|
|
Analysis of single-cell genomic data of Saccinobaculus sp.
Gajdošová, Petra ; Treitli, Sebastian Cristian (vedoucí práce) ; Kolísko, Martin (oponent)
Pokrok v metodách jednobuněčné genomiky a metagenomiky nám umožňuje prozk- oumat nekultivovatelné organizmy mnohem podrobněji. V této práci se zaměřujeme na sestavení genomu a genetický kód druhu Saccinobaculus ambloaxostylus ze skupiny oxymonád, který obývá zadní střevo dřevožravých švábů rodu Cryptocercus. Pomocí celogenomové amplifikace jsme získali sekvenční data tří vybraných buněk S. ambloax- ostylus. Získaná data byla použita k sestavení genomu za použití programu SPAdes. Sestavený genom byl následně rozdělen do přihrádek "košů" a dekontaminován, abychom odstranili potenciální bakteriální nebo eukaryotickou kontaminaci. Po dekontaminaci a opětovném sestavení genomu jsme získali genom s celkovou délkou ∼417Mbp, který byl distribuován mezi ∼185 tisíc fragmentů. I přes to, že jsme získali jenom částečný genom s předpokládanou úplností 13,71%, jsme se pokusili určit genetický kód, který používá S. ambloaxostylus. K tomu jsme vymodelovali 33 genů z různých metabolických drah. Porovnáním genových modelů a konzervovaných úseků u homologických proteinů příbuzných oxymonád jsme odhadli, jaké aminokyseliny kódují kanonické stop kodony. Naše výsledky naznačují, že tento organizmus používá genetický kód č. 6 známý napřík- lad u nálevníků, ve kterém jsou stop kodony UAA a UAG přeloženy jako glutamin....
|
|
| |
|
|
Structural identification of protein-DNA interactions using machine learning
Gajdošová, Petra ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Feidakis, Christos (oponent)
Interakcie DNA a proteínov sú dôležitou súčasťou bunky a bunečného cyklu. Aby sme mohli predikovať ich interakcie mali by sme poznať štruktúru DNA a proteínov. Pre predikciu interakcií sme zvolili strojové učenie, ktoré má adekvátne výsledky v oblasti biologickej predikcie. V tejto práci používame a upravujeme P2Rank pre predikciu DNA väzobných miest na povrchu proteínu. P2rank bol pôvodne navrhnutý pre predikciu väzobných miest ligandov. Rovnako sme pripravili popis existujúcich metód pre predikciu DNA väzobných miest. Návrhy nových vlastností pre predikciu väzobných miest je súčasťou popisu P2Rank.
|
|
|
Analysis of the use of potentially inappropriate cardiovascular drugs in seniors in acute care in the project EUROAGEISM H2020
Gajdošová, Petra ; Fialová, Daniela (vedoucí práce) ; Pokladníková, Jitka (oponent)
Názov Práce: Analýza užitia potencionálne nevhodných kardiovaskulárnych liečiv u seniorov v akútnej starostlivosti v projekte EUROAGEISM H2020 Autor: Petra Gajdošová Katedra: Katedra sociální a klinické farmacie Vedúci diplomovej práce: doc. PharmDr. Daniela Fialová, Ph. D. ABSTRAKT ÚVOD: Starnutie populácie je celosvetovým problémom, na ktorý je potrebné pripraviť zdravotne-sociálne systémy všetkých krajín vrátane Českej republiky (ČR). Predpokladá sa, že v roku 2050 bude v ČR každý tretí občan starší než 65 rokov. Skupina seniorov je charakteristická vysokou polymorbiditou a polyfarmakoterapiou. Práve preskripcia liečiv je u seniorov veľmi komplikovaná aj kvôli odlišnej reakcii na liečiva v dôsledku zmien prebiehajúcich behom starnutia (na úrovni farmakodynamiky a farmakokinetiky i homeostázy. Z týchto dôvodov postupne vznikali špecifické doporučenia, ako vyberať a dávkovať liečivá v starobe a boli vytvorené explicitné kritéria potencionálne nevhodných liečiv (PIMs, z angl. potentially inappropriate medications) ako screeningové nástroje s pomocou ktorých sa dajú identifikovať základné negeriatrické farmakoterapeutické postupy. Táto diplomová práca (DP) si za cieľ kládla pomocou najznámejších explicitných kritérií určiť prevalenciu PIMs z kardiovaskulárneho (KVS) systému v českom súbore seniorov v akútnej...
|
|
| |
|
|
Aromatické sloučeniny obsažené v mátě zjištěné metodou plynové chromatografie
Gajdošová, Petra
U druhů Mentha x piperita, Mentha spicata a Mentha longifolia pěstovaných na pozemcích Mendelovi univerzity v Lednici na Moravě, byla hodnocena morfologická stavba a obsah aromatických látek u druhu Mentha x piperita a Mentha spicata. Při hodnocení morfologických znaků byly nalezeny velké rozdíly mezi druhy, a také byly zjištěny rozdíly v rámci druhu. Potvrdilo se, že rod Mentha je velmi variabilní druh. Obsah a složení aromatických látek ve výtlačku z rostlin Mentha x piperita a Mentha spicata byly zkoumány pomocí metody SPEM-GC/MS. Hlavními složkami u druhu Mentha x piperita byly: (-)-menthol, linalol, (Z)-á-farnesene, eugenol, á-pinene, (z)-citral, limonene, linalool, (E)-2-hexanal, 3-octanone, 3-methyl-1-butanol, methyl acetate. U druhu Mentha spicata měly nejvyšší obsah látky: (-)-menthol, linalol, (Z)-á-farnesene, (z)-citral, á-pinene, eugenol, á-citronellol, (E)-2-hexanal, 3-octanone, 3-methyl-1-butanol, methyl acetate. Nejvýznamnější a nejvíce dominantní aromatickou sloučeninou byl menthol.
|
|
| |
host ::
RSS.