|
|
Vývoj buněk neurální lišty u zebřičky Danio rerio
Psutková, Viktorie ; Machoň, Ondřej (vedoucí práce) ; Fabian, Peter (oponent) ; Svoboda, Ondřej (oponent)
Neurální lišta je populace volně migrujících buněk, kterou najdeme pouze u obratlovců. Buňky neurální lišty migrují do hlavové, srdeční a trupové oblasti těla, kde se přeměňují v různé buněčné typy. V případě hlavové neurální lišty se buňky diferencují mimo jiné i do chondrocytů a tenocytů. Právě tato unikátní vlastnost hlavové neurální lišty přinesla obratlovců evoluční novinku, lebku. V této práci se zaměřuje na vývoj hlavové neurální lišty a derivátů z ní odvozených u dánia pruhovaného (Danio rerio). Proudy hlavové neurální lišty se během migrace řídí antero-posteriorním nastavením těla daným hox geny. Samotný vývoj neurální lišty je řízen navzájem se ovlivňující sítí genů. Zde jsme se zaměřili na geny meis v rámci kraniofaciálního vývoje dánia. Ke studiu této problematiky jsme použili linie knock out (KO) mutantů pro každý paralog meis genu. Ze čtyř mutantů, meis1a, meis1b, meis2a, meis2b, pouze u meis1b KO a double meis1a1b KO mutantů dochází k deformaci hlavových chrupavek, derivátů neurální lišty. Tyto změny jsme identifikovali už během růstu chrupavek, avšak nikoliv na začátku vývoje během migrace neurální lišty do žaberních oblouků a následné kondenzace chondrocytů. Utváření obličejové části lebky tzv. viscerokrania je výsledkem provázanosti vývoje několika tkání. Jednou z těchto tkání...
|
|
| |
|
|
Určení levo-pravé asymetrie těla u obratlovců
Vrúbel, Matěj ; Soukup, Vladimír (vedoucí práce) ; Fabian, Peter (oponent)
Levo-pravá tělní osa je vedle osy dorso-ventrální a antero-posteriorní dozajista důležitou, ale zároveň nejvíce opomíjenou tělní osou bilaterálně symetrických živočichů. Asymetrické rozložení vnitřních orgánů podél této osy je životně důležité pro mnoho zástupců živočichů. U obratlovců dochází k ustavení této asymetrie v relativně časných embryonálních stádiích. Zásadní úlohu v tomto procesu má organizátor, který zodpovídá za správné ustavení levo-pravé tělní osy. Tento organizátor se u různých skupin obratlovců nachází na různých místech těla, a až na výjimky jsou tvořeny buňkami s pohyblivými ciliemi, které vytváří v organizátoru jednosměrný levotočivý proud extracelulárních tekutin. Tento proud je pravděpodobně vnímán buňkami, které obklopují levou stranu organizátoru. Tyto buňky reagují na výše zmíněný mechanický stimul spuštěním Nodal signální dráhy. Takto spuštěná signální kaskáda ústí v levostrannou expresi genu Pitx2, který specifikuje levou část embrya. V současné době se ukazuje, že úloha Nodal signální dráhy v určení levo-pravé asymetrie není společná jen obratlovcům, ale pravděpodobně i všem bilaterálně souměrným živočichům. U skupin obratlovců, kde chybí proud extracelulárních tekutin při určení levo-pravé asymetrie, je toto zajištěno alternativním způsobem. Tím je kupříkladu migrace...
|
|
|
The role of vent genes family in early development and brain development
Fabian, Peter ; Kozmík, Zbyněk (vedoucí práce) ; Němec, Pavel (oponent) ; Balaštík, Martin (oponent)
7 IV ABSTRAKT (CZECH) Centrální nervová soustava (CNS) je u všech strunatců odvozena z hřbetní strany vyvíjejícího se embrya. Postupným vlivem signalizace vzniká z hřbetní strany neurální ploténka, ze které se následně vyvine budoucí mozek spolu s neurální trubicí. Budoucí CNS je formována účinkem BMP/Smad signalizační dráhy z břišní části embrya směrem k hřbetní. Konzervovanou roli této BMP/Smad signalizační dráhy v průběhu evoluce zde ukazujeme potvrzením jejího vlivu při stanovení buněčného osudu v rámci tělní osy i v případě bazálního strunatce Branchiostoma floridae (kopinatce). U kopinatce vede farmakologická inhibice BMP/Smad signalizační dráhy k rozšíření exprese genů typických pro neurální ploténku a k dorzalizaci embrya, stejně tak jako u ryby Oryzias latipes (medaka). Poskytujeme důkaz přítomnosti pozitivní autoregulace BMP/Smad signalizační dráhy u kopinatce. Zároveň naše data naznačují možnost časného vzniku pozitivní autoregulace BMP/Smad signalizační dráhy jako klíčové události v evoluční historii stanovení buněčného osudu u strunatců. Tvorba dorso-ventrální osy těla je zprostředkovány geny genové rodiny vent, které jsou přímým cílem BMP/Smad signalizace. Ačkoliv je funkce genů genové rodiny vent jako transpčních faktorů v rámci časného embryonálního vývoje poměrně dobře popsána, jejich role...
|
|
|
Refaktorizace editoru stromů TrEd
Fabian, Peter ; Žabokrtský, Zdeněk (vedoucí práce) ; Kruliš, Martin (oponent)
Název práce: Refaktorizace editoru stromů TrEd Autor: Peter Fabian Katedra: Útav formální a aplikované lingvistiky Vedoucí diplomové práce: doc. Ing. Zdeněk Žabokrtský, Ph.D., Útav formální a aplikované lingvistiky Abstrakt: Cílem práce bylo refaktorizovat editor stromů TrEd, zlepšit tím jeho modularitu, usnadnit údržbu a další vývoj aplikace. Důraz byl také kladen na zachování rychlosti programu. Zdrojový kód TrEdu byl prozkoumán metodami statické a dynamické analýzy, které pomohly identifikovat problémová místa. Bylo vytvořeno 50 nových modulů a řesunuto značné množství kódu. Byla také vytvořena sada testů, zvolena pravidla pro psaní nového kódu a sepsána dokumentace části stávajícího kódu. Kód byl po refaktorizaci opětovně podroben kvalitativní i kvantitativní analýze a její výsledky byly porovnány se stavem před refaktorizací. Klíčová slova: Editor stromů TrEd, Perl, refaktorizace, analýza kódu
|
|
|
The role of vent genes family in early development and brain development
Fabian, Peter ; Kozmík, Zbyněk (vedoucí práce) ; Němec, Pavel (oponent) ; Balaštík, Martin (oponent)
7 IV ABSTRAKT (CZECH) Centrální nervová soustava (CNS) je u všech strunatců odvozena z hřbetní strany vyvíjejícího se embrya. Postupným vlivem signalizace vzniká z hřbetní strany neurální ploténka, ze které se následně vyvine budoucí mozek spolu s neurální trubicí. Budoucí CNS je formována účinkem BMP/Smad signalizační dráhy z břišní části embrya směrem k hřbetní. Konzervovanou roli této BMP/Smad signalizační dráhy v průběhu evoluce zde ukazujeme potvrzením jejího vlivu při stanovení buněčného osudu v rámci tělní osy i v případě bazálního strunatce Branchiostoma floridae (kopinatce). U kopinatce vede farmakologická inhibice BMP/Smad signalizační dráhy k rozšíření exprese genů typických pro neurální ploténku a k dorzalizaci embrya, stejně tak jako u ryby Oryzias latipes (medaka). Poskytujeme důkaz přítomnosti pozitivní autoregulace BMP/Smad signalizační dráhy u kopinatce. Zároveň naše data naznačují možnost časného vzniku pozitivní autoregulace BMP/Smad signalizační dráhy jako klíčové události v evoluční historii stanovení buněčného osudu u strunatců. Tvorba dorso-ventrální osy těla je zprostředkovány geny genové rodiny vent, které jsou přímým cílem BMP/Smad signalizace. Ačkoliv je funkce genů genové rodiny vent jako transpčních faktorů v rámci časného embryonálního vývoje poměrně dobře popsána, jejich role...
|
|
|
Refaktorizace editoru stromů TrEd
Fabian, Peter ; Žabokrtský, Zdeněk (vedoucí práce) ; Kruliš, Martin (oponent)
Název práce: Refaktorizace editoru stromů TrEd Autor: Peter Fabian Katedra: Útav formální a aplikované lingvistiky Vedoucí diplomové práce: doc. Ing. Zdeněk Žabokrtský, Ph.D., Útav formální a aplikované lingvistiky Abstrakt: Cílem práce bylo refaktorizovat editor stromů TrEd, zlepšit tím jeho modularitu, usnadnit údržbu a další vývoj aplikace. Důraz byl také kladen na zachování rychlosti programu. Zdrojový kód TrEdu byl prozkoumán metodami statické a dynamické analýzy, které pomohly identifikovat problémová místa. Bylo vytvořeno 50 nových modulů a řesunuto značné množství kódu. Byla také vytvořena sada testů, zvolena pravidla pro psaní nového kódu a sepsána dokumentace části stávajícího kódu. Kód byl po refaktorizaci opětovně podroben kvalitativní i kvantitativní analýze a její výsledky byly porovnány se stavem před refaktorizací. Klíčová slova: Editor stromů TrEd, Perl, refaktorizace, analýza kódu
|
|
|
Interactive Data Visualization Tool
Fabian, Peter ; Babka, Vlastimil (oponent) ; Parízek, Pavel (vedoucí práce)
Cílem této práce bylo navrhnout a vytvořit nástroj IVP pro interaktivní a snadnou práci s grafickou reprezentací statistických dat. Nástroj podporuje základní úpravy grafu a také operace, které jsou v existujících nástrojích těžko proveditelné, nebo tam chybí úplně. Důležitou vlastností nástroje je rozšiřitelnost - jednotlivé typy grafů a interaktivní operace jsou implementovány ve formě modulů, které jádru aplikace zprostředkovávají danou funkčnost. Součástí textu práce je popis implementace nástroje IVP, uživatelská dokumentace, a také přehled existujících nástrojů pro práci s grafy a jejich srovnání s nástrojem IVP.
|
|
| |
host ::
RSS.