|
|
Combination of biochemical and high-throughput-sequencing approaches to study the role of Antinobacteria and fungi in the decomposition of plant biomass
Větrovský, Tomáš ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Slaninová Kyselková, Martina (oponent) ; Tomšovský, Michal (oponent)
Odumřelá rostlinná biomasa je klíčovým zdrojem uhlíku v pevninských ekosystémech, a proto je její rozklad významný pro koloběh tohoto prvku na zemi. Mezi nejvýznamnější rozkladače jsou řazeny především houby, a to zejména díky schopnosti produkovat vysoce účinné oxidativní a hydrolytické enzymy. Mnoho současných prací dále ukazuje, že kromě hub mohou být dalšími důležitými rozkladači celulózy a lignocelulózy také bakterie, zejména zástupci kmene Actinobacteria. Tato disertační práce je zaměřena na zhodnocení role hub a aktinobakterií při rozkladu odumřelé rostlinné biomasy. V rámci jejího řešení byly nejdříve zkoumány mechanismy tohoto rozkladu, týkající se především rozkladu hlavních komponent lignocelulózy: celulózy, hemicelulóz a ligninu, pomocí extracelulárních enzymů. U saprotrofní houby Fomes fomentarius byl důkladně popsán enzymový aparát a to jak in vitro, tak in vivo. Schopnost produkce hydrolytických enzymů byla dále testována u aktinobakterií izolovaných z půdy a u vybraných kmenů byly provedeny experimenty sledující osud polysacharidů a ligninu v průběhu jejich dekompozice. Aby bylo možno objasnit úlohu rozkladačů lignocelulózy v komplexních prostředích, jako je půda, bylo zkoumáno jejich zastoupení ve společenstvech hub a bakterií se speciálním zaměřením na aktinobakterie. K dosažení...
|
|
|
Monitoring obezity u mužů středního věku v Hradci Králové
Senecký, Petr ; Bunc, Václav (vedoucí práce) ; Větrovský, Tomáš (oponent)
Název: Monitoring obezity u mužů středního věku v Hradci Králové Cíle: Cílem této diplomové práce je zjistit prevalenci obezity u mužů ve věku 30 -50 let v Hradci Králové. Potřebná data pro tento empirický výzkum budou získána na základě vlastního dotazníkového šetření u 30 aktivních sportovců a u 30 pacientů diabetologické poradny pana prof. Martiníka trpících obezitou a léčících se v této poradně. Následně budou z dotazníků zjištěná data hlouběji analyzována s cílem zjistit především rizikové faktory obezity, zvládání stresu, fyzické aktivity, pevného denního režimu a života správy či výskytu genetické zátěže u dotazované skupiny sportovců a dotazovaných obézních pacientů z diabetologické poradny prof. Martiníka. Následně budou tato data vzájemně porovnána s cílem zjistit hlavní rozdíly mezi aktivními sportovci a obézními pacienty. Metody: Empirický výzkum byl realizován u 30 náhodně vybraných aktivních sportovců žijících v Hradci Králové a 30 náhodných pacientů prof. Martiníka léčících se obezitou rovněž z Hradce Králové ve věkové skupině 30 - 50 let na základě vlastnoručně zpracovaného dotazníku, který byl s pacienty i se sportovci vyplňován osobně, aby bylo možné získat rovněž informace mimo dotazníkovou škálu. Dotazníky byly následně vyhodnoceny a jejich výstupy byly následně graficky i...
|
|
|
Studium environmentálních vzorků pomocí pyrosekvenování a vliv intragenomové variability ITS rDNA oblasti na odhady diverzity hub
Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Větrovský, Tomáš (oponent)
ITS region jaderné ribozomální DNA je dnes jeden z nejčastějších houbových barcode markerů. Používá se v environmentálních metagenomických analýzách, při determinaci hub, ale i při studiu jejich fylogeneze. V genomu se rDNA vyskytuje ve formě multikopiových tandemových repetic. Běžným Sangerovým sekvenováním získáme vždy pouze konsenzus repetic, zakrývající většinu možných intragenomových variancí. Stále častěji používané 454 pyrosekvenování odhaluje sekvence jednotlivých kopií. Většina mutací se během jevu zvaného concerted evolution vytrácí. Částečná variabilita v kopiích však zůstává zachována, včetně možných pseudogenů. Vzhledem k častému používání 454 sekvenování u environmentálních studií nejsme schopni tuto variabilitu odlišit od reálné diverzity. Tím pravděpodobně dochází k nadhodnocování skutečné diverzity a mylnému vyhodnocování dalších studií. Práce shrnuje studie zabývající se zjišťováním diverzity hub pomocí 454 sekvenování a zároveň předkládá rešerši současných poznatků o intragenomové variabilitě rDNA coby potenciálním zdroji nepravé diverzity. Doposud chybí experimentální práce, která by se komplexním propojením těchto problematik zabývala.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.