|
|
Evoluce způsobů určování pohlaví a genomů u šupinatých plazů (Reptilia: Squamata)
Pokorná, Martina ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent) ; Vyskot, Boris (oponent)
Evoluce způsobů určování pohlaví a genomů u šupinatých plazů (Reptilia: Squamata) Martina Pokorná disertační práce Abstrakt Disertační práce se zabývá evolucí způsobů určování pohlaví a genomů u šupinatých plazů. Jejím základem jsou tři publikované práce a dva rukopisy. Evoluce pohlavně determinačních mechanismů, pohlavních chromosomů a genomů a jejich uspořádání byla studována na širší fylogenetické úrovni všech šupinatých plazů se začleněním dalších linií plazů a také na menší škále jako podrobné srovnání uvnitř vybraných linií. Problematika byla studována klasickými cytogenetickými metodami a metodami molekulární cytogenetiky, zejména s použitím fluorescenční in situ hybridizace na různých úrovních. Výsledky byly interpretovány v rámci fylogenetických postupů. Práce přispívá k hlubšímu porozumění principů určování pohlaví a evoluce tohoto fenoménu nejen u šupinatých plazů, ale i u amniotických obratlovců. Na základě výsledků získaných při řešení problematiky je možné konstatovat, že pohlavní chromosomy vznikaly v evoluci v jednotlivých skupinách amniotických obratlovců nezávisle. Tento vznik je v některých případech následován akumulací mikrosatelitových sekvencí na pohlavních chromosomech, jejichž charakter však není společný pro pohlavní chromosomy u různých fylogenetických linií. Uspořádání genomů...
|
|
|
Fyzické mapování vazebně neidentifikovaných oblastí pomocí BAC klonů u Xenopus tropicalis
Špirhanzlová, Petra ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent)
Xenopus leavis, který byl ve 20.století oblíbeným modelovým organismem je v současné době nahrazován diploidním druhem Xenopus tropicalis, který má nejenkratší generační dobu, ale i menší genom. Jedním z nedostatků Xenopus tropicalis je absence úplné vazebné a fyzické mapy. Podle JGI genomové databáze (assembly 4.1) se nachází na krátkém raménku chromozómu 2 a 7 nemapované oblasti, do kterých byly v novější verzi (assembly 7.1) přiřazena řada BAC klonů s osekvenovaným jedním nebo oběma konci. Vyvstává ovšem otázka, zda tyto 100 bp dlouhé sekvence stačí k unikátnímu zařazení BAC klonu do genomu Xenopus tropicalis. S cílem ověření správnosti zařazení těchto BAC klonů v JGI databázi byly vybrány BAC klony, které se podle databáze nachází na krátkém raménku chromozómu 2. Pomocí fluorescenční in situ hybridizace byly tyto BAC klony lokalizovány na metafázních chromozómech. Vybrané BAC klony vykazovaly signál na krátkém raménku chromozómu 1, místo na krátkém raménku chromozómu 2 a ve většině případech byly opačně orientované, což ukazuje na to, že koncová sekvence 100 pb je pravděpodobně nedostatečná k unikátní identifikaci BAC klonu do chromozómu.V rámci této práce byl zaveden funkční protokol pro izolaci a značení BAC DNA
|
|
|
Cytogenetics and biology of selected representatives of the family Sphaeriidae
Kořínková, Tereza ; Juřičková, Lucie (vedoucí práce) ; Reise, Heike (oponent) ; Marec, František (oponent)
Cytogenetika a biologie vybraných zástupců čeledi Sphaeriidae Mgr. ing. Tereza Kořínková Abstrakt doktorské disertační práce Předkládaná disertace má podobu čtyř samostatných článků, jejichž plné verze jsou přiloženy. V době odevzdání disertace byly dva z těchto článků publikovány, jeden byl přijat k publikaci a jeden procházel recenzním řízením. Předmětem studií byla cytogenetika, rozmnožování a složení potravy u primárně sladkovodních mlžů z čeledi Sphaeriidae (Mollusca: Bivalvia: Veneroida), vyznačujících se hermafroditismem a živorodostí. Ač byly v uplynulých více než 100 letech studovány různé aspekty biologie této čeledi, mnohé otázky zůstávaly nezodpovězeny. Předkládaná práce obsahuje počty chromosomů u 11 druhů (z nichž 10 dosud nebylo z cytogenetického hlediska zkoumáno) a údaje o průběhu meiosy u dvou z těchto druhů (Kapitola 1). Zjištěné počty chromosomů byly dosti vysoké (od 140 po více než 240), avšak v meiose se chromosomy chovaly podobně jako u normálních diploidních organismů. Rovněž obsahy DNA u pěti vybraných druhů s vysokými počty chromosomů (měřeno průtokovou cytometrií) se výrazně nelišily od hodnot u příbuzných druhů se 30 chromosomy. To popírá hypotézu o vzniku karyotypů s vysokými počty chromosomů evolučně nedávnou polyploidizací. Jako pravděpodobnější se jeví hypotéza o dávné...
|
|
| |
|
|
Molecular cytogenetics of selected actinopterygian fishes: insight from repetitive sequences to whole genome analyses
Majtánová, Zuzana ; Symonová, Radka (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent) ; Šťáhlavský, František (oponent)
Paprskoploutvé ryby, Actinopterygii, skupina s nejvyšší taxonomickou diverzitou mezi všemi obratlovci, představují v posledním období atraktivní objekt evolučních studií. S pokrokem v oblasti molekulární cytogenetiky a cytogenomiky roste i význam těchto metod ve studiu uspořádání a evoluce rybích genomů jako základu této diverzity. Má dizertační práce se zabývá studiem evoluce genomu vybraných skupin ryb, a to jak bazálních linií parskoploutvých (Lepisosteidae a Amiidae) a kostnatých (Pantodontidae), tak i "vyšších" kostnatých ryb z čeledí Cobitidae a Coregonidae. Využila jsem metody konvenční a molekulární cytogenetiky společně s fylogenetickými a statistickými přístupy. V rámci své dizertační práce popisuji cytogenetickou variabilitu blízce příbuzných druhů síhů (Coregonus), a roli repetitivních úseků genomu v ekologické speciaci. V kontrastu s recentní cytotaxonomickou diverzitou síhů, jsme odhalili relativně dlouhodobou karyotypovou stabilitu ve spojení s asexuálním rozmnožováním u sekavců rodu Cobitis. V další publikaci detailně popisujeme překvapivé uspořádání AT/GC bazí na chromozomech a v genomu kostlínů (Atractosteus a Lepisosteus) a bioinformaticky analyzujeme jejich uspořádání v genomu těchto bazálních paprskoploutvých ryb v kontextu hlavních linií obratlovců. V návaznosti na práci o...
|
host ::
RSS.