|
|
Using tree edit distance to model structural similarity of RNA molecules
Hromada, Tomáš ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Škoda, Petr (oponent)
Výzkum v oblasti ribonukleových kyselin (RNA) získává na popularitě s postupujícím rozšiřováním našich znalostí o jejich funkcích. Nicméně, abychom mohli správně prozkoumávat nové struktury, potřebujeme robustní výpočetní nástroje odhalující různé vlastnosti. Jeden z takových nástrojů je strukturní superpozice, metoda sloužící k zarovnání dvou struktur a ohodnocení jejich podobnosti. Superpozice struktur se dá použít na terciální RNA struktury pro vizuální porovnání, shlukování či určení jejich funkcí. Cílem této práce je prezentovat nový přístup k získávání superpozice RNA struktur za použití sekundárních RNA struktur a jejich vazeb na stromy. Algoritmy pro stromovou editační vzdálenost jsou použity a je ukázán souhrn metod pro generování superpozice z vypočítaných stromových podobností. Tato metoda je zarovnána do kontextu existujících prací a její přesnost je porovnána s nejlepšími aktuálními metodami pro strukturní superpozici. Implementace je přístupná na https://github.com/gyfis/rawted.
|
|
|
Generating Side Quests for RPG Games From Hand-Crafted Building Blocks
Hromada, Tomáš ; Černý, Martin (vedoucí práce) ; Chrpa, Lukáš (oponent)
Počítačové RPG hry často obsahují vedlejší mise, které jsou kratší a nevztahují se k hlavnímu příběhu, a které dávají hráči větší pocit volnosti a více možností na zvolení své vlastní cesty ve hře. Aby tato funkce byla dobrá, je potřeba mít ve hře větší množství vedlejších misí. Nahrazení ručně vytvořených misí těmi generovanými je jedna z možností, jak tento cíl ulehčit, nicméně současné pokusy o generování misí vedly k vytvoření misí jednoduchých a opakujících se. Cíl této práce je prozkoumat odlišný přístup k tomuto problému, a to systém generující vedlejší mise z ručně vytvořených stavebních bloků. Tato práce obsahuje abstraktní popis systému spolu s konkrétní implementací, včetně metod použitých k evaluaci dané implementace. Systém byl evaluován na skupině hráčů, která generované mise hodnotila podobně jako ty ručně vytvořené.
|
host ::
RSS.