|
|
Detection of Similar Binding Sites in Protein Structure Databases
Telčer, Jakub ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Galgonek, Jakub (oponent)
Vyhodnocování podobnosti protein-ligand vazebných míst je důležité v mnoha oblastech, jako je výzkum nových využití stávajících léčiv nebo evoluční studie. Nejmodernější současné přístupy dosahují dobrých výsledků, ale pracují pouze s definovanými vazebnými místy, což není možné v nepředzpracovaných pro- teinových databázích. Pokud tato místa nejsou známá, je nejprve nutné prohledat proteinové struktury nástroji pro jejich predikci. To významně navyšuje cenu velkých databází podobných vazebných míst. Tato práce se zaměřuje na popis stávajících metod pro hodnocení podobnosti protein-ligand vazebných míst a zkoumá možnosti rychlého vyhledávání podobných míst ve velkých databázích příbuzných struktur. Je zde navržena jednoduchá metoda umožňující rychlejší než lineární vyhledávání bez nutnosti predikce potenciálních vazebných míst. Předběžné výsledky naznačují, že tento přístup je hoden další pozornosti, ačkoliv je stále zapotřebí více vhledu do dané problematiky.
|
|
|
Srovnání podobností hmotnostních spekter a struktur malých molekul
Malíčková, Viktorie ; Galgonek, Jakub (vedoucí práce) ; Škrhák, Vít (oponent)
Metody pro měření podobnosti hmotnostních spekter a struktur malých molekul jsou důležité pro pokroky v lékařské chemii, farmakologii a metabolomice. Mezi běžně využívané metody pro porovnání hmotnostních spekter molekul patří kosinová podobnost. Jedná se o míru podobnosti mezi dvěma nenulovými vektory, která měří kosinus úhlu mezi nimi. Porovnání hmotnostních spekter molekul umožňuje vyhledávání v databázích molekul, klastrování spekter a vyhledávání ve spektrálních knihovnách. Strukturní podobnost se pak měří na základě nejrůznějších molekulárních fungerprintů, jako jsou například Daylight fingerprint, RDKit fingerprint, Atom-Pair Fingerprint, Topological Torsion Fingerprint, Extended-Connectivity Fingerprint a další. Tyto fingerprinty jsou pak porovnávány pomocí koeficientů podobnosti. Zmíněné metody pro porovnávání struktur a hmotnostních spekter molekul lze aplikovat pomocí bioinformatických knihoven RDKit a CDK pro generování a analýzu strukturních fingerprintů a knihovny matchms pro porovnání hmotnostních spekter. Práce poskytuje teoretický přehled jak molekulárních deskriptorů, zahrnující rozmanité typy molekulárních fingerprintů a techniky pro měření strukturní podobnosti, tak principu hmotnostní spektrometrie a přístupu k porovnání hmotnostních spekter. Praktická část práce je zaměřena na...
|
|
|
Vulnerability Reports Analysis and Management
Domány, Dušan ; Toropila, Daniel (vedoucí práce) ; Galgonek, Jakub (oponent)
Různé slabiny v softvérových produktech můžou často představovat značnou bezpečnostní hrozbu jestliže jsou objeveny nebezpečnými útočníky. Je proto důležité tyto slabiny identifikovat a ohlásit jejich existenci zodpovědným osobám dřív než jsou zneužity nebezpečnými subjekty. V průběhu posledního desetiletí počet bezpečnostních hlášení o objevených slabinách v různých softvérových produktech rapidně vzrostl. Stává se stále naročnejším zpracovávat všechny tyto hlášení manuálně. Tato práce rozebírá různé metody, které je možné použít pro automatizaci několika důležitých procesů při sbíraní reportů a jejich třídení. Reporty jsou analyzované různými způsoby, které zahrnují techniky text miningu, a výsledky této analýzy jsou aplikovány ve formě praktické implementace.
|
|
|
Diakritizace českého textu
Dušek, Boris ; Skopal, Tomáš (vedoucí práce) ; Galgonek, Jakub (oponent)
Předmětem této práce je implementace aplikace pro diakritizaci textu psaného česky. Aplikace používá pro predikci hledaného slova slovník a učení. Aplikace obsahuje jednak konzolový mód, kdy je text převeden automaticky, a jednak GUI mód, který umožňuje zpětnou vazbu a uživatele textem upozorňuje na konflikty a nabízí pravděpodobná řešení.
|
|
|
Inteligentní vyhledávač letenek
Hiekeová, Margaréta ; Skopal, Tomáš (vedoucí práce) ; Galgonek, Jakub (oponent)
Predmetom práce je implementácia internetovej aplikácie na vyhľadávanie leteniek formou metavyhľadávača. Na rozdiel od triviálnej funkcionality komerčných aplikácií, ktoré vyhľadávajú iba lety medzi konkrétnymi destináciami, táto aplikácia umožňuje vyhľadávanie typu "let začína do 300 km od Prahy a končí do 500 km od Neapola". Napájanie na zdroje informácií o letenkách je riešené modulárnou architektúrou. Aplikácia získava dáta z jednotlivých zdrojov paralelne. Na letové informácie je možné počkať alebo sa k nim neskôr vrátiť, pretože aplikácia si uchováva históriu. Obsahom práce je i programátorská a užívateľská dokumentácia.
|
|
|
Dotazovací jazyky pro Sémantický web
Galgonek, Jakub ; Yaghob, Jakub (vedoucí práce) ; Vojtáš, Peter (oponent)
Myšlenka Sémantického webu přináší potřebu vytvářet a uchovávat metadata o dokumentech či obecně zdrojích a následně také v těchto metadatech vyhledávat. Existující dotazovací jazyky pro Sémantický web jsou však buď příliš slabé a nebo mají složitou syntaxi či sémantiku. Cílem této práce je srovnat existující dotazovací jazyky pro Sémantický web a navrhnout jazyk vlastní hlavně s přihlédnutím na jeho výrazovou sílu. Srovnání jazyků je prováděno srovnáváním jejich přístupů k jednotlivým oblastem problematiky dotazování, jakými jsou základní výběr dat, schopnost vybrat data s rekurzivně definovanou strukturou, vytváření dat, způsob práce s anonymními uzly a další. Na základě tohoto srovnání je navržen jazyk Tequila, který je založen na pojmenovaných vzorech a umožňuje obecnou rekurzi. Tato práce dále ukazuje způsob použití jazyka Tequila a na praktických příkladech ho srovnává s ostatními dotazovacími jazyky.
|
|
|
Data Profiling
Hladíková, Radka ; Kyjonka, Vladimír (vedoucí práce) ; Galgonek, Jakub (oponent)
Název práce: Data Profiling Autor: Radka Hladíková Katedra (ústav): Katedra softwarového inženýrství (KSI) Vedoucí diplomové práce: Ing. Vladimír Kyjonka e-mail vedoucího: Vladimir.Kyjonka@cze.sas.com Abstrakt: Diplomová práce se zabývá problematikou datové kvality a data profilingem. Práce analyzuje a shrnuje problematiku datové kvality, datových defektů, procesu datové kvality, měření kvality dat a data profilingu. Hlavním tématem je data profilig jako proces zkoumání dat dostupných v existujících zdrojích dat a vytváření statistik a informací o těchto datech. Je zde navrhnut systém pro vyhodnocování stavu dat z hlediska jejich kvality. Práce se zaměřuje na měření obecných charakteristik dat, sledování datových defektů a jejich analýzu. Pro reálná data je navrhnut a za pomocí SW datové kvality realizován systém pro vyhodnocení datové kvality. Klíčová slova: datová kvalita, data profing, metrika datové kvality, DataFlux
|
|
|
WIWIL - social network for traverels
Ončo, Martin ; Vrána, Jakub (vedoucí práce) ; Galgonek, Jakub (oponent)
Každým dňom rastie počet ľudí využívajúcich sociálne siete, kde si vytvárajú svoju sieť priateľov z rôznych oblastí záujmu. Navzájom sa tak delia o svoje zážitky, vymieňajú si skúsenosti a cenné rady. Cieľom práce je implementovať sociálnu sieť pre cestovateľov. Sieť umožní milovníkom cestovania vytvárať si mapu s označenými lokalitami, ktoré navštívili. K týmto lokalitám si budú môcť písať cestopisy, deliť sa o ne so svojimi priateľmi alebo ich verejne publikovať. Sociálna sieť bude určená taktiež pre cestovné kancelárie. Z ich prof ilu budú odosielané ponuky zájazdov do vybraných užívateľských schránok. WIWIL - sociálna sieť pre cestovateľov bude programovaná v jazyku PHP a bude využívať služby už existujúcej siete Facebook.
|
|
|
Similarity Search in Protein Structure Databases
Galgonek, Jakub ; Skopal, Tomáš (vedoucí práce) ; Porto, Markus (oponent) ; Svozil, Daniel (oponent)
Proteiny patří mezi nejdůležitějších biopolymery, nebot' v organismu zastáva- jí nejrůznější životně důležité funkce. Jejich funkční rozmanitost je umožněna především jejich velkou strukturní rozmanitostí. Navíc se ukazuje, že proteiny sdílející podobnou strukturu sdílí také jiné vlastnosti (např. funkci, evoluční původ, atd.). Proto je studiu proteinových struktur a možnosti identifikovat podobné struktury věnována taková pozornost. V této práci představujeme systém umožňující podobnostní vyhledávání v databázích proteinových struktur. Tento systém, pro danou dotazovou struk- turu, vyhledá v databáze ty struktury, které jsou dotazu strukturně podobné. Systém se skládá z několika klíčových částí. Byla navržena vlastní podob- nostní míra umožňující měřit podobnost mezi dvojicí proteinových struk- tur. Speciálně pro tuto míru byla vytvořena přístupová metoda založená na metrické přístupové metodě LAESA. Přístupová metoda umožňuje hle- dat podobné struktury mnohem rychleji, než by to bylo možné sekvenčním procházením databáze. Pro dosažení dalšího urychlení byly obě části parale- lizovány, přičemž se podařilo dosáhnout téměř lineárního zrychlení. Poslední částí je...
|
|
|
Similarity Search in Protein Structure Databases
Galgonek, Jakub
Proteiny patří mezi nejdůležitějších biopolymery, nebot' v organismu zastáva- jí nejrůznější životně důležité funkce. Jejich funkční rozmanitost je umožněna především jejich velkou strukturní rozmanitostí. Navíc se ukazuje, že proteiny sdílející podobnou strukturu sdílí také jiné vlastnosti (např. funkci, evoluční původ, atd.). Proto je studiu proteinových struktur a možnosti identifikovat podobné struktury věnována taková pozornost. V této práci představujeme systém umožňující podobnostní vyhledávání v databázích proteinových struktur. Tento systém, pro danou dotazovou struk- turu, vyhledá v databáze ty struktury, které jsou dotazu strukturně podobné. Systém se skládá z několika klíčových částí. Byla navržena vlastní podob- nostní míra umožňující měřit podobnost mezi dvojicí proteinových struk- tur. Speciálně pro tuto míru byla vytvořena přístupová metoda založená na metrické přístupové metodě LAESA. Přístupová metoda umožňuje hle- dat podobné struktury mnohem rychleji, než by to bylo možné sekvenčním procházením databáze. Pro dosažení dalšího urychlení byly obě části parale- lizovány, přičemž se podařilo dosáhnout téměř lineárního zrychlení. Poslední částí je...
|
host ::
RSS.