|
|
The role of nuclear-encoded subunits of cytochrome c oxidase in mitochondrial metabolism
Čunátová, Kristýna ; Pecina, Petr (vedoucí práce) ; Gahura, Ondřej (oponent) ; Ugalde, Cristina (oponent)
V mitochondriích, takzvaných 'buněčných elektrárnách', probíhá integrální metabolická dráha oxidační fosforylace, jež v buňkách zajišťuje produkci většiny energie. Savčí cytochrom c oxidáza, neboli cIV, je nezbytnou terminální oxidázou pro funkci systému oxidační fosforylace, ale také pro regulaci celého procesu k zajištění energie za daných podmínek. cIV je proteinový komplex sestavený z podjednotek kódovaných jaderným i mitochondriálním genomem, proto jeho biogeneze představuje komplikovaný proces vyžadující koordinaci mnoha dějů nezbytných k sestavení plně funkčního enzymu. Mimo to, sestavení cIV z jednotlivých isoforem jaderně- kódovaných podjednotek umožňuje funkční nastavení enzymu v závislosti na daných podmínkách. Navzdory dokladům o důležitosti správného sestavení cIV za fyziologických i patologických podmínek, úloha jaderně-kódovaných podjednotek není stále zcela objasněna. V této práci byly nejprve studovány isoformy podjednotky COX4, které vykazují expresi závislou na tkáni a koncentraci kyslíku. Pro tento účel byly využity HEK293 buněčné modely s výhradní expresí samotných isoforem COX4I1 nebo COX4I2. Zajímavým výsledkem bylo zjištění, že COX4I2 isozym vykazoval nižší afinitu ke kyslíku, což může hrát významnou roli v regulaci aktivity cIV za hypoxie a v mechanismu detekce koncentrace...
|
|
| |
|
|
Regulace cofilinu signální drahou ERK
Rasl, Jan ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce) ; Gahura, Ondřej (oponent)
Cofilin je malý aktin vazebný protein, který se účastní polymerace a depolymerace aktinových vláken. Cofilin se účastní celé řady buněčných procesů, kde je vyžadována přestavba aktinového cytoskeletu, jako například buněčné dělení a buněčná migrace. V tomto ohledu má buňka řadu vzájemně propojených signálních drah, které umožňují přesnou a také dynamickou regulaci aktivity cofilinu. Jednou z těchto drah je i signální MAP-kinázová kaskáda ERK (extracellular signal-regulated kinase). Ačkoliv dodnes nejsou zcela známé molekulární mechanizmy, kterými signální kaskáda ERK reguluje aktivitu cofilinu, tak se zdá, že signální kaskáda ERK reguluje cofilin hlavně skrze regulaci malých GTPáz rodiny Rho. Signální kaskáda ERK dokáže modulovat činnost Rho GTPáz na mnoha úrovních, od úrovně regulátorů aktivity Rho GTPáz, jako jsou proteiny GAP (GTPase activating protein) a GEF (guanine nucleotide exchange factor), až po úroveň efektorů Rho GTPáz. Signální kaskáda ERK využívá dva základní mechanizmy pro modulaci aktivity těchto signálních drah. První mechanizmus je na transkripční a translační úrovni, kdy signální kaskáda ERK indukuje či reprimuje transkripci a následně i translaci klíčových regulačních proteinů. Druhý mechanizmus je mnohem dynamičtější a odehrává se na úrovni posttranslačních modifikací, a to...
|
|
|
Role lipidových raftů při průniku adenylátcyklázového toxinu Bordetella pertussis cytoplasmatickou membránou
Chvojková, Věra ; Šebo, Peter (vedoucí práce) ; Gahura, Ondřej (oponent)
Bordetella pertussis způsobuje u lidí infekční onemocnění černý kašel. Tato gramnegativní bakterie produkuje adenylátcyklázový toxin (CyaA), což je člen rodiny RTX proteinů. Toxin váže CD11b/CD18 integrinový receptor myeloidních fagocytů a dopravuje do jejich cytosolu enzym adenylátcyklázu, která po aktivaci kalmodulinem katalyzuje přeměnu ATP na důležitou signální molekulu cAMP. Tím dojde k rychlému nárůstu cAMP uvnitř buňky vedoucímu k narušení mikrobicidní schopnosti fagocytů. Nejnovější výsledky ukazují, že translokace katalytické adenylátcyklázové domény napříč buněčnou membránou probíhá ve dvou krocích. Po úvodní vazbě CyaA na toxinový receptor nastane nejprve toxinem zprostředkovaný vtok vápenatých iontů do buňky, což indukuje přesun toxin-receptorového komplexu do lipidového raftu, kde dojde k translokaci adenylátcyklázové domény přes cytoplasmatickou membránu. Objevením tohoto dvoukrokového mechanismu bylo vytvořeno nové paradigma pro membránovou translokaci toxinů z rodiny RTX.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Regulation of pre-mRNA splicing in S. cerevisiae: where RNA cooperates with proteins.
Gahura, Ondřej ; Půta, František (vedoucí práce) ; Pospíšek, Martin (oponent) ; Staněk, David (oponent)
Ondřej Gahura, Dizertační práce 2011 Regulace sestřihu pre-mRNA v S. cerevisiae: kooperace RNA a proteinů Abstrakt Odstraňování intronů z transkriptů probíhá prostřednictvím sestřihu v reakci katalyzované velkým jaderným komplexem - spliceosomem. Sestřih je nesmírně komplikovaný a dynamický proces, v němž koordinované fungování pěti malých molekul RNA a řady proteinů zajišťuje splnění požadavků na extrémní přesnost a flexibilitu. Pro důkladné pochopení sestřihu pre-mRNA je nezbytné rozklíčovat role jednotlivých komponent spliceosomu a porozumět všem dílčím mechanismům. První část práce se zabývá rolí sestřihového faktoru Prp45 v kvasince Saccharomyces cerevisiae. Mapování genetických interakcí alely prp45(1-169) ukazuje na vztah mezi Prp45, NTC komplexem a druhým sestřihovým krokem. Analýza interakcí pomocí dvouhybridního systému a purifikace sestřihových komplexů dokladuje roli C-koncové části Prp45 v regulaci a/nebo vyvazování helikázy Prp22 do spliceosomu. Experimenty s reportérovými substráty prokazují, že Prp45 je vyžadován pro efektivní sestřih určité skupiny intronů. Naše pozorování podporují hypotézu, že role Prp45 v sestřihu je konzervována v evoluci. Druhá část práce je věnována studiu vlivusekundárních struktur intronů na identifikaci 3' sestřihových míst (3' splice site; 3'ss). Ukázali jsme, že...
|
host ::
RSS.