|
|
DNA replication and chromatin: From 3D to function
Ligasová, Anna ; Koberna, Karel (vedoucí práce) ; Cmarko, Dušan (oponent) ; Nedvídek, Josef (oponent)
V první části jsme charakterizovali uspořádání replikačních míst u lidské buněčné linie HeLa. V souladu s dalšími studiemi jsme na světelně-mikroskopické úrovni detekovali v průběhu S fáze pět odlišných replikačních vzorů. Na elektron-mikroskopické úrovni jsme v časné S fázi pozorovali shluky postříbřených zlatých částic, které odpovídaly místům DNA replikace. V pozdějších částech S fáze jsme pozorovali velká uskupení částic, která byla složena z jejich menších shluků. Tyto shluky vykazovaly podobnou velikost jako shluky v časné S fázi. Rovněž jejich počet byl v časné a střední S fázi podobný. Mírný pokles jsme pozorovali až v pozdní S fázi. Pomocí tomografické analýzy jsme zjistili, že většina pozorovaných replikačních míst odpovídá jednotlivým replikonům. Naše výsledky rovněž ukázaly, že replisomy zůstávají v průběhu replikace replikonu těsně spojené. I když se naše výsledky týkají pouze lidské buněčné linie HeLa, podobný způsob uspořádání replisomů byl zjištěn i u prokaryot a kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Proto předpokládáme, že toto uspořádání replisomů je pravděpodobně obecným rysem DNA replikace. Mimoto jsme navrhli model, ve kterém jsou ramena DNA smyčky vzniklé v průběhu replikace spojené a to pravděpodobně až do skončení replikace celého replikonu. Naše výsledky rovněž ukazují, že na úrovni...
|
|
|
Targeting DNA and DNA synthesis in situ
Strunin, Dmytro ; Koberna, Karel (vedoucí práce) ; Hocek, Michal (oponent) ; Forstová, Jitka (oponent)
Práce je zaměřena na vývoj a aplikaci nových metod detekce DNA a její syntézy in situ. V jejím průběhu byly vyvinuty 3 metodické pří- stupy, které výrazně usnadňují detekce buněčné DNA a současně popsány mechanismy cytotoxického působení 2'-deoxy-5-etynyluridinu. Vyvinuté přístupy představují důležitý nástroj pro studium replikace a opravných mechanismů DNA, studium mitochondriální DNA a rov- něž analýzu buněčné proliferace. První část práce je věnována po- pisu nové metody detekce 5-bromo-2'-deoxyuridinu inkorporovaného do nově syntetizované DNA pomocí monovalentních iontů mědi v přítomnosti kyslíku. Tato metoda je využitelná jak v případě detekce jaderné syntézy, tak mitochondriální syntézy DNA. V další části je popsána metoda vysoce efektivní detekce jaderné a mitochondri- ální DNA. Třetí metoda se zabývá eliminací nespecifických vazeb pro- tilátek namířených proti 5-bromo-2'-deoxyuridinu s 2'-deoxy-5-etynyluridinem. Tuto metodu lze s výhodou využít ve studiích, ve kterých je nezbytné použití dvou po sobě jdoucích pulzních značení. Postup je založen na využití nefluorescenčních azido molekul. Závěrečná část práce je za- měřena na cytotoxicitu 2'-deoxy-5-etynyluridinu a jeho metabolický účinek. 1
|
|
|
DNA replication and chromatin: From 3D to function
Ligasová, Anna ; Koberna, Karel (vedoucí práce) ; Cmarko, Dušan (oponent) ; Nedvídek, Josef (oponent)
V první části jsme charakterizovali uspořádání replikačních míst u lidské buněčné linie HeLa. V souladu s dalšími studiemi jsme na světelně-mikroskopické úrovni detekovali v průběhu S fáze pět odlišných replikačních vzorů. Na elektron-mikroskopické úrovni jsme v časné S fázi pozorovali shluky postříbřených zlatých částic, které odpovídaly místům DNA replikace. V pozdějších částech S fáze jsme pozorovali velká uskupení částic, která byla složena z jejich menších shluků. Tyto shluky vykazovaly podobnou velikost jako shluky v časné S fázi. Rovněž jejich počet byl v časné a střední S fázi podobný. Mírný pokles jsme pozorovali až v pozdní S fázi. Pomocí tomografické analýzy jsme zjistili, že většina pozorovaných replikačních míst odpovídá jednotlivým replikonům. Naše výsledky rovněž ukázaly, že replisomy zůstávají v průběhu replikace replikonu těsně spojené. I když se naše výsledky týkají pouze lidské buněčné linie HeLa, podobný způsob uspořádání replisomů byl zjištěn i u prokaryot a kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Proto předpokládáme, že toto uspořádání replisomů je pravděpodobně obecným rysem DNA replikace. Mimoto jsme navrhli model, ve kterém jsou ramena DNA smyčky vzniklé v průběhu replikace spojené a to pravděpodobně až do skončení replikace celého replikonu. Naše výsledky rovněž ukazují, že na úrovni...
|
|
|
Transport of ribosomal RNA within the nucleolus
Staněk, David ; Koberna, Karel ; Pliss, Artem ; Čtrnáctá, Vlasta ; Malínský, Jan ; Mašata, Martin ; Večeřová, Jaromíra ; Raška, Ivan
In the present study, we have explored the fact that incorporation of BrU into prerRNA did not interfere with pre-rRNA processing (11) and we have investigated the transport of non - isotopically labeled RNA within the nucleolus by means of transmissiion electron microscopy and confocal laser scanning microscopy.Within 20 minutes, BrU - labeled nucleolar RNA moved from the transcription sites in nucleolar DFC to GC. Double localization of bromouridine labeled RNA and fibrillarin revealed that only a ppart of the fibrillarin rich domains were transcriptionally active.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.