|
|
Spektrum Ramanova rozptylu HDO
Šubr, Martin ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Procházka, Marek (oponent)
Název práce: Spektrum Ramanova rozptylu HDO Autor: Martin Šubr Ústav: Fyzikální ústav UK Vedoucí bakalářské práce: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc., Fyzikální ústav UK Abstrakt: Hlavním cílem předložené bakalářské práce je určení Ramanova spektra HDO. Takové spektrum nemůže být v kapalném stavu změřeno samostatně, avšak je možné jej určit vhodným matematickým zpracováním série naměřených spekter s různým poměrem H/D. V rámci práce jsme proměřili Ramanova spektra kapalné vody při různých molárních zlomcích lehké a těžké vody, které jsme následně zpracovali pomocí statistické metody faktorové analýzy. Odtud se již podařilo mimo známých spekter lehké a těžké vody separovat i hledané spektrum HDO. Pro fitování spektra HDO a jeho analýzu byl použit model s rovnovážnou konstantou zahrnující lineární korekci tvaru spektra vzhledem k relativnímu podílu D v kapalině. Klíčová slova: Ramanův rozptyl, lehká a těžká voda, HDO, faktorová analýza
|
|
|
Zpřesněné stanovení stability duplexů DNA pomocí UV spektroskopie
Víšová, Ivana ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Kočišová, Eva (oponent)
Tato práce se zabývá určováním termodynamických parametrů teplotně indukovaného rozpadu duplexů DNA. Byla provedená přesná měření UV absorpčních spekter roztoků krátkých řetězců DNA se selfkomplementární sekvencí v závislosti na teplotě a pro několik různých koncentrací. Těžištěm práce jsou návrhy a porovnání různých postupů analýzy dat s cílem nalezení nejlepšího postupu pro určování velikostí změn termodynamických potenciálů. Bylo ukázáno, že kombinace faktorové analýzy a fitu termodynamických vztahů na teplotní závislosti získaných koeficientů dovoluje určit tyto parametry z měření provedeného pouze pro jednu koncentraci vzorku a to s lepší přesností, než dosud doporučovaný postup založený na určování teplot tání pro několik koncentrací.
|
|
|
Vliv růstové fáze na aktivaci H+-ATPázy glukózou u kvasinek Saccharomyces cerevisiae
Hopjan, Miroslav ; Gášková, Dana (vedoucí práce) ; Štěpánek, Josef (oponent)
Použítím kmene kvasinek Saccharomyces cerevisiae AD1-3 je zkoumán vliv aktivace H+-ATPasy glukózou na velikost membránového potenciálu v závislosti na fázi růstu. Použitý kmen kvasinek byl charakterizován pomocí jeho růstového prolu. Dále byla pro tři fáze růstu (konkrétně exponenciální, diauxickou a postdiauxickou) změřena míra aktivace H+-ATPasy pomocí metody měření barvících křivek založené na uorescenční sondě diS-C3(3). Závěrem byl zkoumán dopad dlouhodobého působení glukózy na aktivitu H+-ATPasy.
|
|
|
Geometry and stability study of nucleic acids distinctive single-strand motifs
Říhová, Martina ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Mašek, Vlastimil (oponent)
Předmětem této práce je regulační úsek DNA, tzv. SRE (Serum Response Element), který vykazuje velmi specifické strukturní vlastnosti a jeho strukturní flexibilita pravděpodobně hraje klíčovou roli v jeho fyziologické aktivitě. Strukturní vlastnosti 16-merního SRE segmentu schopného tvořit vlásenky byly zkoumány pomocí přesných teplotně závislých měření Ramanových spekter. Jelikož strukturní stabilita oligonukleotidových řetězců úzce souvisí se stacking interakcí, byla provedena teplotně závislá měření Ramanových a UV absorpčních spekter na dinukleotidech, sloužících jako jednoduchý model pro studium této interakce. Měření byla zpracována pomocí SVD faktorové analýzy a z jejich výsledků vyplynulo, že stacking interakce závisí na pořadí bází. Pomocí fitu rovnic termodynamických rovnovah na SVD výsledky byly určeny termodynamické charakteristiky teplotně indukovaných strukturních změn komplexů tvořící smyčky a s jejich pomocí získána diferenční spektra charakterizující otevřené a uzavřené vlásenky, která umožnila bližší specifikaci geometrie těchto komplexů.
|
|
|
Charakterizace vibračních módů složek nukleových kyselin pomocí variabilní proton-deuteriové výměny
Zoul, David ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Šloufová, Ivana (oponent)
Přes dlouhé období, kdy se studují vibrabní spektra nukleových kyselin, není ještě uspokojivě interpretovaná řada vibračních módů a jejich citlivosti na geometrii a slabé vazby. Jednou z možností, jak rozšířit experimentální data sloužící k těmto interpretacím, je srovnání vibračních spekter molekul s určitou izotopovou záměnou. Zdánlivě nejjednodušší je záměna proton-deuteron. Při rozpuštění molekul v těžké vodě dochází sice k rychlé výměně na heteroatomech, ale ta je téměř současná pro řadu poloh a výsledkem je dynamická rovnováha mezi řadou různých izotopových forem. Metody statistické analýzy časového vývoje Ramanových spekter dávají však nyní principiální možnost analyzovat spektra jednotlivých forem a tím získat unikátní experimentální data. U složitějších úseků nukleových kyselin je pak tato technika perspektivní pro rozšíření strukturních informací. Předkládaná diplomová práce představuje pilotní studii pro vypracovávání uvedené metodiky. Jejím cílem bylo provést adaptaci Ramanova spektrometru pro dané typy experimentu a provést první série měření, které by vyjasnily meze použitelnosti navrhovaného přístupu s ohledem na citlivost měření, časové konstanty příslušných výměn a náročnost metod vyhodnocení na dosaženou přesnost měření.
|
|
|
Function of Magnesium Ions in the Formation of Biologically-Active Nucleic Acids Structures
Espinoza Herrera, Shirly Josefina ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Mašek, Vlastimil (oponent) ; Setnička, Vladimír (oponent)
ESPINOZA HERRERA S.J. -DOCTORAL THESIS - FUNCTION OF MAGNESIUM IONS IN THE FORMATION OF BIOLOGICALLY-ACTIVE NUCLEIC ACIDS STRUCTURES ____________________________________________________________________ ABSTRAKT Byla studována interakce hořečnatých iontů, jež jsou divalentními ionty s nejvyšší koncentrací v živých buňkách, s klíčovými biomolekulami nukleových kyselin, s cílem zjistit strukturní detaily mechanismu této interakce a účinek hořečnatých iontů na strukturu a strukturní přechody u nukleových kyselin. Jako hlavní metoda byla vybraná Ramanova spektroskopie; kromě toho byla provedena I některá doplňková měření UV absorpce. Základní analýzy sérií spekter získaných v závislosti na teplotě a případně při různých koncentracích hořečnatých iontů byly prováděny pomocí faktorové analýzy. Kde to bylo možné, sloužily výstupy faktorové analýzy při fitování odpovídajících termodynamických vztahů. Ke studiu byly použité různé molekulární modely nukleových kyselin, konkrétně systém komplementárních RNA homopolynukleotidů polyA a polyU, DNA homopolynucleotidů polydA a polydT, a RNA 14-merní oligonukleotid představující vrcholovou vlásenku segmentu TAR genomické RNA viru HIV-1. Potvrdili jsme pomocí Ramanovy spektroskopie, že ionty hořčíku přidané do roztoku polyA-polyU duplexů způsobí jejich částečnou disociaci a...
|
|
|
Mikrokalorimetrické stanovení termodynamické stability triplexu RNA
Říhová, Martina ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Kočišová, Eva (oponent)
Nazcv prace: Mikrokalorimelricke slanovcni termodynamicke stability triplexu RNA Autor: Martina Rihova Kaledra (ustav): Fyzikalni ustav UK Vcdouci bakalafske prace: Prof. RNDr. Josef Stcpanck, Csc. e-mail vedouciho: stepjosiyj;karlov.mff.cuni.cz Abstrakt: Prace je zamC'fena na urcovani termodynamickych charaktcristik duplexu a triplexu ribonukleove kyscliny. Rozpad a v/nik komplexu hyl sledovan na diferencnim skcnovacim mikrokalorimelru. Jako vzorky byly pouzity smesne ro/toky syntelicky pfipravenych homopolymerii RNA, polyA a polyU, o ruznych stcchiometrickych pomerech. Z namcfenych dal byly urceny termodynamickc paramclry komplexu, tcdy odpovidajici zmeny entalpie AH a entropic AS a teplola tani komplexu. Vysledky ukazaly, /e pfi techto mcfcnich dochazi k systematickc /mene namerenych charakteristik pfi opakovanych scanech. Tento jcv patrnc souvisi s intcrakci RNA s povrchem mefici kyvcty a jc tedy zavazny z hlediska aplikovatclnosli scanovaci mikrokalorimctric pro pfesna kvantitativni tennodynamicka studia ribonukleove kyscliny. Zmcny teploty tani zpusobenc pridanim hofciku do rozloku uka/aly, zc jeho ucinkem so pfi pfipojeni ifctiho vlakna k duplexu RNA komplex stabilizuje. Klicova slova: triplex RNA, duplex RNA, mikrokalorimetric, termodynamickc charakteristiky, teplota tani. Title: Microcalorimetric...
|
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.