|
|
Vývoj nových radikálových sond pro strukturní charakterizaci proteinů
Karpíšek, Michael ; Kukačka, Zdeněk (vedoucí práce) ; Chmelík, Josef (oponent)
Proteiny jsou důležité biomolekuly, které v buňce zastávají nespočet důležitých funkcí. Protože funkce těchto biomolekul často úzce souvisí s jejich strukturou, bylo vyvinuto mnoho technik sloužících ke studiu jejich trojrozměrného uspořádání, z nichž každá má své přednosti, ale také nevýhody. Chemické zesítění v kombinaci s hmotnostní spektrometrií, které využívá výhod hmotnostní spektrometrie ke strukturní charakterizaci analytu, je jednou z těchto metod. Přestože je tato metoda již dlouho známa, dosud nebylo vyvinuto činidlo vázající postranní řetězce všech proteinogenních aromatických aminokyselin. V této práci byla ověřena reaktivita nového síťovacího činidla, které by mělo selektivně modifikovat postranní řetězce aromatických aminokyselin a také aminokyseliny cysteinu. Toto činidlo bylo navrženo na základě prací s takzvanými Togniho činidly, která slouží k trifluoralkylaci aromátů. K optimalizaci vlivu různých podmínek na výtěžek reakce měřením intaktního proteinu elektrosprejovou ionizací byl vybrán apomyoglobin. Přístup zdola nahoru byl využit k nalezení postranních řetězců, na kterých došlo k modifikaci. Pro tento účel byl kromě apomyoglobinu vybrány proteiny RhoA a HSC70, které ve své struktuře obsahují cysteiny, které netvoří disulfidické můstky. Na základě obdržených dat byla potvrzena...
|
|
|
Vývoj nových tyrosin vázajících sond pro strukturní charakterizaci proteinů
Karpíšek, Michael ; Kukačka, Zdeněk (vedoucí práce) ; Talacko, Pavel (oponent)
Proteiny jsou základními stavebními kameny živých organismů. Jejich funkce je deter- minována jejich strukturou, a proto jejímu studiu je věnováno mnoho energie a pozornosti. Jednou z technik, která se při studiu struktury proteinů a biomolekul obecně používá, je technika chemického zesítění ve spojení s hmotnostní spektrometrií. Ačkoli bylo již vyvinuto mnoho činidel, většina z nich selektivně váže jen několik aminokyselin, jako jsou lysin, cystein, či kyseliny asparagová a glutamová. V naší práci jsme se zaměřili na vývoj činidel kovalentního značení, které by mohly vázat na tyrosin. Na modelových proteinech byl studován vliv činidel obsahující ve své struktuře ester N-hydroxysukcinimidu či imidazol a to při různých pH přístupy shora dolů (top down) a zdola nahoru (bottom up). Získaná data naznačují, že studovaná činidla mají různou reaktivitu i specifitu. Činidla obsahující imidazolovou skupinu tyrosin modifikovala více, nicméně rozdíly byly malé a vazba na tyrosin nebyla selektivní.
|
host ::
RSS.