|
| |
|
|
Preparation of a plasmid, its expression and preliminary isolation of MafK protein - the interacting partner of heme sensor Bach1
Mihalčin, Peter ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Stráňava, Martin (oponent)
Bakalárska práca Abstrakt Senzorové proteíny detekujúce hem sú skupina hemoproteínov, ktorým slúži hem ako signálna molekula. Asociácia alebo disociácia hemu a hem-detekujúceho senzorového proteínu má vplyv na reguláciu mnohých fyziologických procesov riadených týmito proteínmi. Príkladom je regulácia enzýmovej aktivity alebo génovej expresie. Predkladaná bakalárska práca sa zaoberá hemovým senzorovým proteínom Bach1 a jeho interakčným partnerom, transkripčným faktorom MafK. Bach1 patrí do skupiny transkripčných faktorov s represívnymi účinkami. Cieľovými génmi, ktoré Bach1 reguluje, sú gény enzýmu hemoxygenáza, ktorá riadi degradáciu voľného hemu v bunkách. Bach1 interaguje s nadbytkom voľného hemu v bunke. Táto interakcia inaktivuje represívny účinok Bach1 a v konečnom dôsledku je v prípade nadbytku voľného hemu hemoxygenáza exprimovaná. V medziach fyziologickej koncentrácie hemu v bunkách proteín Bach1 s hemom neinteraguje a väzbou na regulačné oblasti cieľových génov inhibuje ich expresiu. Bach1 sa dokáže viazať na DNA iba v kooperácii so svojim interakčným partnerom, transkripčným faktorom MafK. Teoretickú časť tejto bakalárskej práce tvorí zhrnutie doterajších poznatkov o transkripčných faktoroch Bach1, MafK, ich vzájomnej interakcii a väzbe na DNA ako aj neodmysliteľný vplyv hemu na ich spoločnú...
|
|
|
Působení inhibitorů V-ATPasy na chemorezistentní linie neuroblastomu in vitro
Honzejková, Karolína ; Eckschlager, Tomáš (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Nádorová onemocnění se řadí mezi nejčastější příčiny úmrtí na celém světě a přes velký pokrok v léčebných postupech v posledních padesáti letech se stále jedná o závažný zdravotní problém. Proto je stále soustředěno velké úsilí na vývoj nových protinádorových léků a terapeutických přístupů. Neuroblastom (NBL) je nejčastější nádorové onemocnění u kojenců a čtvrté nejčastější u dětí. Úspěšnou léčbu značně komplikuje jeho heterogenita. Při chemoterapii je nežádoucím jevem léková rezistence. Jedním z mechanismů chemorezistence je akumulace slabě bazických protinádorových léčiv v lysosomech. Tato práce se zabývá měřením lysosomálního "uptaku" těchto látek v neuroblastomových buněčných liniích UKF-NB-4 a této linii rezistentní vůči ellipticinu (UKF-NB-4ELLI ) za různých podmínek. Byla zavedena metoda stanovení kapacity (objemu) buněčných lysosomů pomocí měření intenzity fluorescence barviva specifického pro lysosomy, LysoTracker Red (LTR), a dále byla zkoumána schopnost bafilomycinu A, inhibitoru vakuolární ATPasy (V-ATPasy), potencovat účinky ellipticinu inhibicí jeho lysosomální akumulace. Klíčová slova: neuroblastom, lysosom, vakuolární ATPasa, víceléková rezistence
|
|
|
Mechanismus přenosu signálu hemovými senzorovými proteiny detekujícími kyslík
Stráňava, Martin ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent) ; Macek, Tomáš (oponent)
CZ Hemové senzorové proteiny, které detekují plynné molekuly, hrají v bakteriální fyziologii důležitou roli v regulaci mnoha procesů jako je např. buněčná diferenciace, virulence, tvorba biofilmu nebo mezibuněčná komunikace. Jejich struktura se vyznačuje typickou modulární architekturou, kde různé senzorové domény (nejčastěji na N-konci) regulují aktivitu katalytických neboli funkčních domén (nejčastěji na C-konci). V této disertační práci jsme se zaměřili na studium tří zástupců ze skupiny senzorových proteinů detekujících kyslík a to histidinkinasy AfGcHK, diguanylátcyklasy YddV, fosfodiesterasy EcDOS a dále na studium proteinu RR, který je interakčním partnerem AfGcHK. Hlavním cílem disertační práce bylo prostudovat intraproteinový/interdoménový přenos signálu u dvou zástupců hemových senzorových proteinů s globinovým uspořádáním senzorové domény (AfGcHK, YddV) a u jednoho zástupce s PAS uspořádáním senzorové domény (EcDOS). Dalším cílem bylo popsat interproteinový přenos signálu u dvousložkového systému AfGcHK-RR a strukturně charakterizovat tyto dva interakční partnery. Důraz byl kladen také na studium interakce modelových senzorových domén s různými signálními molekulami a popis funkce jednotlivých aminokyselin účastnících se vazby těchto signálních molekul. Studiem...
|
|
|
Studium interakcí DNA-vazebné domény proteinu FOXO3 s nízkomolekulárními látkami
Dolejš, Vojtěch ; Obšilová, Veronika (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Tato diplomová práce je součástí projektu, jehož cílem je vývoj nízkomolekulárních látek schopných inhibovat interakci lidského transkripčního faktoru FOXO3 s DNA. Hlavním cílem této diplomové práce je charakterizace interakcí DNA-vazebné domény proteinu FOXO3 (FOXO3-DBD) s nízkomolekulární látkou S9, která inhibuje vazbu FOXO3-DBD na DNA pomocí různých biofyzikálních technik, jako je NMR, mikrotermoforéza a nativní elektroforéza. Transkripční faktory FOXO jsou důležité a evolučně konzervované regulační proteiny, které se účastní mnoha důležitých buněčných dějů. Aktivita FOXO proteinů je regulována posttranslačními úpravami, z nichž nejdůležitější jsou fosforylace, acetylace a ubikvitinace. Forkhead transkripční faktory zastávají značný počet různých buněčných funkcí a účastní se mnoha buněčných signálních drah. Jejich exprese může probíhat tkáňově specificky. Obsahují asi 100 aminokyselin dlouhou DNA-vazebnou doménu složenou z několika částí. Mezi jejich funkce patří regulace buněčného cyklu a apoptózy, proliferace a diferenciace buněk, kontrola metabolismu a regulace protistresové odpovědi. U nádorových buněk lymfoblastomu je resistence vůči chemoterapii zprostředkována právě vysokou aktivitou transkripčního faktoru FOXO3. Z tohoto důvodu je nutné hledat způsoby, jak cíleně potlačit funkci tohoto...
|
|
|
Studium vlastností protinádorových léčiv ellipticinu, etoposidu a doxorubicinu ve formě nanočástic
Lengálová, Alžběta ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Možnosti protinádorové léčby, které jsou v současné době dostupné, jsou nedostačující a vyžadují zdokonalení. Jednou ze strategií pro zlepšení protinádorové terapie je použití nanočástic. Enkapsulací léčiv do nanotransportérů dojde ke zvýšení efektivity působení léčiva na nemocnou tkáň a snížení nežádoucích vedlejších účinků. Pro posouzení možného uplatnění této technologie byly v této práci studovány dvě formy nanočástic: uhlíkové nanotrubice (multi-walled carbon nanotubes, MWCNT) a apoferritin. Zjišťováno bylo, zda jsou daná cytostatika (ellipticin, etoposid a doxorubicin) na tyto nanotransportéry vázána a jak jsou z nich uvolňována, a to zejména v závislosti na pH. Vzhledem k tomu, že pH nádorových buněk je nižší než je pH buněk zdravých, bylo by výhodné, aby byla léčiva z nanočástic uvolňována při tomto nižším pH, zatímco při pH fyziologickém by k uvolnění léčiva nedocházelo. Ze získaných výsledků vyplývá, že v případě ellipticinu skutečně při pH 5.0 dochází k jeho postupnému uvolňování z nanotrubic MWCNT i apoferritinu, zatímco při pH 7.4 je jeho interakce s nanočásticemi stabilní. Ellipticin uvolněný z nanotrubic MWCNT je aktivován mikrosomálními enzymy na reaktivní metabolity (13- hydroxyellipticin a 12-hydroxyellipticin), které tvoří adukty s DNA. Získané výsledky naznačují, že obě...
|
|
|
Efekt sulfidu sodného na vlastnosti modelových hemových senzorových proteinů s globinovou strukturou senzorové domény
Bartošová, Martina ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Man, Petr (oponent)
Sulfan se účastní různých fyziologických procesů a je přiřazován k signálním molekulám podobně jako oxid uhelnatý nebo oxid dusnatý. Cílem působení H2S mohou být například proteiny, enzymy, transkripční faktory nebo iontové kanály. V mnoha případech je efekt H2S způsoben modifikací klíčových zbytků cysteinu ve struktuře regulačních proteinů. V případě hemoproteinů může H2S regulovat tyto proteiny navíc také prostřednictvím interakce s iontem železa hemu za vzniku Fe(III)-SH komplexu nebo redukcí iontu železa s následnou formací Fe(II)-O2 komplexu. Tato diplomová práce se zabývá vlivem Na2S na modelové senzorové hemové proteiny s globinovou strukturou senzorové domény. Prvním studovaným proteinem je protein izolovaný z bakterie Anaeromyxobacter sp. kmen FW109-5 s histidinkinasovou aktivitou a globinovou strukturou senzorové domény (AfGcHK), druhým studovaným proteinem je protein izolovaný z bakterie Escherichie coli s diguanylátcyklasovou aktivitou a globinovou strukturou senzorové domény (YddV). UV-Vis spektrální analýzou byl prokázán vliv Na2S na oba modelové proteiny a jejich mutanty. Zvláště spektra YddV-HD Y43A v přítomnosti Na2S jsou unikátní, protože potvrzují vznik homogenního a příměsí prostého komplexu Fe(III)-SH v daném proteinu, zatímco u ostatních proteinů jsou zaznamenány pouze směsi...
|
|
|
Study of adsorption efficiency of diosmectite and charcoal on selected model compounds causing acute intoxication in the Czech Republic
Mináriková, Michaela ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Sedláček, Jan (oponent)
První krok při léčbě akutních intoxikaci je založen především na metodě vhodné pro odstranění toxických látek z organismu. Princip této metody spočívá ve vazbě škodlivé látky na povrch vhodného adsorpčního materiálu. Cílem této studie bylo srovnání adsorpčních schopností dvou adsorpčních materiálů, diosmectitu a aktivního uhlí, pro vybrané modelové sloučeniny, které jsou nejčastějšími původci akutních otrav v České republice. Bylo vybráno jedenáct modelových sloučenin: kyselina acetylsalicylová, α-amanitín, amlodipin, digoxin, fenobarbital, ibuprofen, imipramin, karbamazepin, oxazepam, promethazin a teofylin. Z testovaných sloučenin byl na diosmectit nejúčinněji sorbovaný promethazin. Jeho adsorpce na diosmectit (0,191 ± 0,035 mg promethazinu / mg diosmectitu) byla signifikantně vyšší než byla jeho adsorpce na aktivní uhlí. Amlodipin, imipramin a karbamazepin byly absorbovány stejně účinně na diosmectit i na aktivní uhlí. Následně byl zkoumán vliv teploty a pH prostředí na účinnost adsorpce těchto adsorbentů. Použité pH prostředí simulovaly fyziologické podmínky v různých částech gastrointestinálního traktu. Bylo překvapivé, že hodnota pH prostředí významně neovlivňuje adsorpci modelových sloučenin na použité adsorbenty. Použitím různých metod jako jsou adsorpce dusíku, rentgenová difrakční a...
|
|
|
Určení kinetických parametrů pro enzymovou reakci katalyzovanou histidinkinasou s globinovou strukturou senzorové domény
Fojtíková, Veronika ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Dvousložkové signální systémy, které se vyskytují především u bakterií, na základě signálu z okolí ovlivňují mnohé buněčné procesy. Typický dvousložkový signální systém je tvořen histidinkinasou a proteinem regulujícím odpověď (RR proteinem). Histidinkinasa obsahuje senzorovou doménu, která zachytí signál a katalytické jádro, na němž dochází prostřednictvím γ-fosfátového zbytku z hydrolyzovaného ATP k fosforylaci konzervovaného histidinu. Po takovéto aktivaci je fosfátová skupina z histidinkinasy přenesena na konzervovaný aspartátový zbytek RR proteinu. Tím je RR protein aktivován a je schopen vykonat svou funkci (obvykle se jedná o transkripční nebo enzymovou aktivitu), čímž reguluje mnohé buněčné procesy. Senzorová doména histidinkinasy je uzpůsobená pro vazbu konkrétní molekuly. Předkládaná diplomová práce se zabývá studiem unikátní histidinkinasy, jejíž senzorová doména obsahuje globinovou strukturu s vázanou molekulou hemu a jejím příslušným RR proteinem. Konkrétně se jedná o histidinkinasu s globinovou strukturou senzorové domény, izolovanou z Anaeromyxobacter sp., kmen Fw 109-5 (AfGcHK). Hlavním úkolem této diplomové práce bylo studium fosforylačních mechanismů AfGcHK a RR proteinu, vysvětlení jejich mechanismu působení a následné stanovení kinetických parametrů autofosforylační reakce...
|
|
|
Příprava rekombinantního kathepsinu C z krevničky střevní
Illichová, Hana ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Krevničky rodu Schistosoma způsobují závažné parazitární onemocnění schistosomózu v oblastech tropů a subtropů. Kathepsin C (EC 3.4.14.1) je trávicí cysteinová proteasa krevniček, která se svou dipeptidylaminopeptidasovou aktivitou účastní degradace hemoglobinu z krve hostitele. Tento enzym je pro metabolismus krevniček nezbytný a představuje potenciální molekulární cíl pro vývoj chemoterapeutik pro léčbu schistosomózy. Kathepsin C krevniček nebyl dosud detailně studován a bakalářská práce se soustředí na vývoj expresních systémů pro produkci rekombinantního kathepsinu C ze Schistosoma mansoni (SmCC). V kvasinkách Pichia pastoris byl SmCC exprimován ve formě inaktivního prekurzoru (zymogenu) a byla analyzována jeho proteolytická stabilita. Dále byl připraven expresní systém v prvokovi Leishmania tarentolae, pro který byly navrženy čtyři odlišné konstrukty umožňující optimalizovat produkci SmCC.
|
host ::
RSS.