|
|
Detekce buněk ve snímcích zachycených pomocí mikroskopie
Hubálek, Michal ; Štursa, Dominik (oponent) ; Škrabánek, Pavel (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce bylo vytvořit aplikaci automaticky detekující zdravé buňky kardiomyocytů ze snímků zachycených konfokálním mikroskopem. Práce vznikla na základě konkrétních potřeb výzkumníků ze Slovenské akademie věd, kterým usnadní práci a ušetří čas, protože doposud musejí snímky vyhodnocovat a hledat vhodné buňky ručně. Pro detekci je použita konvoluční neuronová síť RetinaNet, která byla implementována do uživatelsky přívětivé desktopové aplikace. Aplikace také automaticky zaznamenává a ukládá souřadnice detekovaných buněk využitelné pro snímání buněk ve vyšší obrazové kvalitě. Další výhodou vytvořené aplikace je univerzálnost, která umožňuje natrénovat detekci i na jiných datech, čímž je použitelná i na dalších detekčních projektech. Výsledkem práce je funkční, samostatně spustitelná a intuitivní aplikace, která je připravena k použití výzkumníky.
|
|
|
Počítání charakteristických šupin ještěrky obecné v barevných obrazech
Maršala, Štěpán ; Štursa, Dominik (oponent) ; Škrabánek, Pavel (vedoucí práce)
V diplomové práci je popsán návrh a implementace programu pro počítání sekundárních šupin v obrazových datech ventrálních stran těl ještěrek obecných. Program respektuje požadavky vědců z Ústavu biologie obratlovců Akademie věd ČR a Pedagogické fakulty Masarykovy univerzity na ovladatelnost a na přesnost výsledků. Program se skládá z několika částí. Na vstupu přijímá fotografie ještěrek obecných, ve kterých vyřízne zájmovou oblast. Orientaci těchto výřezů unifikuje pomocí detekovaných objektů. Detekci objektů zajišťuje YOLOv4. Další část programu zvaná Centroid detektor určuje v unifikovaných výřezech pozice středů sekundárních šupin. Tato část využívá konvoluční neuronové sítě U-Net, která je speciálně modifikovaná pro detekci středů objektů v těsné blízkosti. Poslední části programu rozdělí detekované pozice středů šupin na levou a pravou sekundární řadu a zapíší jejich počty do výstupního souboru.
|
|
|
Počítání charakteristických šupin ještěrky obecné v barevných obrazech
Maršala, Štěpán ; Štursa, Dominik (oponent) ; Škrabánek, Pavel (vedoucí práce)
V diplomové práci je popsán návrh a implementace programu pro počítání sekundárních šupin v obrazových datech ventrálních stran těl ještěrek obecných. Program respektuje požadavky vědců z Ústavu biologie obratlovců Akademie věd ČR a Pedagogické fakulty Masarykovy univerzity na ovladatelnost a na přesnost výsledků. Program se skládá z několika částí. Na vstupu přijímá fotografie ještěrek obecných, ve kterých vyřízne zájmovou oblast. Orientaci těchto výřezů unifikuje pomocí detekovaných objektů. Detekci objektů zajišťuje YOLOv4. Další část programu zvaná Centroid detektor určuje v unifikovaných výřezech pozice středů sekundárních šupin. Tato část využívá konvoluční neuronové sítě U-Net, která je speciálně modifikovaná pro detekci středů objektů v těsné blízkosti. Poslední části programu rozdělí detekované pozice středů šupin na levou a pravou sekundární řadu a zapíší jejich počty do výstupního souboru.
|
|
|
Detekce buněk ve snímcích zachycených pomocí mikroskopie
Hubálek, Michal ; Štursa, Dominik (oponent) ; Škrabánek, Pavel (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce bylo vytvořit aplikaci automaticky detekující zdravé buňky kardiomyocytů ze snímků zachycených konfokálním mikroskopem. Práce vznikla na základě konkrétních potřeb výzkumníků ze Slovenské akademie věd, kterým usnadní práci a ušetří čas, protože doposud musejí snímky vyhodnocovat a hledat vhodné buňky ručně. Pro detekci je použita konvoluční neuronová síť RetinaNet, která byla implementována do uživatelsky přívětivé desktopové aplikace. Aplikace také automaticky zaznamenává a ukládá souřadnice detekovaných buněk využitelné pro snímání buněk ve vyšší obrazové kvalitě. Další výhodou vytvořené aplikace je univerzálnost, která umožňuje natrénovat detekci i na jiných datech, čímž je použitelná i na dalších detekčních projektech. Výsledkem práce je funkční, samostatně spustitelná a intuitivní aplikace, která je připravena k použití výzkumníky.
|
host ::
RSS.