|
|
Detekce a filtrace chimér v amplikonové sekvenaci
Heřmánková, Kristýna ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Chimérické sekvence jsou častým artefaktem vyskytujícím se v sekvenačních datech po amplifikaci vzorků polymerázovou řetězovou reakcí. Výskyt těchto artefaktů může výrazně znehodnotit výsledky prováděné analýzy. Proto je detekce a následná filtrace chimérických sekvencí nezbytným krokem ve výpočetním zpracování sekvenačních dat. Součástí této práce je vysvětlení mechanismu vzniku těchto artefaktů a také možnosti omezení jejich výskytu. Cílem této práce je realizace algoritmu pro detekci a filtraci chimér v jazyce R a následné testování úspěšnosti algoritmu na vlastních datech poskytnutých Výzkumným ústavem veterinárního lekařství v Brně.
|
|
|
The Pathway Analysis of Tepidimonas taiwanensis LMG 22826T, Polyhydroxyalkanoate and Alkaline Protease Producer
Heřmánková, Kristýna ; Sedlář, Karel
The complete genome sequence of thermophilic type strain Tepidimonas tawanensis LMG 22826T confirmed the previous statement of high biotechnological potential of this bacterium that is besides reported alkaline protease production capable of polyhydroxyalkanoates (PHA) synthesis. Here, we present further descriptive analysis based on pathways detection and consequently understanding of some significant properties that can be used for possible modeling purposes. In total, 108 biological pathways were detected, phaCAB operon and granule-associated proteins - phasins were found and butanoate pathway comparison with other PHA producing bacteria was provided as well as simplified PHA synthesis pathway was introduced.
|
|
|
Využití Modifikované Frenchayské škály u pacientů se spastickou parézou po cévní mozkové příhodě
Heřmánková, Kristýna ; Krulová, Anna (vedoucí práce) ; Angerová, Yvona (oponent)
Tato bakalářská práce se věnuje popisu Modifikované Frenchayské škály a jejímu využití u pacientů se spastickou parézou po cévní mozkové příhodě. Práce je rozdělena do dvou částí - teoretické a praktické. V teoretické části je blíže popsána problematika spastické parézy u pacientů po cévní mozkové příhodě. Jsou zde uvedeny a podrobně popsány způsoby vyšetření a hodnocení spasticity. Velká část je věnována historii vzniku Frenchayského testu paže a jeho modifikace - Modifikované Frenchayské škály. Teoretická část také obsahuje popis fází a typů úchopu, z nichž některé můžeme při vyšetření pomocí Modifikované Frenchayské škály pozorovat. Praktická část obsahuje dotazníkové šetření mapující situaci na pracovištích v České republice, která ve své praxi Modifikovanou Frenchayskou škálu používají a dvě kazuistiky pacientů po cévní mozkové příhodě. V kazuistikách jsou aplikována vyšetření a hodnocení spasticity popsané v teoretické části, včetně Modifikované Frenchayské škály. Praktická část také obsahuje vyhodnocení inter-rater reliability Modifikované Frenchayské škály. Hlavní přínos práce spočívá ve vytvořeném manuálu k Modifikované Frenchayské škále a ve vyhodnocení její inter-rater reliability. Manuál obsahuje popis pomůcek, jejich rozmístění před pacientem, vyšetřované antagonistické svalové skupiny a...
|
|
|
The Effect Of Quality Trimming On Joining Paired-End Reads In Microbiome Data Analysis
Heřmánková, Kristýna
The main goal of microbiome research is to determine the microbial composition of atarget sample. In successfully performed research, a cause of a disease can be found or pathogensin an environmental sample can be revealed. The correct evaluation of microorganisms present inthe analysed sample is therefore required, but unfortunately not that often reached. The accuracy ofthe resulting composition can be affected already in pre-processing steps of the analysis. The frequentissue that can negatively affect the reliability of research is data loss. This loss is most commonin the case of the paired-end reading method. The occurrence of data loss can be caused by theneed of joining this pair of sequences into one continuous sequence. The need of joining reads withlow-quality ends together can lead to counts reduction of sequences in an available dataset, andtherefore unrealistic results can be obtained. This paper shows, how quality trimming can affect thenumber of lost sequences during the reads joining step.
|
|
|
Detekce a filtrace chimér v amplikonové sekvenaci
Heřmánková, Kristýna ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Chimérické sekvence jsou častým artefaktem vyskytujícím se v sekvenačních datech po amplifikaci vzorků polymerázovou řetězovou reakcí. Výskyt těchto artefaktů může výrazně znehodnotit výsledky prováděné analýzy. Proto je detekce a následná filtrace chimérických sekvencí nezbytným krokem ve výpočetním zpracování sekvenačních dat. Součástí této práce je vysvětlení mechanismu vzniku těchto artefaktů a také možnosti omezení jejich výskytu. Cílem této práce je realizace algoritmu pro detekci a filtraci chimér v jazyce R a následné testování úspěšnosti algoritmu na vlastních datech poskytnutých Výzkumným ústavem veterinárního lekařství v Brně.
|
|
|
Pracovní doba, její trvání a rozvržení
Heřmánková, Kristýna ; Štefko, Martin (vedoucí práce) ; Hůrka, Petr (oponent)
Svoji diplomovou práci jsem rozdělila do osmi kapitol, přičemž stěžejní je kapitola druhá s názvem: "Pracovní doba, její trvání a rozvržení". Tato kapitola sleduje systematické členění, které nám dává zákoník práce s akcentem položeným na právní úpravě ES. Pracovní doba jako celek neprodělala úplně zásadní změnu s přijetím nového zákoníku práce v roce 2006, změny se týkají spíše terminologie, přesnějších definic některých pojmů a plné harmonizace s právem Evropské unie, a hlavním kladem je komplexnější úprava, neboť obsahuje oblast dříve upravenou v mnoha právních předpisech různé právní síly. Některé dílčí problémy však nově upraveny byly. Jedná se 0 definici pracovní doby, kdy nově je pracovní dobou nejen doba, ve které je zaměstnanec povinen vykonávat pro zaměstnavatele práci, ale i doba, v níž je zaměstnanec připraven k výkonu práce podle pokynů zaměstnavatele. Zákoník práce je nyní založen na principu "co není zakázáno, to je dovoleno". Do pracovní doby se také nezapočítávají poskytnuté přestávky na jídlo a oddech. Změny přinesl nový zákoník práce také v úpravě institutu pružného rozvržení pracovní doby, kdy bylo ujasněno, že pružné rozvržení pracovní doby lze používat při rovnoměrném i nerovnoměrném rozvržení pracovní doby. Pracovní pohotovostí je nově doba, v níž je zaměstnanec připraven lc...
|
|
|
Využití Modifikované Frenchayské škály u pacientů se spastickou parézou po cévní mozkové příhodě
Heřmánková, Kristýna ; Krulová, Anna (vedoucí práce) ; Angerová, Yvona (oponent)
Tato bakalářská práce se věnuje popisu Modifikované Frenchayské škály a jejímu využití u pacientů se spastickou parézou po cévní mozkové příhodě. Práce je rozdělena do dvou částí - teoretické a praktické. V teoretické části je blíže popsána problematika spastické parézy u pacientů po cévní mozkové příhodě. Jsou zde uvedeny a podrobně popsány způsoby vyšetření a hodnocení spasticity. Velká část je věnována historii vzniku Frenchayského testu paže a jeho modifikace - Modifikované Frenchayské škály. Teoretická část také obsahuje popis fází a typů úchopu, z nichž některé můžeme při vyšetření pomocí Modifikované Frenchayské škály pozorovat. Praktická část obsahuje dotazníkové šetření mapující situaci na pracovištích v České republice, která ve své praxi Modifikovanou Frenchayskou škálu používají a dvě kazuistiky pacientů po cévní mozkové příhodě. V kazuistikách jsou aplikována vyšetření a hodnocení spasticity popsané v teoretické části, včetně Modifikované Frenchayské škály. Praktická část také obsahuje vyhodnocení inter-rater reliability Modifikované Frenchayské škály. Hlavní přínos práce spočívá ve vytvořeném manuálu k Modifikované Frenchayské škále a ve vyhodnocení její inter-rater reliability. Manuál obsahuje popis pomůcek, jejich rozmístění před pacientem, vyšetřované antagonistické svalové skupiny a...
|
host ::
RSS.