|
|
Mining novel terpene synthases from large-scale repositories
Čalounová, Tereza ; Pluskal, Tomáš (vedoucí práce) ; Štáfková, Jitka (oponent)
Terpeny a terpenoidy představují největší a strukturně nejrozmanitější skupinu přírodních látek s využitím v mnoha oborech, včetně farmaceutického průmyslu. Tyto molekuly jsou v přírodě syntetizovány enzymy známými jako terpen syntázy. V této práci byla provedena bioinformatická analýza kurátorované databáze obsahující všech 1125 experimentálně charakterizovaných terpen syntáz se zaměřením na identifikaci vzorců v délkách sekvencí a doménových architekturách těchto enzymů napříč různými říšemi života. Na základě poznatků této analýzy byl proveden sekvenčně založený mining s cílem identifikovat možné nové terpen syntázy. S využitím téměř 5,5 miliard proteinových sekvencí z různých rozsáhlých sekvenčních databází vedl mining k identifikaci více než 600 tisíc potenciálních terpen syntáz. Tyto potenciální terpen syntázy pocházejí převážně z bakterií a metagenomů, tedy ze zdrojů, které byly historicky méně zkoumány. Výsledný dataset, doplněný fylogenetickým stromem, sítí sekvenční podobnosti a dvěma skóre prioritizace, nabízí cenný zdroj pro objevování nových terpenů. Klíčová slova: terpen syntáza, TPS, mining, Pfam, SUPERFAMILY, doména, terpen
|
|
|
De novo transcriptomics and its use in non-model organisms
Čalounová, Tereza ; Pluskal, Tomáš (vedoucí práce) ; Svatoňová, Petra (oponent)
Rozvoj sekvenování druhé generace umožnil studium nemodelových organismů. Bez nutnosti mít referenční genom k dispozici, de novo transkriptomika umožňuje studium funkčních elementů genomů. Díky tomu je možné zkoumat komplexitu nemodelových organismů. Tato práce poskytuje ucelený přehled kroků de novo studia transkriptomů z pohledu bioinformatiky. Důraz byl kladen na teoretické základy i na praktické přístupy. Práce rovněž představí nové metody de novo transkriptomiky, které mohou v blízké budoucnosti začít dominovat. Praktická část práce představuje transXpress - pipeline pro de novo sestavování transkriptomů a jejich anotaci. Jeho použití je ukázáno na nemodelové rostlině pepřovníku dlouhém (Piper longum), který má medicinální potenciál. Klíčová slova: transkriptomika, de novo transkriptomika, transkriptom, RNA-Seq, nemodelový organismus, assembly
|
host ::
RSS.