|
|
Využití numerických reprezentací ve zpracování nukleotidových sekvencí
Košíček, Adam ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Převod sekvencí DNA na vhodnou reprezentaci je důležitou úkolem před samotným započetím analýzy a dalšího zpracování. Hlavním úkolem této práce bylo se seznámit s typy numerických a grafických reprezentací a jejich využitím pro analýzu DNA. Vzhledem k velkému množství metod a postupů, byly do této práce vybrány pouze některé. Některé metody nelze přímo klasifikovat jako numerické nebo grafické, protože obsahují možnost obojí reprezentace. Tyto metody byly zařazeny mezi grafické reprezentace. Pro vybrané metody byly vytvořeny fylogenetické stromy pro porovnání přesnosti. Závěrem práce je zhodnocení získaných výsledků.
|
|
|
Vyhledávání homologních genů
Lýčková, Veronika ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou homologních genů a popisem molekulárně biologických databází, které slouží k jejich vyhledávání a vzájemnému porovnávání. Mezi nejdůležitější instituce, které se zabývají správou dat a jejich analýzou, patří EBI, NCBI a CIB. Pro vyhledávání homologních genů je nejzásadnější NCBI – Národní centrum pro biotechnologické informace. Bližší pozornost je věnována vyhledávacím algoritmům homologních genů jako jsou například blastn a PatternHunter. Praktická část této diplomové práce je pak realizace algoritmu srovnávajícího dvě sekvence a nacházejícího homologní geny, a to jak na základě sekvence nukleotidů, tak aminokyselin. Výsledky z vytvořeného programu budou dále konfrontovány s výsledky z komerčně dostupných programů.
|
|
| |
|
|
Segmentace EEG signálů
Nečadová, Anežka ; Kozumplík, Jiří (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Předmětem této bakalářské práce je seznámení se signálem EEG. Jsou zde rozebrány jeho vlastnosti, použití a způsoby zpracování. Hlavní část se zabývá segmentací EEG signálu. Dvě metody segmentace jsou realizovány v programu Matlab, a to adaptivní segmentace na základě míry diference střední amplitudy a míry diference střední frekvence a adaptivní segmentace na základě míry diference odhadnuté z rychlé Fourierovy transformace. Funkčnost algoritmu je ověřena na reálných EEG signálech.
|
|
| |
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků z DNA sekvencí
Nerušil, Václav ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Diplomová práce ze věnuje vyhledáváním CpG ostrůvků z DNA sekvencí na základě analýzy DNA spektrogramu. První část práce, teoretická, se zabývá významem CpG ostrůvku a popisem algoritmů, které se využívají nebo byly navrženy k jejich vyhledávání. Na teoretických podkladech byly realizovány dva algoritmy založené na analýze DNA spektrogramu. Jeden založen na předpokladu, že oblast CpG ostrůvku má vyšší obsah cytosinu a guaninu než oblast mimo CpG ostrůvek, a druhý na předpokladu vyššího frekvenčního výskytu CG dinukleotidu v oblasti CpG ostrůvku. Algoritmy jsou realizovány prostřednictvím programovacího rozhraní MATLAB. Za účelem zhodnocení využitelnosti a účinnosti řešení, jsou dosažené výsledky na zvolených DNA sekvencí realizovaných algoritmů porovnány s výsledky dosažených vyhledávači CpG ostrůvku, které jsou volně dostupné na internetu.
|
|
|
Měření a analýza elektroencefalogramu
Klus, Michal ; Chmelař, Milan (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
První teoretická část studuje vznik a historii elektroencefalografie. Popisuje základní stavební část mozku, neouron, z anatomického a funkčního hlediska. Rozebírá princip vzniku elektrických potenciálů. Dále je uveden přehled s popisem alternativních diagnostických metod používaných pro vyšetření mozku a samotné vyšetření elektrické aktivity mozku. Jsou popsány typy používaných elektrod a jejich rozmístění. Závěr teoretické části se zabývá celkovým popisem EEG záznamu a charakteristikou jednotlivých typů vlnění. Praktická část popisuje samostatný pokus měření. Postup správného měření a získání potřebných dat. Převedení dat do požadovaného formátu. Vykreslení záznamu EEG, spektrální analýzu a brain mapping. To vše je zahrnuto ve vytvořeném programu analyza_EEG. Konec praktické části popisuje výstupy z vytvořeného programu při zkoumání vlastních naměřených dat.
|
|
|
Vyhledávání kódujících úseků pomocí analýzy DNA spektrogramu
Spíchalová, Barbora ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním kódujících úseků pomocí analýzy DNA spektrogramu. V teoretické části jsou popsány numerické reprezentace genomických dat, možnosti úprav sekvencí DNA a charakteristika metod pro vyhledávání kódujících úseků. Nejpoužívanější metodou pro zpracování DNA je diskrétní Fourierova transformace, díky které jsme schopni v sekvenci vyhledávat požadované úseky. Dále je uveden teoretický postup pro vytvoření spektrogramu a výčet vzorů z něj detekovatelných. Nabyté teoretické znalosti nám slouží k praktické realizaci konkrétních metod v programovém prostředí MATLAB. Vytvořili jsme program pro detekci kódujících úseků ze spektrogramu a nalezení jejich přesných pozic v sekvenci. Námi dosažené výsledky jsou v závěru porovnány s databází NCBI.
|
|
|
Porovnání metod pro konstrukci barevných DNA spektrogramů
Postránecká, Tereza ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Tato práce pojednává o možnostech konstrukce barevných DNA spektrogramů a o vzorech, které z nich detekujeme. Spektrogramy jako nástroje spektrální analýzy nám umožňují současný pohled na lokální frekvence napříč celou nukleotidovou sekvencí. Jsou vhodné pro identifikaci genů či jejich regionů, určování globálních vlastností celých chromozomů, ale také dávají možnost objevit nové dosud neznámé regiony s potenciálním významem. Za účelem takovéto analýzy DNA lze použít techniky číslicového zpracování signálů. Jejich použití však musí předcházet metody konvertování DNA sekvence do numerické reprezentace. Výběr správné numerické reprezentace ovlivní, jak dobře budou dané biologické vlastnosti reflektovány v numerickém zápisu potřebném pro další použití v analýze zpracování signálů.
|
|
|
Adaptivní segmentace EEG signálů
Balcarová, Anežka ; Kozumplík, Jiří (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Tato práce je zaměřena na signál EEG, především na segmentaci signálu a dále také na zpracování signálu, které této segmentaci předchází. Je zde nastíněna problematika stacionarity signálu a vyzdvižena důležitost adaptivní segmentace. Principy základních metod adaptivní segmentace jsou vysvětleny a dvě popsané metody jsou také dále zpracovány v prostředí Matlab tak, aby byla možná segmentace vybraného kanálu EEG. Vliv volby parametrů (mezní hodnota segmentace a délka okna) na signál je taktéž názorně ukázán. Mezní hodnota je stanovena pomocí bílého šumu.
|
host ::
RSS.