|
| |
|
|
Importance of fungal decomposition of wood in the ecosystems of natural forests
Štercová, Lucie ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Rozklad organických částí představuje důležitou součást globálního cyklu uhlíku a ovlivňuje jeho světové změny prostřednictvím uvolňování CO2. V temperátních lesích představuje mrtvé dřevo velký zásobník uhlíku, jeho množství a rozklad je klíčovým pro biodiversitu afungování ekosystémů. Houby jsou všudypřítomní mocní rozkladači ve všech terestrických ekosystémech. Jejich schopnost rozkládat všechny součásti dřeva, halvně lignocelulózu, je vysoce důležitá. Bez hub by rozklad dřeva a uvolňování zadržovaných živin zpátky do nutričních cyklů nebyl možný. Zatímco se většina studií soustředila na odhad rychlosti tlení dřeva, stale hlubší poznání o mikrobiálních dekompozičních procesech a diverzitě saproxylických druhů a jejich interakcí je potřeba. Houby jsou stále nedostatečně zastoupeny ve studijích mrtvého dřeva. Tato studie měla dva hlavní cíle. Prvním bylo popsat houbovou komunitu na ležícím mrtvém dřevě Fagus sylvatica a Abies alba v přírodním lese Salajka v České republice, pro reflexi změn substrátu během různých tříd tlení a k propojení enzymových aktivit se složením houbového společenstva a jejich popsaných ecofyziologijí. A druhý cíl byl popsat houbové komunity na stojících a ležících mrtvých kmenech Fagus sylvatica, Picea abies a Abies alba, v přírodním lese Žofín, v České republice, k určení...
|
|
|
Vývoj webových stránek s implementací webové analytiky
Kolařík, Miroslav ; Klán, Petr (vedoucí práce) ; Galba, Alexander (oponent)
Cílem této bakalářské práce je vytvořit firemní webové stránky podle nejnovějších trendů a standardů. Součástí bude také inherentní implementace webové analytiky. Tyto stránky by měly informovat nové i stávající zákazníky, zvýšit povědomí o firmě a zároveň poskytovat data pro analýzu jejich využití. V teoretické části bude stručně popsán jazyk HTML, CSS a metody webové analytiky. Praktická část se zaměřuje na vývoj webových stránek, které budou optimalizovány pro mobilní zařízení, bude provedena jejich základní optimalizace pro vyhledávače, a nakonec implementována webová analytika s využití služeb Google Analytics.
|
|
|
Vliv mikrobiomu na patogenezi střevních onemocnění
Galanová, Natalie ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Hudcovic, Tomáš (oponent)
Střevní mikrobiota je významným faktorem ve vývoji některých onemocnění, k nimž patří i idiopatické střevní záněty (IBD, n = 127), Ulcerózní kolitida, Crohnova choroba, a kolorektální karcinom (CRC, n = 64). Součástí této práce je připravit klinický materiál různého typu (stolice, biopsie) k sekvenaci na platformě Illumina Miseq. Tohoto je dosaženo přes izolaci DNA, amplifikaci 16S a vnitřního přepisovaného mezerníku (ITS), normlaizaci a ligaci sekvenačních adaptorů. Cílem je pomcí sekvenačních dat popsat rozdíly v mikrobiomu zdravých a nemocných jedinců v případě IBD nebo zdravé a karcinomem zasažené tkáně u pacientů s CRC. Tuto práci tvoří i kultivační část, kdy jsou vzorky čerstvé stolice (n = 3) kultivovány při široké škále aplikovaných podmínek, jimiž je zjištěna ekofyziologická a druhová diverzita těchto vzorků klasickými a molekulárními metodami. Zároveň je spolehlivě taxonomicky určena diverzita kultivovatelných hub ve fekálních vzorcích amplifikací relevantních genů (ITS1, β tubulin, druhé největší podjednotky RNA polymerázy II., RPB2) a následnou oboustrannou sekvenací Sangerovou metodou. Vybrané druhy hub jsou zpracovány na lyzáty, kterými jsou stimulovány buněčné kultury myších makrofágů (RAW). Vliv hub na imunitní odpověď je tak studován in vitro a analyzován imunologickými metodami...
|
|
|
Mykobiom lidského trávicího traktu ve zdraví a nemoci
Galanová, Natalie ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Hudcovic, Tomáš (oponent)
Práce komplexním způsobem shrnuje poznatky o mykobiomu trávicího traktu člověka. Podává tak přehled o výskytu, diverzitě a četnosti hub v jednotlivých částech trávicí trubice, faktorech určujících složení jejích společenstev, interakcích s imunitním systémem, ostatními mikroby i mezi jednotlivými členy houbové komunity. Stručně naznačuje používanou metodologii při studiu daného předmětu spolu s výhodami jednotlivých postupů. Shrnuje a diskutuje současné znalosti o přirozeném mykobiomu, který se podílí na efektivním fungování organismu a to i v případech, kdy se tento podílí na vzniku a udržování stavu disbalance. Pro rod Candida, dominantní gastrointestinální rod, je shrnuta ekologie i podrobnější interakce s okolím. Střevní mykobiota je dle posledního výzkumu považována za důležitý faktor ve vývoji některých lokálních onemocnění, k nimž patří také idiopatické střevní záněty, ulcerózní kolitida a Crohnova choroba, nebo syndrom dráždivého tračníku. Ovšem také různá zdánlivě nesouvisející onemocnění jsou v posledních letech spojována se změnou ve střevním mykobiomu. Navíc se střevní komunita svou imunogenní podstatou podílí i na vzniku obraných reakcí v jiných částech těla. Klíčová slova: mykobiom, mikrobiota, sekvenování nové generace, ITS rDNA, diverzita, idiopatické střevní záněty, dráždivý tračník
|
|
|
Cellulolytic fungi and their diversity on plant litter
Gálová, Diana ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Rozklad opadu si vyžaduje prítomnosť zodpovedajúcich degradačných enzýmov, ktorých dobrými producentmi sú práve huby. Lesné pôdy vykazujú značnú mieru heterogenity v rozložení týchto enzýmov v rôznych merítkach. Navyše produkcia degradačných enzýmov sa mení v priebehu roka. Obvykle ju sprevádza i zmena spoločenstva húb. V tejto práci som sa zaoberala rozložením enzymatickej aktivity na povrchu jednotlivých listov z opadu a zaujímal ma rozdiel v zložení spoločenstiev osídľujúcich miesta kde prebieha intenzívny rozklad celulózy a miestach s nízkou enzymatickou aktivitou. Ďalším cielom bolo izolovať celulolytické huby pomocou opadových sáčkov s celulózou, umiestnených v lesnom opade, s využitím metódy filtrovania spór a metódy vyrieďovania (dilution-to-extinction). V listnatom lese s dominantným porastom dubu bol odobraný opad v štyroch štádiách rozkladu: senescentné listy z vetvičiek a opad po 2, 10 a 22 mesiacoch dekompozície. Na desiatich listoch z každého druhu opadu bola zmeraná aktivita celobiohydrolázy na ich povrchu. Listy boli prichytené na doštičku s agarom a plocha listu bola pokrytá agarózou obsahujúcou fluorescenčne značenú substrát. Pre každý list bola vytvorená mapa relatívnej enzýmovej aktivity a v miesta s nízkou a vysokou aktivitou bol vyrezaný štvorec o ploche približne 1 cm2 . Z oboch...
|
|
|
Diverzita a interakce mikrobů asociovaných s syndromem bílého nosu netopýrů
Fabryová, Anna ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Haňáčková, Zuzana (oponent)
Syndrom bílého nosu je závažné onemocnění, které v nedávné době postihlo netopýří kolonie Spojených států a Kanady. U populací v daných oblastech vyvolává masivní úhyn tĕchto zvířat. Choroba je způsobena chladnomilnou houbou Pseudogymnoascus destructans, jež vytváří na postižených jedincích bílé povlaky, dle nichž byl tento syndrom pojmenován. Současné výzkumy ukazuji, že růst P. destructans je nejspíše inhibován bakteriemi rodu Pseudomonas. Proto je tato práce dále zaměřena na shrnutí poznatků o interakcích hub a bakterií a zmiňuje významné antifungální látky rodu Pseudomonas.
|
|
|
Studium environmentálních vzorků pomocí pyrosekvenování a vliv intragenomové variability ITS rDNA oblasti na odhady diverzity hub
Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Větrovský, Tomáš (oponent)
ITS region jaderné ribozomální DNA je dnes jeden z nejčastějších houbových barcode markerů. Používá se v environmentálních metagenomických analýzách, při determinaci hub, ale i při studiu jejich fylogeneze. V genomu se rDNA vyskytuje ve formě multikopiových tandemových repetic. Běžným Sangerovým sekvenováním získáme vždy pouze konsenzus repetic, zakrývající většinu možných intragenomových variancí. Stále častěji používané 454 pyrosekvenování odhaluje sekvence jednotlivých kopií. Většina mutací se během jevu zvaného concerted evolution vytrácí. Částečná variabilita v kopiích však zůstává zachována, včetně možných pseudogenů. Vzhledem k častému používání 454 sekvenování u environmentálních studií nejsme schopni tuto variabilitu odlišit od reálné diverzity. Tím pravděpodobně dochází k nadhodnocování skutečné diverzity a mylnému vyhodnocování dalších studií. Práce shrnuje studie zabývající se zjišťováním diverzity hub pomocí 454 sekvenování a zároveň předkládá rešerši současných poznatků o intragenomové variabilitě rDNA coby potenciálním zdroji nepravé diverzity. Doposud chybí experimentální práce, která by se komplexním propojením těchto problematik zabývala.
|
|
|
Molekulární fylogeneze rodu Geosmithia
Korittová, Celie ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
Rod Geosmithia zahrnuje 11 popsaných a několik desítek dosud nepopsaných druhů hub, které se vyskytují téměř výhradně v požercích podkorního hmyzu (zejména kůrovců). V rámci předkládané diplomové práce byla provedena fylogenetická analýza na základě sekvencí čtyř genů kódujících proteiny, konkrétně TEF-1, RPB2, Mcm7 a Tsr1. Tato analýza potvrdila, že ekologické strategie geosmithií (tzn. vazba na listnáče či jehličnany a adaptace na symbiózu s ambrosiovými brouky) se vyvinuly několikrát opakovaně. Na základě získaného fylogenetického stromu jsem rozlišila 51 druhů (ve smyslu "Genealogical Concordance Phylogenetic Species Recognition"). Dále jsem testovala schopnost těchto genů sloužit jako "barcode" pro identifikaci blízce příbuzných druhů geosmithií.
|
|
|
Evoluční ekologie rodu Geosmithia
Veselská, Tereza ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Gryndler, Milan (oponent)
6 Abstrakt Rod Geosmithia Pitt (Ascomycota: Hypocreales) patří mezi houby žijící v symbiose s podkorním hmyzem. Původní asociací rodu je vazba na floémofágní kůrovce (Coleoptera: Scolytinae). Sběry z celého světa nasvědčují silné vazbě na vektor (podkorní hmyz), kdy spektrum hostitelských rostlin druhů Geosmithia odpovídá šířce niky vektoru. V rodě nalezneme speciality na čeleď Pinaceae, ale i generalisty s širokým spektrem hostitelských rostlin, především listnatých dřevin. U druhu G. morbida došlo k přechodu od saprotrofního způsobu života k patogennímu. Tento druh způsobuje úhyn ořešáků Junglans nigra v USA. Vlastnosti, které tomuto druhu patogenezi umožňují, nejsou zatím známy. Jinou odvozenou strategií, ke které došlo nejméně dvakrát nezávisle na sobě, je asociace s ambrosiovými brouky. Ambrosioví brouci vytvářejí požerek v xylému chudém na živiny, kde si pěstují svou asociovanou houbu, na které jsou nutričně zcela závislí. Jedná se tedy o přechod z fakultativní na obligátní asociaci na vektor. Ambrosiové houby sdílí konvergentní fenotyp, který vede k tvorbě velkých terminálních konidií a ke schopnosti kvasinkového růstu. Ve své diplomové práci se zabývám studiem znaků, které jsou důležité pro jednotlivé ekologické skupiny: specialisty na Pinaceae, patogena, ambrosiové houby a generalisty. Jelikož se...
|
host ::
RSS.