|
|
Prokalcitonin jako časný marker bakteriální infekce
Mikulová, Lenka ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Drastíková, Monika (oponent)
Úvod: Prokalcitonin (PCT) je protein s řetězcem o 116 aminokyselinách s molekulovou hmotností 13 kD. Je tvořen parafolikulárními buňkami štítné žlázy. Zánětový prokalcitonin je tvořen jen 114 aminokyselinami. Prokalcitonin, který detekujeme v plazmě při probíhajícím zánětu, není tvořen C-buňkami štítné žlázy, ale v játrech, v menší míře pak v plicích, ledvinách, varlatech, prostatě a tenkém střevě. Cíle: 1. Porovnat hladiny a dynamiku C-reaktivního proteinu (CRP) a prokalcitoninu (PCT) při zánětlivém procesu u tří vybraných pacientů s rozdílnými diagnózami. 2. Porovnat počty vyšetřených PCT dle indikujících oddělení VFN v letech 2009, 2012, 2015. 3. Sledovat dynamiku počtu vyšetřených PCT v letech 2001-2016. Metody: Hladiny CRP a PCT byly stanoveny v laboratoři ÚLBLD VFN Praha v období 20. 5. -17. 6. 2016. CRP bylo měřeno imunoturbidimetrickou metodou na analyzátoru Unicel DxC 880i. PCT bylo měřeno elektrochemiluminiscenční metodou na analyzátoru Cobas e411. Pro vyhodnocení byly zpracovány grafy s hladinami obou analytů u 3 pacientů v kritickém stavu. Dále byla zpracována data potřebná pro vyhodnocení cílů č. 2 a 3. uvedených výše. Výsledky: Byla prokázána větší senzitivita i specificita PCT na rozdíl od CRP při odlišení infekčního a neinfekčního systémového zánětu. 1)U pacienta D. P. klesala...
|
|
|
Maturitní softwarové projekty
Beránek, Martin ; Prokýšek, Miloš (vedoucí práce) ; Štípek, Jiří (oponent)
Tato bakalářská práce se zaměřuje na problematiku hodnocení kvality maturitních softwarových projektů. V rámci textu je vymezen pomocí průzkumu zdrojů rozdíl mezi praxí a vedením projektů na modelové škole. Na základě toho je sestaven akční zásah v podobě předání materiálů členům akční skupiny, kterou tvoří vyučující vedoucí projekty. Materiály se snaží doplnit chybějící témata, které nebylo možné dohledat v ŠVP modelové školy. Pro hodnocení projektů je vytvořena hodnotící metodika, která čerpá z kvalitativních ukazatelů používaných v praxi. V rámci reflexe je potom vyhodnocen dopad akčního zásahu na studenské projekty. Dopady takto provedeného akčního zásahu na modelové škole nebyly významné. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Molekulárně biologická vyšetření somastatinovoných receptorů v diagostice hypofyzárních nádorů
Drastíková, Monika ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Fryšák, Zdeněk (oponent) ; Patočka, Jiří (oponent)
Souhrn Molekulárně biologická vyšetření somatostatinových receptorů v diagnostice hypofyzárních nádorů Převážná většina hypofyzárních nádorů jsou benigní adenomy, z nichž 25-30 % tvoří klinicky afunkční adenomy (KAA). Léčbou první volby je u KAA transsfenoidální neurochirurgická operace, která však jen málokdy vede k úplnému odstranění adenomu a často zůstává přítomno reziduum nádoru. Tento fakt vedl k rozvoji nových farmakologických přístupů na bázi somatostatinových analog (SA) a modulátorů estrogenových receptorů (ER). SA jsou účinné u akromegalie, neuroendokrinních tumorů a Cushingovy choroby. Na druhou stranu, farmakologická léčba KAA většinou úspěšná nebývá. Nízká účinnost SA zde může souviset s variabilní expresí cílových receptorů. Cílem práce je určit expresní profily somatostatinových (SSTR typy 1-5) a estrogenových receptorů 1 (ER1). Pro kompletní přehled byly též u adenomů sledovány exprese dopaminového receptoru 2 (D2R). Experimentální část Skupina pacientů se skládala ze 105 mužů a 101 žen (20-87 roků, medián 61 roků). 144 vzorků představovalo KAA, 44 vzorků pocházelo od osob s akromegalií, 9 vzorků od osob s Cushingovou nemocí, 6 prolaktinomů a 3 TSH adenomy. Exprese receptorů byla stanovena pomocí kvantitativní real time PCR a získané výsledky byly normalizovány vůči expresi...
|
|
|
Vyšetření deficitu v alfa-1-antitrypsinovém genu pomocí real-time PCR
Blažková, Petra ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Autor: Bc. Petra Blažková Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek Ph.D. Název diplomové práce: Vyšetření deficitu v alfa-1-antitrypsinovém genu pomocí real-time PCR Diplomová práce se zaměřuje na validaci metody PCR v reálném čase (real-time PCR) pro vyšetření mutací Z a S v genu SERPINA1, který se nachází na dlouhém raménku 14. chromozómu (14q32.13) a obsahuje pokyny pro přípravu proteinu zvaného alfa-1- antitrypsin (A1AT). A1AT je inhibitor serinových proteáz a chrání tkáně před degradací neutrofilní elastázou. Nedostatek, který je nejčastěji způsoben právě těmito mutacemi, může způsobit onemocnění plic a jater u dětí a dospělých. Metoda real-time PCR se po úspěšné validaci aplikovala na soubor 46 klinických vzorků DNA získaných z krve a 30 vzorků DNA z buněk bukální sliznice. Izolace DNA byla provedena extrakcí kitem QIAamp® DNA Mini Kit od firmy QIAGEN. Ke genotypizaci jsem použila sadu primerů a hybridizačních sond dle Snydera (2006). Analýza teploty tání probíhala v termocykléru LightCycler 1.2. Výsledky vzorků DNA získaných z krve byly následně porovnány s výsledky získanými akreditovanou metodou založenou na principu PCR/RFLP. Obě metody dávaly 100% shodné výsledky. V těchto vzorcích byla zjištěna...
|
|
|
Dědičné příčiny trombembolické nemoci a jejich laboratorní diagnostika
Mihlová, Radka ; Šimůnek, Tomáš (vedoucí práce) ; Beránek, Martin (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Autor: Radka Mihlová Školitel: Doc. PharmDr. Tomáš Šimůnek, PhD. Název bakalářské práce: Dědičné příčiny trombembolické nemoci a jejich laboratorní diagnostika. Pojem trombofilie se používá pro označení dědičných a získaných protrombotických stavů v arteriích, vénách nebo mikrocirkulaci. Trombembotizace může vést k částečnému nebo úplnému uzavření cévy - hluboké žilní trombóze. Sraženina se poté může uvolnit a následně putovat žilním řečištěm a po průchodu srdcem uzavřít některou z plicních cév, což vede k plicní embolii. Tento stav se označuje jako tromboembolická nemoc. Cílem bakalářské práce je popsat metody využívané k diagnostice trombofilie a geneticky závislých příčin trombembolické nemoci. Včasná a přesná diagnostika trombofilních stavů hraje významnou roli v předcházení vzniku trombembolických příhod a komplikací s nimi spojenými. V současné době je využívána celá řada molekulárně genetických markerů s jasně prokázaným rizikem trombofilie - mutace faktoru V 1691G>A a mutace genu pro protrombin 20210G>A. Diagnostika dalších polymorfismů spojovaných s trombembolismem je indikována pouze ve vybraných případech, avšak i diagnostika mutace faktoru V 1691G>A a genu pro protrombin 20210G>A je indikována...
|
|
|
Přínos Next Generation Sequencing pro laboratorní diagnostiku
Votýpka, Pavel ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Macháček, Miloslav (oponent)
4 ABSTRAKT Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Pavel Votýpka Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Konzultant: Mgr. Nikola Ptáková Název diplomové práce: Přínos Next Generation Sequencing pro laboratorní diagnostiku Snaha o přečtení lidského genomu ve svém důsledku vedla nejen k získání poznatků o lidské genetické informaci, ale také k vývoji nových sekvenačních metod a technologií. Pro udržení kroku s rozvojem v oblasti genetiky se na řadě klinických i výzkumných pracovišť do běžného provozu zavádějí přístroje druhé generace na principu masivního paralelního sekvenování. Na trhu dnes dominují čtyři platformy - Illumina, Solid, Ion Torrent a 454 Life Technologies. Proces celé sekvenační analýzy lze shrnout do tří hlavních kroků - příprava sekvenační knihovny, sekvenování a detekce nukleotidů a analýza dat. Každá část analýzy přináší v závislosti na použité platformě svá specifika, se kterými je nutné počítat a také úskalí, kterým je vhodné se vyhnout či minimalizovat jejich vliv na finální výsledek analýzy. V posledních několika letech jsou vyvíjeny i nové metody označované jako třetí generace sekvenování, které umožňují čtení jediné molekuly nukleové kyseliny bez její amplifikace. NGS technologie dnes umožňují, aby si každé...
|
|
|
Volné cirkulující nukleové kyseliny v krevní plazmě
Totzauerová, Kateřina ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Kateřina Totzauerová Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Název diplomové práce: Volné cirkulující nukleové kyseliny v krevní plazmě Cíl práce: Cílem této práce bylo porovnat různé komerčně dostupné soupravy pro extrakci DNA a vyhodnotit podle optických charakteristik, výsledků z qPCR a záchytu a výtěžnosti krátkých fragmentů všestranně optimální metodu pro rutinní izolaci volné cirkulující DNA ze vzorků krevní plazmy. Metody: Pro porovnání extrakčních metod byly zvoleny celkem čtyři komerčně dostupné soupravy: QIAmp DNA Blood Mini Kit, NucleoSpin Plasma XS Kit, QIAmp DSP Virus Spin Kit a Agencourt Genfind v2. DNA byla izolována z alikvotů směsné plazmy zdravých jedinců. Po extrakci byla plazmatická DNA kvantifikována spektrofotometricky, fluorimetricky a kvantitativní polymerázovou řetězovou reakcí. Zároveň byla u vybraných vzorků provedena fragmentační analýza pomocí kapilární elektroforézy. Výsledky: Nejlepší výtěžnost a čistotu poskytla metoda od firmy Qiagen QIAmp DSP Virus Spin Kit s průměrnou hodnotou koncentrace stanovené qPCR 49,95 ± 23,57 ng/ml a s nejvyššími hodnotami fluorescence při fragmentační analýze u všech fragmentů kromě nejkratšího. Druhé nejlepší výsledky poskytla...
|
|
|
Genetický polymorfismus v NBS1 genu pro diagnostiku a léčbu osob s cervikálním karcinomem
Rataj, Michal ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Michal Rataj Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek Ph.D. Název diplomové práce: Genetický polymorfismus v NBS1 genu pro diagnostiku a léčbu osob s cervikálním karcinomem. Cílem diplomové práce je nalezení optimální metody pro screening mutace 657del5 a zjištění odhadu populační frekvence heterozygotů a homozygotů pro mutaci v populaci České Republiky. V první úseku teoretické části práce je komplexně poukázáno na působení faktorů ovlivňujících celistvost genetické informace a vznik mutací v DNA. Naopak druhý úsek se věnuje schopnosti buněk odpovědět na toto poškození. Podrobně se práce zabývá genem NBS1 a jeho produktem nibrinem. V komplexu MRE11/Rad50/NBN je nibrin důležitým členem mechanizmů opravy dvouřetězcových zlomů DNA - NHEJ (nehomologní spojování konců) a HR (homologní rekombinace). Práce je zaměřena na nibrin a jeho funkce, ale také na mutace, které tyto funkce znemožňují a způsobují tak dědičné onemocnění Nijmegen breakage syndrom. Nibrin je překládán ze sekvence genu NBS1. Gen NBS1 se v populaci objevuje s několika různými mutacemi, které jsou rozšířeny celosvětově. V práci je diskutováno vyšší zastoupení mutace 657del5 populaci střední a východní Evropy. V experimentální části...
|
|
| |
|
|
Genetický polymorfismus v HFE genu v české populaci
Červinková, Barbora ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Barbora Červinková Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Název diplomové práce: Genetický polymorfismus v HFE genu v české populaci. Cíl práce: Cílem diplomové práce bylo zmapovat výskyt třech mutací v HFE genu (C282Y, H63D, S65C) u české populace. A následně porovnat získané výsledky s hodnotami hlášenými ze světa. Metody: Práce zahrnovala izolaci DNA ze stěrů bukální sliznice od 167 dárců (65 mužů, 102 žen; věkový průměr mužů byl 31 a žen 28). Získaná DNA byla následně zmnožena prostřednictvím metody PCR za použití primerů 5'-CAG ATC CTC ATC TCA CTG- 3' a 5'-CTG GAT AAC CTT GGC TGT ACC CCC - 3' pro C282Y mutaci, 5'-GCC ACA TCT GGC TTG AAA TT-3' a 5'-ACA TGG TTA AGG CCT GTT GC GCC ACA-3' primerů pro H63D a S65C mutace. Pomocí restrikčního enzymu Rsa I pro C282Y, Bcl I pro H63D, Hinf I pro S65C byl řetězec DNA rozštěpen a získané fragmenty byly odseparovány na 2 % agarózovém gelu metodou gelové elektroforézy. Výsledky: Mutace C282Y byla detekována u 0 (0 %) vzorků jako homozygot, u 3 (1,80 %) vzorků jako složený heterozygot s H63D, u 0 (0 %) vzorků jako složený heterozygot s S65C a u 19 (11,38 %) vzorků, jako samostatná mutace v kombinaci se zdravou alelou. Mutace H63D byla detekována u...
|
host ::
RSS.