na základě předchozích testů, porovnali stávající metody pro analýzu diferenciální exprese, techniku, která zkoumá rozdíly v expresi genů mezi buňkami. Na závěr jsme k identifikaci populačně-specifických membránových pro- teinů v datasetech použili Wilcoxonův test. 1
|
|
|
Transcriptional changes associated with melanoma resistance to small inhibitor treatment
Dorčáková, Terézia ; Kolář, Michal (vedoucí práce) ; Modrák, Martin (oponent)
Malignı' melanom je agresivnı' kozňı' na'dor s rostoucı' incidencı' a, v pokrocˇily'ch sta'diı'ch, omezeny'mi le'cěbny'mi vy'sledky. Hlavnı' onkogennı' zmeňou u melanomu je mu- tacňı' aktivace proteinu B-Raf, s prěvla'dajı'cı' mutacı' V600E, ktera' se vyskytuje v 60% prˇı'padu˚ a hyperaktivuje signa'lnı' dra'hu ERK. Tato kaska'da proteinkina'z Raf, MEK a ERK je nedı'lnou soucˇa'stı' evolucňeˇ konzervovane' signa'lnı' sı'teˇ, ktera' umozňˇuje eukary- oticky'm bunˇka'm vnı'mat ru˚zne' extracelula'rnı' signa'ly. Tyto proteinkina'zy se postupneˇ navza'jem aktivujı' a prěva'deˇjı' extracelula'rnı' signa'ly na bunečňou odpoveďˇ, jako je pro- liferace, diferenciace, zmeňy bunečňe'ho cyklu, apopto'za cˇi migrace buneˇk. U'strědnı' role dra'hy ERK v onkogenezi z nıúcˇinila jeden z cı'lu˚ terapeuticky'ch za'sahu˚ a inhibitory cı'lene' na mutovany' Raf byly schva'leny i pro le'cˇbu melanomu, naprˇ. vemurafenib cˇi dabrafenib. Tyto molekuly cı'lı' specificky na B-Raf(V600E) a vedly k revoluci v le'cˇbeˇ melanomu. Bo- huzěl takto cı'lenou le'cˇbu komplikuje schopnost na'dorovy'ch buneˇk zı'skat rezistenci. Cı'lem te'to pra'ce je studovat na transkripcňı' u'rovni vznik te'to rezistence u pacientu˚, kterˇı' na le'cˇbu odpovı'dajı' dobrě, a u tečh, jejichzˇ na'dory rezistenci zı'ska'vajı'...
|
|
|
Representation of chemical compounds and its utilization in similarity search
Škoda, Petr ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Brezovský, Jan (oponent) ; Modrák, Martin (oponent)
Běžnou součástí vývoje léčiv je virtuální screening, který využívá metod podobnostního modelování a vyhledávání. Tyto metody většinou nejsou specifické pro daný makromolekulární cíl, nabízí se tedy možnost implementace nových metod, jenž by se byly schopné na daný cíl adaptovat. Nové metody však trpí dalšími problémy jako je dostupnost či neodpovídajícím benchmarking. Hlavní potíže s benchmarkingem spočívají ve špatném výběru referenčních metod, nedostatečné reprodukovatelnosti výsledků a použití nestandardních datových sad pro testování. Tyto potíže jsou navíc běžné i u benchmarkových studií, jenž se zaměřují na standardizované porovnání metod. Z těchto důvodů nové metody nejsou schopny získat důvěru doménových expertů, kteří tak často pracují se staršími metodami. V této práci se zaměřujeme na výše uvedené problémy. Nejprve představíme nové adaptivní metody metody pro virtuální screening. Dále představíme námi navržený nástroj pro virtuální screening, jenž by měl zlepšit dostupnost nově navržených metod. Nakonec představíme naši benchmarkovací platformu a kolekci datových sad, jenž je použitelná pro reprodukovatelné hodnocení metod virtuálního screeningu.
|
host ::
RSS.