|
|
Charakterizace glycinové smyčky alfa podjednotky mitochondriální procesující peptidasy Saccharomyces cerevisiae
Chytrá, Dana ; Janata, Jiří (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Mitochondriální procesující peptidasa (MPP) je heterodimerní enzym patřící do M16B skupiny metaloendopeptidas. Univerzální funkce tohoto enzymu je v rozeznání a odštěpení velké škály sekvenčně i délkou odlišných presekvencí prekurzorů proteinů určených do mitochondrie. MPP se skládá z katalytické β-MPP a pravděpodobně rozpoznávací α-MPP. Nejkonzervovanější oblastí v α-MPP je tzv. glycinová smyčka (GRL - glycine-rich loop), jejíž předpokládaná funkce je v primární interakci s presekvencí prekurzoru proteinu. Fluorescenčními experimenty je možné sledovat změnu konformace GRL po navázání substrátu. V rámci této diplomové práce byly pomocí metody cílené mutageneze vytvořeny konstrukty kódující α-MPP s jediným reportérovým tryptofanovým zbytkem v pozici 289 nebo 299. Tyto formy α-MPP byly nadprodukovány v buňkách E. coli BL21(DE3)+pGroESL. Aktivity dimeru MPP obsahujícího α-MPP s jediným tryptofanovým zbytkem v reportérové pozici byly porovnány s MPP z divokého kmene S. cerevisiae. Použitým substrátem byl prekurzor kvasinkové malátdehydrogenasy s fúzovanou presekvencí (pMDH) ze tří organismů (kvasinky, myši, a melounu) lišící se svou délkou. Aktivity dimeru obsahujícího α-MPP s reportérovým tryptofanovým zbytkem v pozici 289 se pohybovaly okolo 70 %, zatímco aktivity dimeru obsahujícího α-MPP s...
|
|
|
Sledování tvorby plovoucího biofilmu Mycobacterium smegmatis - morfologická a proteomová analýza
Sochorová, Zuzana ; Weiser, Jaroslav (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Mikroorganismy se mohou vyskytovat v planktonní formě nebo mohou ulpívat na povrchu a vytvářet trojrozměrné útvary zvané biofilmy. Plovoucí biofilmy, tvořené na rozhraní prostředí voda-vzduch, jsou jednou z životních strategií, kterou se mohou bakterie ubírat. Při studiu tohoto typu biofilmu nám jako laboratorní model sloužil nepatogenní druh Mycobacterium smegmatis. Pochopení mechanismů tohoto druhu by mohlo být aplikovatelné i na patogenní zástupce rodu Mycobacterium, jejichž studium obnáší v laboratorních podmínkách řadu nevýhod. Tato diplomová práce se zabývá morfologickou a proteomovou analýzou plovoucího biofilmu M. smegmatis. S využitím binokulární lupy a skenovací elektronové mikroskopie bylo pozorováno, že se bakterie na počátku tvorby biofilmu shlukují a vytváří tzv. "nukleační centra", ze kterých dochází k postupnému rozrůstání biofilmu do okolí. V pozdějších fázích vývoje dochází k jejich postupnému splynutí a vytvoření jednolité vrstvy, která s dalším vývojem sílí a utváří se vícevrstevnatý biofilm. Stěžejní metodou této práce byla dvourozměrná elektroforéza proteinů. S její pomocí byla provedena proteomová analýza plovoucího biofilmu. Před samotným provedením 2D elektroforézy bylo nutné optimalizovat přípravu proteinových vzorků a měření jejich koncentrace. Stejně jako u morfologické...
|
|
|
Karbapenemázy a jejich molekulárně genetická detekce u bakterií způsobujících závažné nozokomiální infekce
Vavrová, Jolana ; Dřevínek, Pavel (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Tato bakalářská práce je zaměřena na problematiku β-laktamáz hydrolyzujících karbapenemy. Vyskytují se v rámci molekulárních tříd A, B i D β-laktamáz a jsou identifikovány stále nové varianty. Produkce enzymů hydrolyzujících β-laktamová antibiotika je častý způsobe mechanizmu rezistence k těmto antibiotickým přípravkům u gramnegativních patogenů a je vlastní i vážným nozokomiálním patogenům jako například Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii a zástupci Enterobacteriaceae. Význam problematiky karbapenemáz v klinické praxi podtrhuje skutečnost, že karbapenemy patří mezi širokospektrá β-laktamová antibiotika, která jsou zařazována do kategorie rezervních antibiotik. Nárůst případů rezistence na karbapenemy je způsoben zejména šířením genů karbapenemáz. Detekce karbapenemáz a sledování jejich výskytu je nutné nejen pro nastavení optimální antibiotické léčby, ale také pro kontrolu šíření bakteriálních kmenů produkujících karbapenemázy.
|
|
| |
|
|
Mutační analýza biosyntézy manumycinových antibiotik
Kolek, Jan ; Petříček, Miroslav (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Mutační analýza biosyntézy manumycinových antibiotik Manumycinová antibiotika jsou sekundární metabolity, které patří do velké skupiny polyketidových látek. Jsou produkována výhradně bakteriemi rodu Streptomyces. Manumycinová antibiotika jsou charakterizována dvěma lineárními polyketidovými řetězci, které jsou připojeny k centrální mC7N podjednotce. Spodní řetězec je často zakončen C5N podjednotkou. Manumyciny vykazují mnoho biologických aktivit. Byla u nich prokázána antimikrobiální aktivita výhradně vůči gram-pozitivním bakteriím. Dalšími pozorovanými aktivitami je například antimykotická, insekticidní nebo protizánětlivá aktivita. Manumycinové metabolity jsou také potencionálními kancerostatiky. Pro přípravu těchto látek fermentační cestou je důležitá znalost jejich biosyntetických drah. Mutační analýza je založena na technikách genového inženýrství. Je vhodná ke zkoumání biosyntetických drah sekundárních metabolitů a také genů zapojených do jejich genetického podkladu. Jejím výsledkem je komplexní přehled o biosyntetické dráze daného metabolitu. Tuto znalost lze použít např. v metodách kombinatorní biosyntézy nebo mutasyntézy k produkci nových metabolitů. Hybridní látky by se mohly v budoucnosti stát např. novými účinnými antibiotiky nebo kancerostatiky pro použití v lékařství. Klíčová slova: manumycin,...
|
|
|
Studium genové exprese ve tkáních matky a plodu exponovaných cigaretovému kouři
Fejglová, Kamila ; Zikánová, Blanka (oponent) ; Bruchová, Hana (vedoucí práce)
I přes všeobecné povědomí o škodlivosti kouření se mu překvapivě vystavují i ženy v průběhu těhotenství. Expozice cigaretovému kouři během těhotenství zvyšuje např. riziko předčasného porodu, potratu nebo syndromu náhlého úmrtí novorozence. Pro studium molekulárních mechanismů působení cigaretového kouře ve tkáních těhotných žen a jejich dětí jsme využili genomický přístup a stanovili genové expresní profily v leukocytech z periferní krve matek a z pupečníkové krve novorozenců, a také v placentě. Genové expresní profily v těchto tkáních byly detekovány pomocí Illumina HumRef8 v3 expresních čipů, které umožňují analyzovat expresi 23 811 kódujících, anotovaných transkriptů. Mikročipová data byla standardizována kvantilovou normalizací. Rozdílně exprimované geny byly detekovány proložením lineárního modelu s využitím funkce lmFit. Hodnoty statistické významnosti byly upraveny Benjamini-Hochbergovou metodou. Komparativní analýza expresních profilů matek kuřaček (N=23) a nekuřaček (N=62) odhalila řadu deregulovaných genů, čímž jsme prokázali nesporný negativní vliv cigaretového kouře na transkriptom studovaných tkání. Mezi up-regulované geny v periferní krvi kuřaček patřily např. IFI27, IFIT1L, IFI44L, RSAD2, HBD, OAS2, BCL2A1, SOS1, Hsp10 a HERC5. Naopak down-regulaci vykazovaly geny LILRA3, TNFSF13, TNF,...
|
|
|
Tvorba biofilmů u bakterií
Sochorová, Zuzana ; Zikánová, Blanka (oponent) ; Weiser, Jaroslav (vedoucí práce)
Biofilmy jsou útvary tvořené mikroorganismy žijícími pohromadě v hydratované extracelulární matrix. Formace takových uskupení přináší bakteriím řadu výhod. Tou hlavní je zvýšená rezistence k antibiotikům. Vytváření biofilmu je analogické k vývoji mnohobuněčného organismu. Buňky v biofilmu spolu navzájem komunikují signálními molekulami, což tvoří biofilm kompaktnější strukturou. Extracelulární matrix, ve které bakterie žijí, udržuje strukturu biofilmu, ovlivňuje adhezi buněk a chrání buňky před vlivy prostředí. Prostřednictvím extracelulární matrix bakterie také komunikují s okolím. Matrix je tvořena různými biopolymery a proteiny. Biofilmy jsou častou příčinou infekcí spojených s implantáty. Způsobů, jak se bakterie v biofilmu brání působení antibiotik, je několik. Patří mezi ně zpomalená difúze látek, pomalý růst nebo adaptace na stres. Příčinou jejich přežití je i vytvoření perzistentních buněk, které jsou k antibiotiku tolerantní a ze kterých může vzniknout nová populace. Důležitým prvkem pro vznik biofilmu jsou povrchové proteiny, které napomáhají adhezi a následnému vzniku biofilmu. Prvním proteinem, který byl identifikován, byl protein Bap. Později byly nalezeny i jeho homology, například BapA, Esp, LapA či Bhp. Mezi bakterie, které tvoří biofilmy, patří mykobakterie. Na utváření jejich...
|
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.