|
|
Odhad věku donora lidského biologického materiálu na základě metylace DNA
Matoušková, Laura ; Kulichová, Iva (vedoucí práce) ; Priehodová, Edita (oponent)
Metylace DNA představuje jednu z lidském těle mnoho úloh prostřednictvím umlčování genů a udržování genomové stability. Metylační změny průběhu života kumulují a současné studie poukazují to, že určitých chronologickým věkem. Metylační vzorec nemění pouze s přibývajícím věkem, může jej ovlivňovat i mnoho vnějších faktorů životním stylem a biogeografický původ jedinců. Proto je pro úspěšný odhad věku klíčové nalezení takových CpG úseků, které jsou pokud možno nezávislé na proměnných. Tato práce pojednává o problematice odhadu věku na základě analýzy metylace konkrétních lokusů DNA se zaměřením na ejí využití ve
|
|
|
Populace afrického sahelu pohledem fylogeografie euroasijských mtDNA haploskupin
Kulichová, Iva ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent)
Tato diplomová práce zkoumá dvě mtDNA haploskupiny eurasijského původu, jež se vyskytují v převážné míře u Fulbů, pastevců afrického sahelu. Na prvotní analýzu bylo využito 544 vzorků nepříbuzných fulbských jedinců. Tyto vzorky byly klasifikovány na základě hypervariabilního segmentu I (HVS-I) mtDNA do haploskupin a následně byly pro celogenomové sekvenování mtDNA vybrány konkrétní eurasijské haplotypy. Obdržené mito- genomy byly zařazeny do fylogenetických stromů a datovány. Ukázalo se, že patří do haploskupin U5b1b1b a H1ca1a s pravděpodobným původem na Pyrenejském poloostrově, zřejmě ve frankokantaberském refugiu, kde vznikli jejich předkové v pozdním glaciálu až v první polovině holocénu. Ti následně migrovali přes Gibraltarskou úžinu do severní Afriky a na Saharu, kde se utvářela proto-fulbská pastevecká populace. Lze také předpokládat, že jedna její část přišla do Afriky z Blízkého východu společně s hovězím dobytkem. V druhé polovině holocénu migrovala tato pastevecká populace z vysychající Sahary do sahelu. Patrně kvůli malému počtu migrujících žen byly do ní přijaty i ženy z lokálních subsaharských populací, což vysvětluje majoritní zastoupení západoafrických mtDNA haploskupin u dnešních Fulbů. Haploskupiny U5b1b1b a H1ca1a ale již zůstaly izolovány v jejich populaci.
|
|
|
Mutační rychlost a šíření lidských populací
Kulichová, Iva ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Šolc, Roman (oponent)
Tato práce se zaobírá odhadem mutační rychlosti DNA a jejím využitím na datování prvního osídlení Sahulu (Austrálie a Nové Guineje). V první části popisuje přímý postup pro odhad mutační rychlosti, který je založen na analýze rodokmenů a nepřímý postup založený na fylogenetické analýze. Zde jsou uvedeny i možné slabiny těchto dvou postupů, které skreslují výsledné hodnoty mutační rychlosti a proto je nutné je neopomíjet. Dále jsou popsány různé alternativy kalibrace přímého a nepřímého postupu pro odhad mutační rychlosti založené například na archeologických vzorcích. Následující část pojednává o charakteristických mutačních rychlostech mitochondriální a jaderné DNA odhadnutých přímým a nepřímým postupem. Rozdíl mezi rodokmenovou a fylogenetickou rychlostí je zejména u mitochondriální DNA, kde je připisován hlavně působení selekce. V druhé části práce je nastíněna evoluční cesta vedoucí k vzniku anatomicky moderního člověka na území Afriky a jeho rozšíření do Eurasie založené na fosilních nálezech datovaných před 45 000 lety. Zvláštní pozornost je věnována osídlování Sahulu a to z hlediska archeologického i molekulárního. Na základě kombinace těchto zdrojů informací se práce přiklání k názoru, že osídlení Sahulu proběhlo z Afriky podél jižního pobřeží Asie před 50 000 - 60 000 lety.
|
host ::
RSS.