|
|
Transcriptional response of plants to genotoxic stress and water deficit
Libus, Jiří ; Štorchová, Helena (vedoucí práce) ; Cvrčková, Fatima (oponent) ; Kovařík, Aleš (oponent)
7 Conclusions 1) cDNA array was prepared and used to assay transcript abundances of 376 selected Ara- bidopsis transcripts following various treatments with MMS. a) LoTrEC, clustering algorithm based on local trends of expression profiles, was de- signed and applied to the data. It succeeded to discover functionally rellevant clusters of expression profiles. b) Transcriptional responses to various MMS treatment regimes were investigated. While high MMS concentration seemed only to induce nonspecific stress reaction, the low and combined MMS resulted in a set of more specific expression changes. c) Expression levels of five transcripts were estimated by qRT-PCR. Trends of most of the profiles were confirmed. 2) Expression of 3 genes related to drought stress and/or response to cytokinin were mea- sured by qRT-PCR in wild type and ZOG1 transgenic plants. Transcript levels of all the genes were altered by water deficit. a) Although there are no significant macroscopic differences between wild type and ZOG1 transgenic plants, the mRNA abundances appeared to be influenced by the genotype. b) Leaf position (age) significantly influenced the expression of cig1 and ZOG1 driven by SAG12 promoter. c) RT primed with oligo-dT appeared more eficient than random hexanucleotide-primed reaction for 3 out of 5 mRNAs...
|
|
|
Identifikace a studium exprese genů účastnících se kvetení u modelové rostliny merlík červený (Chenopodium rebrum)
Cháb, David ; Štorchová, Helena (vedoucí práce) ; Kovařík, Aleš (oponent) ; Smýkal, Petr (oponent)
Souhrn Tatoprácesezabýá studiemmolekulrímíchzákladůfotoperiodickéindukcekveteníu modelovékátkodennírostlinymerlíkučerveného(Chenopodiumrubrum).Zaměřili jsme se na hledríLrria studiumexpresea fi.rrrkcehomologůgenůCoil,S77N,S(Co), FL)WERNG LoCUs r (FT) a LEAFY (LFY), klíčoýchregulátorůúčinkujícíchv signáni drázeindukce kvetenízávislénafotoperíoděu dlotltúenniArabidopsisthaliana. VtetraploidnímC' rubrwnjsme identifikovali dvaFT-lilre (FTL) geny_ CrFTL| a CrFTL2, lišícíse svými expresnímiprofily. CrFTL| by|o transkribovánoryÍnicky s maxímemuprostředdne.Za induktivníchfotoperiodiclcýchpodmínekkorelovalazr"ýšená expreseCrFTL| s míroukvetení'za neinduktivnichpodmínekneby|CrFTLI exprimován. ExpreseCrFTL2 byla za všechstudovanýchfotoperiodiclqýchrežimůkonstitutivn.CrFTL| je velmi pravděpodobněaktivátor kvďert, CzFTL2 se neúěastríkveteníza studovaných podmínekajehofunkcezůstrívánejasná. Dva Co-Iile (CoL) geny CrCoLL a CrCoL2 zC. rubrnt podléhajídosud nepopsanémutypu altemativníhosestřihua produkujídva t}py transkiptů.Jednaforma Íanskiptu ďpovídá standardnímusesřihu prvníhoajedinéhointronuv konzervovanépozici V druhéforměje navícvysťiŽena90 bp dlouhásekvenceodpovídajícíčástiprvníhoexonu' Všechnyět5rřiformy transkiptůvykazují stejnéřanskipční profily (ryErrickí exprese smaximemnakoncinoci)lišícísejenýškou...
|
|
|
Dynamika a mechanismus umlčování reportérového genu pro GFP v závislosti na aktivitě RDR6 a způsobu indukce RNA interference v buněčné linii tabáku BY-2
Motylová, Šárka ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Kovařík, Aleš (oponent)
RNA interference (RNAi) je proces, který se u rostlin prostřednictvím malých RNA (sRNA = small RNA) významně podílí na regulaci genové exprese. Rozmanité dráhy RNAi lze rozdělit na dva základní mechanismy, a to posttranskripční a transkripční umlčování (PTGS a TGS). Vznik sRNA je vždy závislý na přítomnosti dvouvláknové molekuly RNA (dsRNA), která je štěpena některým z DCL proteinů za vzniku sRNA obvykle o délce 21 - 24 nt a jedno z vláken sRNA je následně rozpoznáno proteinem AGO. V případě PTGS interaguje komplex AGO- sRNA na základě komplementarity sekvence sRNA s cílovou RNA, kterou rozštěpí nebo zablokuje její translaci. U TGS reaguje AGO s rostlinně specifickou RNA Pol V a jejími transkripty, se kterými opět páruje vlákno sRNA nesené proteinem AGO. Tato interakce umožní sestavení komplexu proteinů, které indukují metylaci DNA a posléze i histonů, jež působí inhibičně na transkripci RNA Pol II. Způsobů, jakými může dsRNA vznikat, je celá řada. Velká část v buňce tvořených dsRNA je závislá na syntéze komplementárního vlákna do podoby dsRNA prostřednictvím RDR6 (RNA dependentní RNA polymeráza 6), která je zapojena i do procesu vzniku sekundárních sRNA. Význam RDR6 při PTGS byl zkoumán pomocí reportérového genu pro GFP, a to při samovolném umlčování a při umlčování vyvolaném třemi odlišnými...
|
|
|
The application of magnetic particles for DNA isolation from selected vegetable products
Akwari, Michala ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
Micromethod of DNA isolation using magnetic particles is one of the modern technological methods used in DNA isolation, and makes the process simpler, more effective and faster. The main aim of this study was to isolate the DNA from various plant (tomato) food products, using different types of magnetic particles. The results were compared and the quantity, purity and the possibility of amplication of the isolated DNA among samples were found to be different. The DNA isolation method using magnetic particles P(HEMA-co-GMA) or HPS B-M-NH2 was shown to be the most effective in achieving the above mentiond parametres. DNAs from the analysed samples of plant food products were isolated in sufficient quantity and quality to be used in the conventional PCR. Differences in the possibility of the amplification of the isolated DNA stored at -20 °C during more than a half year were not found.
|
|
|
Variabilita exprese a umlčování transgenů v rostlinách bramboru a v buněčné linii tabáku BY-2
Nocarová, Eva ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Moravec, Tomáš (oponent) ; Kovařík, Aleš (oponent)
Závěry U suspenzních kultur buněčné linie tabáku BY-2 odvozených z kalusů po transformaci bylo po transformaci téměř 90 % linií tvořeno buňkami s různou mírou fluorescence GFP. Nově zavedená metoda klonování umožnila získání téměř poloviny klonů s homogenní expresí GFP z primárně heterogenních linií BY-2. Heterogenita exprese GFP u transgenních linií BY-2 měla původ jednak genetický (primární linie obsahovaly buňky s různými inzercemi T-DNA) a jednak epigenetický. Epigenetická heterogenita linií BY-2 souvisela s umlčováním transgenů, tvorbou stabilních epigenetických stavů brzy po transformaci a "permanentní heterogenitou" projevující se kolísavými změnami v expresi GFP. Snížení nebo umlčení exprese transgenů u bramboru bylo pozorováno přednostně u linií s vyšším počtem insercí T-DNA a s vyšší počáteční expresí GFP. Umlčení vždy postupně postihlo oba vnesené geny, přičemž vymizení exprese GFP předcházelo (v řádu měsíců) ve všech sledovaných případech ztrátě rezistence ke kanamycinu (umlčení genu NPTII), což naznačuje vzájemné propojení mezi umlčováním obou transgenů. Stejná posloupnost v umlčení obou transgenů byla také pozorována u umlčených linií po obnovení exprese transgenů 5-azacytidinem, který způsobuje demetylaci DNA. Byl navržen možný mechanismus postupného umlčování transgenů v rámci celých rostlin...
|
|
|
Využití magnetických nano- a mikro částic při izolaci DNA z vybraných druhů potravin
Ráčková, Lucie ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
V práci byla ověřována mikrometoda izolace rostlinné DNA z vybraných druhů zeleniny (cibule, brokolice) a potravinových výrobků v kvalitě vhodné pro konvenční polymerázovou řetězovou reakci (PCR). Mikrometoda umožňuje izolaci DNA pomocí magnetických nosičů z hrubých lyzátů buněk, získaných přímou homogenizací rostlinných tkání. Byly porovnávány různé způsoby zpracování homogenátů. Homogenizace probíhala v lyzačním pufru s obsahem cetyltrimetylamoniumbromidu (CTAB). Byl testován vliv organických extrakčních činidel chloroform-oktanolu a isopropanolu. Z homogenátů byla DNA purifikována reverzibilní adsorpcí na magnetické částice. Byly testovány celkem čtyři různé typy magnetických částic. U izolovaných DNA bylo provedeno spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty. Amplifikovatelnost DNA byla ověřena pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). Byly použity dvě sady specifických primerů pro rostlinnou ribosomální DNA (rDNA). Produkty PCR dlouhé 700 a 220 bp byly detegovány agarózovou gelovou elektroforézou. Byly prokázány rozdíly ve výtěžku a kvalitě DNA v závislosti na způsobu zpracování homogenátů a použitých magnetických nosičích. Navržený postup s dvěma nosiči byl testován pro izolaci DNA z potravinových výrobků obsahujících rostlinný materiál (rostlinné pomazánky). DNA se amplifikovala v PCR. Mikrometoda je vhodná pro DNA analýzu potravin.
|
|
|
Využití magnetických částic při izolaci DNA z vybraných tepelně zpracovaných výrobků rostlinného původu
Hronová, Aneta ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
Diplomová práce byla zaměřena na testování mikroizolace DNA za pomocí magnetických částic z tepelně zpracovaných potravinových výrobků v kvalitě vhodné pro polymerázovou řetězovou reakci (PCR). Pro analýzu byly vybrány rybízové džemy. Ty byly homogenizovány s použitím plastového kopistu a stomacheru v lyzačním roztoku s cetyltrimetylammonium bromidem (CTAB). Při přípravě homogenátů byl testován vliv chloroform-oktanolu a isopropanolu. Homogenáty byly použity pro izolaci DNA magnetickými částicemi. Po odstředění komplexů CTAB s proteiny, polyfenoly a polysacharidy byla hrubá frakce DNA purifikována vazbou na magnetické částice. Byly testovány dva druhy magnetických částic: mikročástice poly(hydroxyethylmethakrylát-co-glycidylmethakrylát) - P(HEMA-co-GMA) a nanočástice oxidů železa pokryté poly(L-lysinem) - PLL. Izolovaná DNA byla podrobena spektrofotometrické analýze, kde byla zjišťována její koncentrace a kontaminace polyfenoly a proteiny. Poté byla testována amplifikovatelnost DNA v PCR. Pro amplifikaci byly použity primery specifické pro rostlinnou ribosomální DNA. Produkty PCR s očekávanou délkou 700 bp byly detegovány agarózovou gelovou elektroforézou. Bylo zjištěno, že z džemů lze pomocí testovaných magnetických nosičů izolovat DNA v kvalitě vhodné pro PCR.
|
|
|
Využití magnetických částic pro izolaci DNA z vybraných druhů koření
Gaňová, Martina ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
Izolácia DNA z rastlinného pletiva v požadovanej kvalite je veľmi komplikovaná, hlavne z dôvodu prítomnosti látok, ktoré môžu interferovať pri amplifikácii DNA. Týmito látkami sú hlavne polyfenoly, polysacharidy, proteíny a rôzne farbivá. Chemická rôznorodosť takýchto látok môže mať významný vplyv na výťažok a kvalitu DNA pri použití jedného izolačného postupu. Hlavným cieľom práce bolo vyhodnotiť použitie mikroizolačného protokolu u príbuzných matríc na kvalitu izolovanej DNA ako aj zhodnotenie vplyvu inhibítorov izolovaných spolu s nukleovou kyselinou na jej amplifikáciu v PCR. DNA bola izolovaná zo sušenej mletej papriky (Capsicum annuum). V prvej fáze boli vzorky homogenizované s použitím lyzačného roztoku s cetyl trimetyl amónium bromidom. Následne bola DNA purifikovaná pomocou reverzibilnej adsorbcie na magnetické nosiče. Celkom bolo testovaných šesť rôzne modifikovaných nosičov. Koncentrácia a čistota získanej DNA bola stanovená spektrofotometricky meraním absorbancie roztoku DNA v TE pufre. Kvalita DNA bola overená amplifikáciou v PCR. Boli použité priméry špecifické pre rastlinnú ribozomálnu DNA (rDNA). Prítomnosť produktov PCR bola dokázaná agarózovou gélovou elektroforézou. Bolo zistené, že použitou mikrometódou je možné izolovať DNA odpovedajúcej čistoty, ktorá je vhodná pre genetickú analýzu pomocou PCR. Boli zistené rozdiely medzi magnetickými nosičmi, ktoré boli testované pre izoláciu DNA.
|
|
|
Změna rychlosti řeči
Kovářík, Aleš ; Schwarz, Petr (oponent) ; Szőke, Igor (vedoucí práce)
Tato diplomová práce pojednává o změně rychlosti řeči. Jako metoda pro změnu rychlosti byla v této práci použita PSOLA (Pitch Synchronous OverLap Add). PSOLA je algoritmus pracující v časové oblasti. Práce rovněž uvádí další metodu -- fázový vokodér pracující ve frekvenční oblasti. Tato práce dále rozšiřuje metodu PSOLA o fonémový rozpoznávač s úmyslem zvýšit srozumitelnost výsledné řeči vyhodnocením typu hlásek v mluveném projevu -- samohlásky, frikativy apod. Pro ověření kvalit navrženého propojení metody PSOLA a fonémového rozpoznávače byla vytvořena aplikace, která toto spojení realizuje.
|
|
| |
host ::
RSS.