|
|
Application of the Nambu mechanics formalism in atmospheric dynamics
Procházková, Zuzana ; Šácha, Petr (vedoucí práce) ; Badin, Gualtiero (oponent)
Nambova mechanika je zobecnění Hamiltonovské fyziky, které používá více zachovávajících se veličin jako Hamiltoniány. V této práci shrneme principy Nambovy mechaniky a ukážeme její použití na rovnicích nestlačitelného proudění a rovnicích mělké vody. Nambův tvar rovnic pro nestlačitelné proudění je zapsán na základě jejich Hamiltonovského tvaru a zachovávajících se veličin. Na příkladu rovnic mělké vody je představena obecnější metoda odvození Nambova tvaru. Metoda je založená pouze na znalosti Hamiltoniánu a momentů potenciální enstrofie. Výsledné rovnice mělké vody jsou pak ve tvaru součtu Nambových a Poissonových závorek. V případě použití klasické enstrofie jsou odvozené rovnice až na násobek ekvivalentní s běžně používaným tvarem rovnic mělké vody. Zápis pomocí antisymetrických Nambových závorek je užitečný ke konstrukci numerických schémat a teorie Nambovy mechaniky může být použita například pro studium odchylek od stacionárního proudění.
|
|
|
Optimalizace rekombinantní exprese proteinů v HEK293 buněčné linii
Bláha, Jan ; Bezouška, Karel (vedoucí práce) ; Šácha, Pavel (oponent)
Savčí buňky jsou dominantním systémem pro rekombinantní expresi farmaceutických proteinů. S rozvojem metodiky transientní transfekce savčích buněk se tento systém stává vhodným také pro strukturní biologii. Tato práce se zabývala optimalizací rekombinantní exprese v buněčných liniích HEK293T a HEK293-6E v různých médiích za použití snadno stanovitelných reportérových proteinů - sekretované alkalické fosfatasy (SEAP) a zeleného fluorescenčního proteinu (GFP). Důraz byl kladen na optimalizaci klíčových faktorů tvorby transfekčního komplexu - poměru DNA a polyethyleniminu a množství vložené DNA. Sledován byl i pozitivní vliv inhibitoru histonových deacetylas kyseliny valproové a dále kaseinového hydrolyzátu Tryptone N1.
|
|
| |
|
|
On the internal gravity wave - atmospheric circulation interaction
Procházková, Zuzana ; Šácha, Petr (vedoucí práce) ; Podglajen, Aurélien (oponent)
Vnitřní gravitační vlny, které významně ovlivňují střední atmosféru transportem a ukládáním energie a hybnosti, tvoří důležitou složku atmosférické dynamiky. Pro zlepšení globálních cirkulačních modelů, které nerozlišují velkou část spektra gravitačních vln, je potřeba efekt gravitačních vln co nejpřesněji kvantifikovat. Za tímto účelem v práci studujeme vnitřní gravitační vlny v simulaci modelu WRF s vysokým rozlišením v oblasti kolem Jižních And, Antarktického poloostrova a ostrova Jižní Georgie. Zabýváme se zejména analýzou Gaussovské high-pass filter metody pro oddělení příspěvku gravitačních vln od základního proudění. Zkoumali jsme problém, že metoda závisí na zvoleném parametru, a navrhli jsme zlepšenou verzi metody, ve které tento parametr určujeme v každém čase na základě horizontálního spektra kinetické energie. Rozdíly mezi těmito metodami jsme dále zkoumali pomocí horizontálního spektra kinetické energie, vertikálního spektra potenciální energie a pravé strany rovnice divergence vyhodnocené pomocí metody aktivních větrů, což je relativně nová metoda pro rozdělení proudění na rovnovážnou část a na pole perturbací. Výsledky naznačují, že původní high- pass filter metoda nevede ke správným výsledkům, pokud je možné v daném čase v oblasti pozorovat výraznou vlnovou aktivitu.
|
|
|
Možnosti využití oblačných produktů družicových dat
Šácha, Petr
Název práce: Možnosti využití oblačných produktů družicových dat Autor: Bc. Petr Šácha Katedra: Katedra meteorologie a ochrany prostředí Vedoucí diplomové práce: RNDr. Petr Pišoft Ph.D. e-mail vedoucího: Petr.Pisoft@mff.cuni.cz Abstrakt: Oblačnost hraje zásadní roli v globální energetickém a hydrologickém cyklu. Konkrétně přítomnost oblaků dominuje planetárnímu albedu a účastní se mnoha klimatických zpětných vazeb. V této práci je nejprve podán krátký informativní přehled distančního pozorování, základních informací o organizaci EUMETSAT, jí využívaných družic a její části CM-SAF a rešerše současného výzkumu. Poté je pozornost zaměřena na oblačné produkty získané z družicových dat, speciálně na CFC (procentuelní zakrytí oblačností) a CTY (typ oblačnosti) produkty. Množiny dat denních průměrů těchto produktů jsou porovnávány s denními průměry množství a typu oblačnosti vytvořenými ze staničních SYNOP měření na území České republiky. V případě velkých odchylek mezi zkoumanými datovými soubory denních průměrů pokrytí oblačností jsou hledány možné příčiny jako výběrová chyba, závislost na ročním období, na umístění stanice a na typu a výšce oblačnosti. Je vypočteno mnoho statistických analýz a validačních kritérií. Nakonec jsou diskutovány možnosti využití zkoumaných družicových produktů. Klíčová slova:...
|
|
|
Application of the Nambu mechanics formalism in atmospheric dynamics
Procházková, Zuzana ; Šácha, Petr (vedoucí práce) ; Badin, Gualtiero (oponent)
Nambova mechanika je zobecnění Hamiltonovské fyziky, které používá více zachovávajících se veličin jako Hamiltoniány. V této práci shrneme principy Nambovy mechaniky a ukážeme její použití na rovnicích nestlačitelného proudění a rovnicích mělké vody. Nambův tvar rovnic pro nestlačitelné proudění je zapsán na základě jejich Hamiltonovského tvaru a zachovávajících se veličin. Na příkladu rovnic mělké vody je představena obecnější metoda odvození Nambova tvaru. Metoda je založená pouze na znalosti Hamiltoniánu a momentů potenciální enstrofie. Výsledné rovnice mělké vody jsou pak ve tvaru součtu Nambových a Poissonových závorek. V případě použití klasické enstrofie jsou odvozené rovnice až na násobek ekvivalentní s běžně používaným tvarem rovnic mělké vody. Zápis pomocí antisymetrických Nambových závorek je užitečný ke konstrukci numerických schémat a teorie Nambovy mechaniky může být použita například pro studium odchylek od stacionárního proudění.
|
|
|
Generation and Characterization of Glutamate Carboxypeptidase II (GCPII)-Deficient Mice
Vorlová, Barbora ; Šácha, Pavel (vedoucí práce) ; Eckschlager, Tomáš (oponent) ; Bařinka, Cyril (oponent)
Glutamátkarboxypeptidasa II (GCPII) je transmembránový glykoprotein skládající se z krátké intracelulární a transmembránové domény a velké extracelulární domény, která vykazuje karboxypeptidasovou aktivitu. GCPII se podílí na neuromodulaci v mozku a absorpci folátů v tenkém střevě. Kromě těchto tkání se GCPII též vyskytuje v prostatě a ledvinách. Zde je ale její role neznámá. Za účelem zjištění funkce GCPII se několik vědeckých skupin pokusilo inaktivovat gen Folh1 (kódující GCPII) v myši. Tyto experimenty však vedly k rozporuplným výsledkům. Zatímco dvě studie ukázaly, že inaktivace genu Folh1 v myši vede k embryonální letalitě, jiné dvě studie publikovaly, že i po zmíněné inaktivaci jsou myši stále viabilní a navíc nevykazují žádný výrazný fenotyp. Cílem tohoto projektu bylo pokusit se připravit a charakterizovat myši s inaktivovaným Folh1 genem pomocí alternativní metody genetické modifikace. Za tímto účelem byly vytvořeny TALENy, které specificky cílily 11. exon genu Folh1 v myších zygotách genetického pozadí C57BL/6NCrl. Narozená mláďata generace F0 byla analyzována pro přítomnost mutací v rámci genu Folh1 a myši, které dohromady nesly 5 různých delecí, byly vybrány pro vytvoření mutantních linií. Linie, které nesly mutantní varianty genu Folh1 na obou alelách, neobsahovaly detekovatelnou...
|
|
|
Epigeneticky podmíněná chemorezistence nádorových buněk
Feriančiková, Barbara ; Eckschlager, Tomáš (vedoucí práce) ; Šácha, Pavel (oponent)
Nádorová onemocnění jsou i přes významné pokroky v diagnostice a léčbě druhou nejčastější příčinou úmrtí v ekonomicky vyspělých státech. Hlavním důvodem selhání proti- nádorové terapie je rozvoj chemorezistence, která může být buď vnitřní, nebo získaná, a je primárně zprostředkovaná aktivací různých klíčových regulátorů (např. MDR, PI3K/Akt apod.). Na aktivaci těchto drah se podílejí genetické a epigenetické mechanismy. Mezi vý- znamné epigenetické mechanismy, které se mohou účastnit na vzniku chemorezistence, patří regulace genové exprese prostřednictvím mikroRNA (miRNA) a dlouhých nekódujících RNA (lncRNA). Deregulovaná exprese těchto nekódujících RNA byla pozorována v mnoha one- mocněních a byl prokázán jejich podíl na vzniku a progresi zhoubných nádorů. V práci jsme sledovali expresi dlouhé nekódující RNA MIAT v hypoxii (1% O2) u chemosenzitivních a chemorezistentních buněčných linií neuroblastomu (NBL), neboť hy- poxie je významným negativním prognostickým faktorem řady nádorů a podílí se právě na chemorezistenci. Relativní exprese MIAT byla ovlivněna počtem kultivovaných buněk, kdy se zvyšovala její exprese s kultivací většího počtu buněk. Exprese MIAT byla také signi- fikantně zvýšena již po 6 h kultivace NBL linie UKF-NB-4 v hypoxických podmínkách a maxima dosahovala po 48 h s následným...
|
|
|
Struktura a funkce glutamátkarboxypeptidasy II
Šácha, Pavel ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Šedo, Aleksi (oponent) ; Blahoš, Jaroslav (oponent)
4 Závěr GCPII je důležitý protein, který hraje roli v mnoha fyziologických i patologických procesech. Proto bylo třeba získat větší množství enzymaticky aktivního proteinu pro jeho další biochemický výzkum. Heterologní expresí v hmyzích buňkách S2 bylo exprimováno a následně purifikováno dostatečné množství velmi čistého a aktivního enzymu. To umožnilo jeho biochemickou charakterizaci, krystalizaci a později vedlo i k vyřešení krystalové struktury. GCPII je aktivní v širokém rozmezí pH 6 - 8, s maximem kolem pH 7,5. Zjistili jsme, že kromě přirozeného substrátu Ac-Asp-Glu GCPII štěpí také acetylované dipeptidy Ac-Asp-Met, Ac-Glu-Met, Ac-Glu-Glu, Ac-Ala-Glu a Ac-Ala-Met. U těchto substrátů byly změřeny kinetické parametry štěpení. Nalezení dalších substrátů může vést k objevení dosud nepopsaných fyziologických rolí GCPII. Také byly porovnány hodnoty IC50 inhibitorů známých z literatury u námi připravené GCPII a GCPII izolované z potkaních mozků. IC50 bylo u všech méně specifických inhibitorů nižší u rekombinantní GCPII než u GCPII izolované z mozků. Rozdíly ve výsledcích vysvětlujeme vazbou méně specifických inhibitorů na jiné proteiny preparátů z mozku. Vůbec nepochybujeme o tom, že data získaná za použití čistého rekombinantního proteinu jsou přesnější než ta, ktará byla získána ze špatně definovaných...
|
|
|
Mitochondriální beta-laktamasa a její role v lidském organismu
Baudyšová, Alžběta ; Šácha, Pavel (vedoucí práce) ; Pecina, Petr (oponent)
Nádorová onemocnění jsou v současné době jednou z hlavních příčin úmrtí. Lidské tělo má řadu ochranných mechanismů bránících vzniku nádorů. Jedním z těchto mechanismů jsou tumor supresorové geny. Jedním z nedávno popsaných tumor supresorových genů je gen kódující protein LACTB. LACTB je savčím homologem bakteriálních beta-laktamas a proteinů vázajících penicilin (PBPs). PBPs se podílejí na tvorbě bakteriální buněčné stěny, konkrétně na syntéze peptidoglykanu a mohou být inhibovány penicilinovými antibiotiky. Beta-laktamasy jsou enzymy schopné štěpit beta-laktamový kruh penicilinu a rušit tak účinek antibiotik. Hlavním tématem této práce je protein LACTB. LACTB se nachází v mezimembránovém prostoru savčích mitochondrií, kde tvoří filamenta, jejichž funkce není zatím známá. LACTB byl kromě souvislosti s nádorovými onemocněními také asociován s obezitou a alergií na penicilin. V této práci je kladena pozornost především na shromáždění již známých informací o proteinu LACTB a jejich uvedení do širších souvislostí.
|
host ::
RSS.