|
|
Identification and characterization of flagellar tip proteins in Trypanosoma brucei
Pavlisková, Hana ; Varga, Vladimír (vedoucí práce) ; Čajánek, Lukáš (oponent) ; Hashimi, Hassan (oponent)
Distální konec eukaryotického bičíku je jednou z nejdůležitějších částí bičíku v mnoha eukaryotických buňkách. S distálním koncem bylo asociováno několik důležitých funkcí, avšak jeho proteinové složení zůstává záhadou. Hlavním cílem této dizertační práce je identifikovat a charakterizovat proteiny distálního konce eukaryotického bičíku. Využitím modelového organismu, Trypanosoma brucei, který je známý jako parazit, a TrypTag.org projektu, který má za cíl lokalizovat všechny protein-kódující geny v genomu tohoto modelového organismu, se nám podařilo identifikovat 78 proteinů, které lokalizují na distální konec bičíku T. brucei. Abychom mohli tyto kandidátní proteiny charakterizovat, bylo nutné zavést v naší laboratoři nové přístupy. Za prvé jsme vyvinuli protilátkové markery, které označují distální konec nově vznikajícího bičíku, přesněji konektor spojující bičíky. Za druhé jsme vyvinuli rychlý přístup bez klonování pro značení a inducibilní overexpresi trypanozomálních proteinů. Prokázali jsme, že tento přístup je vhodný jak pro overexpresi velkých proteinů, tak i proteinů distálního konce bičíku. To umožňuje studium fenotypů při overexpresi proteinů a generuje materiál pro purifikaci proteinů pro následnou biochemickou charakterizaci. Za třetí jsme optimalizovali ultra-expanzní mikroskopii,...
|
|
|
Searching for the common function of the BBSome across the evolution and development
Mašková, Kristýna ; Štěpánek, Ondřej (vedoucí práce) ; Čajánek, Lukáš (oponent)
BBSom je proteinový komplex, jehož funkce je spojena s ciliárním transportem. Bylo zjištěno, že BBSom je evolučně konzervován napříč organismy tvořícími cilie. Narušení BBSomu vede k ciliárním dysfunkcím a ovlivňuje i mnoho signálních drah. U člověka jsou genetické defekty BBSomu příčinou pleiotropického onemocnění, a to Bardet-Biedlova syndromu. BBSome je studován jednotlivě v mnoha modelových organismech a buněčných liniích za účelem pochopení molekulárních funkcí BBSomu. Tyto studie nebyly zatím porovnány, aby se zjistilo, zda existuje jednotná funkce BBSomu, která by mohla být důvodem jeho evoluční konzervovanosti mezi ciliárními organismy. V této bakalářské práci byly znalosti týkající se BBSomu shrnuty a porovnány za účelem identifikace domnělé jednotné funkce BBSomu mezi různými modelovými organismy a buněčnými typy. Zdá se, že nebyla nalezena funkce BBSomu, která by se dala označit za jednotnou funkci, důvodem je zřejmě mnoho specializovaných funkcí BBSomu v různých organismech a tkáních. Jediná vzdálená podobnost je BBSom dependentní retrográdní ciliární transport, který byl popsán ve většině studovaných modelových organismů a buněčných typů.
|
|
|
Stability of protein complexes in the cytoskeleton of the eukaryotic flagellum
Pružincová, Martina ; Varga, Vladimír (vedoucí práce) ; Čajánek, Lukáš (oponent)
Cília/bičík je komplexná organela vystupujúca z tela bunky, ktorá môže mať niekoľko funkcií, ako napríklad pohybovú, senzorickú alebo signálnu. Bičík je zostavený zo stoviek proteínov, ktorých väčšina tvorí kostru - mikrotubulárnu axonému. Pretože bičík neobsahuje ribozómy, proteíny, ktoré sa podieľajú na jeho stavbe a funkcii, musia byť dovážané z tela bunky a inkorporované na správne pozície. Navyše, tieto proteíny si musia zachovávať svoju funkciu počas dlhého obdobia, a to napriek tomu, že sú vystavené mechanickému a environmentálnemu stresu. Tieto skutočnosti vzbudzujú otázku, či a kde dochádza v bičíku k výmene proteínov. Predchádzajúce štúdie bičíkov na Chlamydomonas reinhardtii prezentovali, že bičík je dynamická štruktúra (Marshall & Rosenbaum, 2001). Naopak, štúdie na Trypanosoma brucei ukázali, že bičíky tohto organizmu sú pozoruhodne stabilné (Vincensini et al., 2018). Avšak to, akým spôsobom sa bičík vytvára a stabilizuje, bolo doteraz skúmané iba na veľmi malom počte proteínov a iba v krátkych časových intervaloch. Navyše, tieto experimenty využívali expresiu študovaných proteínov s neprirodzenými regulačnými mechanizmami. Na objasnenie detailov spôsobu fungovania proteínovej obmeny v bičíku bola v tejto práci použitá T. brucei. Jedným z dôvodov výberu tohto modelového organizmu bolo...
|
|
|
Stability of protein complexes in the cytoskeleton of the eukaryotic flagellum
Pružincová, Martina ; Varga, Vladimír (vedoucí práce) ; Čajánek, Lukáš (oponent)
Cília/bičík je komplexná organela vystupujúca z tela bunky, ktorá môže mať niekoľko funkcií, ako napríklad pohybovú, senzorickú alebo signálnu. Bičík je zostavený zo stoviek proteínov, ktorých väčšina tvorí kostru - mikrotubulárnu axonému. Pretože bičík neobsahuje ribozómy, proteíny, ktoré sa podieľajú na jeho stavbe a funkcii, musia byť dovážané z tela bunky a inkorporované na správne pozície. Navyše, tieto proteíny si musia zachovávať svoju funkciu počas dlhého obdobia, a to napriek tomu, že sú vystavené mechanickému a environmentálnemu stresu. Tieto skutočnosti vzbudzujú otázku, či a kde dochádza v bičíku k výmene proteínov. Predchádzajúce štúdie bičíkov na Chlamydomonas reinhardtii prezentovali, že bičík je dynamická štruktúra (Marshall & Rosenbaum, 2001). Naopak, štúdie na Trypanosoma brucei ukázali, že bičíky tohto organizmu sú pozoruhodne stabilné (Vincensini et al., 2018). Avšak to, akým spôsobom sa bičík vytvára a stabilizuje, bolo doteraz skúmané iba na veľmi malom počte proteínov a iba v krátkych časových intervaloch. Navyše, tieto experimenty využívali expresiu študovaných proteínov s neprirodzenými regulačnými mechanizmami. Na objasnenie detailov spôsobu fungovania proteínovej obmeny v bičíku bola v tejto práci použitá T. brucei. Jedným z dôvodov výberu tohto modelového organizmu bolo...
|
host ::
RSS.