|
|
Fonotaktická osnova českého slova a mluvního taktu
Churaňová, Eliška ; Volín, Jan (vedoucí práce) ; Palková, Zdena (oponent)
Tato diplomová práce předkládá zevrubný popis konsonanticko-vokalické struktury spisovné mluvené češtiny. Úvodní část je věnována přístupům a poznatkům souvisejícím s kombinatorikou a distribucí zvukových jednotek v řeči: pojednány jsou otázky řečového rytmu, aspekty členění souvislé řeči na promluvové úseky a mluvní takty a problematika fonotaktiky jazyků obecně i konkrétně češtiny. Na základě nahrávek 12 profesionálních mluvčích češtiny o celkovém rozsahu 6639 slov a 5368 mluvních taktů byly vytvořeny soubory dat, díky kterým bylo možné popsat CVCV struktury českých slov a mluvních taktů. Ve výsledcích tohoto výzkumu jsou uvedeny počty slov a taktů a jejich vztahy, četnost slovních druhů, počty hlásek ve slovech a taktech; zohledněny jsou i slabikotvorné likvidy a ráz. Dále je podán přehled nejčastějších CVCV vzorců slov a taktů a jejich variability v rámci slovních druhů. Poslední část práce se zabývá frekvencemi výskytu konsonantů a vokálů a jejich dvojic a trojic na různých místech v jednotce. Výsledky jsou průběžně porovnávány mezi sebou a také jsou srovnávány s výzkumem provedeným na rozsáhlejším psaném korpusu SYN2005 (2009). Tato práce může poskytnout základ pro další bádání v souvisejících jazykových oblastech (např. fonotaktika dialektů, mluvních stylů češtiny apod.).
|
|
|
Antagonistic regulation by global transcription factors Tup1p, and Cyc8p of Flo11 and Flo11 -dependent phenotypes in wild yeast
Nguyen Van, Phu ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Malcová, Ivana (oponent) ; Demnerová, Kateřina (oponent)
Biofilmy jsou běžným způsobem růstu kvasinek, při kterém buňky adherují jak k sobě navzájem tak i k abiotickým povrchům za vzniku složitých mnohobuněčných struktur. Společné soužití v biofilmech poskytuje buňkám několik výhod ve srovnání s planktonními kulturami. Mezi ně patří nepochybně ochrana a odolnost vůči antimikrobiálním látkám, stresovým faktorům prostředí nebo imunitnímu napadení hostitele. Biofilmy se nacházejí v mnoha prostředích a hrají důležité role v komerčních průmyslových odvětvích. Mohou však být také extrémně nebezpečné v klinickém prostředí. Existuje tedy velký zájem o studium biofilmů a o to, jak je eliminovat. V této studii jsme použili biofilm divokého kmene kvasinky Saccharomyces cerevisiae jako ideální systém pro zkoumání potenciálních funkcí komplexu transkripčních korepresorů Cyc8-Tup1 při regulaci buněčné adheze a tvorby biofilmu na agarovém médiu a na rozhraní pevné látky a kapaliny. Neočekávaně jsme zjistili, že Cyc8p a Tup1p antagonisticky řídí tvorbu strukturovaných biofilmových kolonií na pevných médiích prostřednictvím modulace expresí genu FLO11. Samotný Cyc8p působí jako klíčový represor FLO11, zatímco Tup1p podporuje tvorbu biofilmových kolonií a indukuje expresi FLO11 inhibicí represivní funkce Cyc8p a zároveň zabraňuje degradaci Flo11p možnou inhibicí...
|
|
|
Dynamika diferenciace kvasinkových kolonií: Nové přístupy
Jurečková, Gabriela ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Zimmermannová, Olga (oponent)
Kvasinka Saccharomyces cerevisiae rostoucí na pevném médiu vytváří strukturované kolonie. V průběhu jejího vývoje dochází k utvoření dvou subpopulací buněk U buněk ("upper cells") a L buněk ("lower cells") specificky lokalizovaných v rámci kolonie. Tyto buňky se od sebe liší svou morfologií, metabolismem, fyziologií a vyznačují se různou mírou odolnosti proti stresu. Tato diplomová práce se zabývá novými metodickými přístupy, které mohou být využity při dalším výzkumu kvasinkové diferenciace. První část se věnuje kvasinkové diferenciace a de-diferenciaci. V rámci experimentální části byl sledován vývoj mechanicky zamíchaných kvasinkových kolonií. Vývoj byl sledován in situ v řezu kolonie pomocí fluorescenční i "wide-field" mikroskopie. Schopnost de- diferenciace již specializovaných buněk byla hodnocena zejména podle charakteru exprese fluorescenčně značeného proteinu Ato1p, který slouží jako proteinový marker U buněk. Druhá část se zabývá optogenetickým systémem a jeho možným využitím v kvasince. Optogenetických nástrojů, umožňujících kontrolovat různé buněčné procesy pomocí světla, je v dnešní době popsána celá řada. Jedním z těchto optogenetických nástrojů je systém EL222, který v buňkách umožňuje indukci exprese pomocí modrého světla. Jedním z cílů této diplomové práce bylo otestovat aktivitu...
|
|
|
Diferenciace kvasinkových kolonií: Role vybraných transkripčních faktorů a metabolických proteinů
Plocek, Vítězslav ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Sychrová, Hana (oponent)
4 Abstrakt Kvasinky, ač se jedná o jednobuněčné mikroorganismy, v přirozených podmínkách vytvářejí složité mnohobuněčné útvary, jako jsou například biofilmy a kolonie. V rámci těchto útvarů následně probíhají děje, jako buněčná diferenciace, specializace jednotlivých buněčných populací a buněčná signalizace, typické pro mnohobuněčné organismy. V literárním úvodu této práce je shrnut přehled současných znalostí o vývoji biofilmů a kolonií, a to především druhu Saccharomyces cerevisiae, jako modelovém organismu, a některých vybraných regulací, které jsou důležité pro tvorbu mnohobuněčných struktur. Ve výsledkové části se zaměřuji na dva směry výzkumu. První z nich je směřován na mechanizmy podílející se na tvorbě mnohobuněčných struktur. Při studiu formování SLI biofilmů (biofilmů na rozhraní pevný povrch/kapalina) jsme zdokumentovali antagonistickou roli regulátorů CYC8 a TUP1 na jejich utváření a také jsme popsali vliv přítomnosti glukózy na vývoj a stabilitu SLI biofilmů kmene BR-F. Při této příležitosti jsme vyvinuli zobrazovací metodu, díky které jsme schopni za fyziologických podmínek připravit a pomocí mikroskopie pozorovat vnitřní strukturu (svislý průřez) SLI biofilmů i nárůstů neadherovaných buněk. Dále jsme popsali principy distribuce buněk při růstu obřích kolonií a zavedli model distribuce...
|
|
|
Autofagie u kvasinek
Nejedlý, Adam ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Libus, Jiří (oponent)
Autofagie je proces degradace buněčné cytoplazmy, proteinů a organel zejména v odpověď na nedostatek živin nebo poškození buněčných struktur. Modelovým organismem pro výzkum autofagie u eukaryot jsou kvasinkové organismy, zejména Saccharomyces cerevisiae, v menší míře pak Komagataella phapphi. Autofagii dělíme podle dvou kritérií jednak na makroautofagii a mikroautofagii, druhak na selektivní a neselektivní autofagii. Při makroautofagii se kolem degradovaného materiálu tvoří autofagozom, který následně fúzuje s vakuolou. Mikroautofagie probíhá přímým vychlípením a obalením degradovaného materiálu vakuolární membránou. Během neselektivní autofagie je sekvestrována náhodná část cytosolu, selektivní autofagie slouží ke specifické degradaci konkrétních proteinů a organel. Výzkum autofagie má značný medicínský význam kvůli úloze defektů autofagie v mnoha závažných lidských onemocněních.
|
|
|
Transport amonných iontů u kvasinek
Faltýnková, Kateřina ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Princová, Jarmila (oponent)
Bakalářská práce - Kateřina Faltýnková - Transport amonných iontů Amoniak a amonné ionty jsou pro kvasinkové buňky nesmírně důležité, a to ne pouze v metabolismu, například syntéze aminokyselin, ale také jako signální molekuly, které slouží ke komunikaci mezi koloniemi, popřípadě k regulaci pseudohyfálního růstu. Transport amoniaku a amonných iontů vyžaduje aktivní transport, který je zajišťován MEP permeázami dovnitř buňky a pravděpodobnými exportéry ATO proteiny ven z buňky. V této práci jsou popsány rodiny genů MEP a ATO, se zaměřením na jejich význam pro příjem a export amonných iontů kvasinkou a také regulace těchto dvou rodin genů u kvasinek Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans, Cryptococcus neoformans a Yarrowia lipolytica.
|
|
|
Tvorba proteinových granulí v diferencovaných buňkách kvasinkových kolonií
Kočířová, Eliška ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent)
Kvasinky Saccharomyces cerevisiae jsou jednobuněčné eukaryotické organismy schopné tvorby mnohobuněčných útvarů - kolonií a biofilmů. V průběhu vývoje kolonií laboratorních kmenů dochází k diferenciaci buněk na specificky lokalizované buněčné subpopulace - U a L buňky, lokalizované v horní, resp. dolní části kolonie. U a L subpopulace buněk mají odlišnou morfologii, liší se výrazně svými metabolickými procesy a odolností vůči stresu. Proteinové granule jsou nemembránové "organely" popsané u jednobuněčných i mnohobuněčných eukaryotických organismů. Tvorba proteinových granulí souvisí s fyziologickým stavem buňky (např. s chronologickým i replikativním stárnutím), ale i s podmínkami vnějšího prostředí, jejich změnou a reakcí buněk na působení stresových faktorů. Poměrně značná frakce proteinů se během života buňky objeví v některém typu proteinových granulí. Tvorba granulí může zvyšovat fitness buněk, pomáhá jim vyrovnat se s limitujícími zdroji energie a je stěžejní při adaptaci buněk na stres. Řada proteinů mění svoji lokalizaci v buňce v závislosti na její fyziologii a konkrétní lokalizace takových proteinů proto může být jakýmsi "markerem" specifického fyziologického stavu. V každém typu granulí se vyskytují proteiny, které lze považovat za specifické "proteinové markery" daného...
|
|
|
Antagonistic regulation by global transcription factors Tup1p, and Cyc8p of Flo11 and Flo11 -dependent phenotypes in wild yeast
Nguyen Van, Phu ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Malcová, Ivana (oponent)
Biofilmy jsou běžným způsobem růstu kvasinek, ve kterém buňky přilnou k sobě navzájem a přilnou k abiotickým povrchům za vzniku komplexních mnohobuněčných struktur. Společný život v biofilmech poskytuje buňkám množství výhod ve srovnání s planktonním způsobem růstu. Mezi ně patří především ochrana před vlivy vnějšího prostředí a rezistence. Biofilmy se nacházejí v mnoha prostředích a hrají důležitou rolí v průmyslu. Biofilmy však mohou být také velmi nebezpečné v klinických podmínkách. Existuje tedy velký zájem o studium biofilmů a o jejich eliminaci. V této práci jsme použili biofilm divokých kvasinek Saccharomyces cerevisiae jako ideální systém pro zkoumání potenciálních funkcí kvasinkového Cyc8-Tup1 transkripčního corepresorového komplexu při regulaci buněčné adheze a tvorby biofilmu na agarovém živném médiu a na rozhraní pevná látka-kapalina. Zjistili jsme, že, oproti původnímu očekávání, Cyc8p a Tup1p antagonisticky kontrolují tvorbu strukturovaných biofilmových kolonií na agaru a expresi genu FLO11. Samotný Cyc8p působí jako klíčový represor FLO11, zatímco Tup1p podporuje tvorbu kolonií biofilmu a indukuje expresi FLO11 inhibováním represivní funkce Cyc8p a prevencí degradace Flo11p pravděpodobně mechanismem zahrnujícím inhibici extracelulární proteázy. Navíc Cyc8p a Tup1p antagonisticky...
|
|
|
Chemická signalizace mezi mikroorganismy
Karásek, Filip ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Tato práce pojednává o chemické signalizaci mezi mikroorganismy. Největší zaměření je kladeno na fenomén quorum sensing, ale jsou představeny i některé jiné molekuly které slouží k signalizaci. Práce prezentuje základní ucelené informace o quorum sensing a některých dalších signálních molekulách u vybraných zástupců grampozitivních a gramnegativních bakterií a také u kvasinek. Kromě toho je představen i univerzální systém LuxS, který umožňuje komunikace mezi různými druhy bakterií a také je zde ukázána schopnost komunikace mezi bakteriemi a kvasinkami. Klíčová slova: Quorum sensing, signální dráha, signální molekula, bakterie, kvasinky, komunikace
|
|
|
Regulation of yeast chronological ageing
Fedorová, Viktória ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Malcová, Ivana (oponent)
Kvasinkové bunky prechádzajú po vyčerpaní živín z prostredia do stacionárnej fázy, v ktorej prispôsobujú svoj metabolizmus a ďalšie fyziologické funkcie a prežívajú v režime tzv. chronologického starnutia charakteristickom nedeliacimi sa, prípadne len málo sa deliacimi bunkami. Tento typ starnutia je prirovnávaný k postmitotickému starnutiu buniek vyšších eukaryotických organizmov. Kvasinkové populácie v podmienkach chronologického starnutia tvoria dve subpopulácie vzájomne závislých buniek v tekutej kultúre aj v kolónii rastúcej na agarovom médiu. Dĺžka tohto starnutia sa udáva ako čas, ktorý je populácia schopná prežiť v podmienkach stacionárnej fázy a je regulovaná kalorickou reštrikciou či evolučne konzervovanými dráhami, ktoré reagujú na množstvo konkrétnych látok, ako sú uhlík či aminokyseliny. Regulačné účinky majú tiež samotné metabolity vnútorných procesov bunky či rôzne chemické látky nachádzané v prirodzenom životnom prostredí týchto jednobunkových organizmov. Kľúčové slová: kvasinky, Saccharomyces cerevisiae, stacionárna fáza, chronologické starnutie kvasiniek, diferenciácia buniek, regulačné dráhy, metabolity
|
host ::
RSS.