|
|
Evoluce množství jaderné DNA rodu Mallomonas a její souvislost s ekofyziologií
Čížková, Natálie ; Čertnerová, Dora (vedoucí práce) ; Trávníček, Pavel (oponent)
Variabilita velikosti genomu mezi eukaryoty a souvislosti vyplývající z této variability jsou z velké části stále neznámé. To platí zejména pro jednobuněčné eukaryotické organismy neboli protista, o jejichž obsahu jaderné DNA je k dispozici jen minimum údajů. Napříč studiemi zabývajícími se rostlinami či živočichy však bylo mnohokrát prokázáno, že je velikost genomu úzce spjata s velikostí buňky a může také souviset s dalšími ekofyziologickými parametry, jako je například rychlost růstu, rychlost metabolismu anebo životní strategie. U protist představuje buňka jejich celé tělo a umožnuje tak sledovat přímý vliv velikosti genomu na fenotypové projevy organismu. V této diplomové práci se podařilo pomocí průtokové cytometrie stanovit absolutní množství jaderné DNA pro 165 kmenů rodu Mallomonas (Chrysophyceae, Stramenopila) náležících k 64 druhům, čímž byla odhalena diverzita v množství jaderné DNA pro téměř 1/4 celosvětově uznávané diverzity tohoto rodu. Na základě získaných dat byla zjištěna až 100násobná variabilita v množství jaderné DNA napříč druhy Mallomonas (0.12 pg - 11.4 pg). Detekovaná vnitrodruhová variabilita v množství jaderné DNA ukazuje na působení nejrůznějších evolučních mechanismů. Násobné změny (i v rámci blízce příbuzných druhů) naznačují, že u rodu Mallomonas zřejmě dochází k...
|
|
|
PMD - polarizační vidová disperze a vliv na přenos
Trávníček, Pavel ; Dostál, Otto (oponent) ; Filka, Miloslav (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá vlivem polarizační vidové disperze na přenášený signál optickou trasou. Popisuje příčiny vzniku polarizační vidové disperze a to jak vnitřní tak vnější. Působením těchto vlivů vzniká diferenční skupinové zpoţdění DGD (Differential Group Delay), coţ je časové zpoţdění mezi jednotlivými vidy. DGD způsobuje časové roztaţení impulsu a omezení přenosové rychlosti. Práce se také zabývá lokalizací části optického vlákna se zvýšenou hodnotou polarizační vidové disperze a to metodou POTDR, která je zaloţena na principu zpětného rozptylu a jejími modifikacemi SOP a DOP. Důleţitou kapitolou práce je také měření polarizační vidové disperze. Jsou zde rozebrány metody měření PMD a to metoda interferometrická, polarimetrická a metoda skanování vlnové délky. Velká část diplomové práce je věnována sniţování vlivu polarizační vidové disperze. Tato část je rozdělena do dvou části, na metody sniţování vlivu PMD a na kompenzaci PMD. Rozdílem mezi těmito částmi je způsob sníţení působení PMD na přenášený kanál. Kompenzace vyuţívá kompenzačních členů vloţených do přenosové trasy. U metod sniţování PMD se problém řeší spíše z pohledu výměny vlákna či celého kabelu. Pro lepší pochopení vlivu polarizační vidové disperze jsou zde nasimulované 4 optické trasy s různými parametry. Výstupem simulace je diagram oka, který nám poskytuje pohled na výsledky přenosové cesty. V závěrečné části práci je vyhodnocení naměřených parametrů optických tras simulovaných v laboratoři. KLÍČOVÁ
|
|
| |
|
|
Zhodnocení cytotypové a morfologické variability spolu s mírou hybridizace u rodu stolístek (Myriophyllum) na území ČR a sousedních států
Hrdinová, Magdalena ; Trávníček, Pavel (vedoucí práce) ; Koutecký, Petr (oponent)
Myriophyllum L. (stolístek) patří k jednomu z nejinvazivnějších rodů severní polokoule. Tři nejagresivnější druhy, z nichž jeden je v Evropě původní (M. spicatum), jsou rozšířeny na většině území Spojených států a dva z nich (M. aquaticum a M. heterophyllum) se stávají invazními také v několika státech Evropy. Z toho důvodu představují evropská stanoviště stolístků ideální místo, kde studovat procesy, které stojí za invazním chováním v rodu Myriophyllum. Předkládaná práce využívá metod průtokové cytometrie, morfometrických analýz a klíčících experimentů ke zhodnocení cytotypové a morfologické variability rodu Myriophyllum spolu s mírou hybridizace a potenciálu rodu množit se pohlavně. V Evropě bylo zjištěno pět ploidních úrovních, vnitrodruhová cytotypová variabilita byla však nalezena pouze u druhu M. sibiricum (hexaploidní a nonaploidní) a v jedné populaci druhu M. aquaticum (hexaploidní a oktoploidní). Průtoková cytometrie se osvědčila v rozlišování druhů jiné ploidní úrovně a jejich potenciálních kříženců. Nicméně klíčové druhy M. sibiricum a M. spicatum, u nichž byly v nedávné době detekováni pravděpodobně ještě invazivnější kříženci, jsou oba hexaploidní. Průtoková cytometrie tudíž nemůže napomoci k rozlišení těchto morfologicky těžko uchopitelných druhů. Ačkoliv morfometrické analýzy...
|
|
| |
|
| |
|
|
Problematika stolístků (Myriophyllum) ve střední Evropě
Hrdinová, Magdalena ; Trávníček, Pavel (vedoucí práce) ; Prančl, Jan (oponent)
Rod Myriopyllum L. (stolístek) patří k jednomu z druhově nejbohatších rodů čeledi Haloragaceae (Saxifragales). Zahrnuje významné invazní druhy - evropský M. spicatum L. (s. klasnatý), severoamerický M. heterophyllum MICHX. (s. různolistý) a jihoamerický M. aquaticum (VELL.) VERDC. (s. vodní). Všechny tři se vyskytují ve střední Evropě spolu s původními neinvazními druhy M. alterniflorum DC. (s. střídavokvětý) a M. verticillatum L. (s. přeslenatý). Není to však pouze invaznost, která dělá tento rod tak pozoruhodným. Vykazuje velmi vysokou fenotypovou plasticitu, která značně znesnadňuje určování jeho zástupců do druhu. Poslední výzkumy navíc naznačují, že mezi některými druhy může probíhat křížení, které dává vzniknout hybridům v některých ohledech invaznějším než samotné rodičovské druhy. Nejen proto by měly být řádně studovány faktory ovlivňující úspěšnost invazních rostlin v obsazování nových lokalit. Jedním ze zásadních faktorů může být i polyploidie, která ve světle předchozích studií nabízí zcela nový pohled na problematiku stolístků. Podle předběžných výzkumů lze na základě ploidie za použití průtokové cytometrie středoevropské druhy jednoznačně rozlišit. Díky tomu je možné odhalit, jestli existují smíšené populace jednotlivých druhů, zda mezi nimi probíhá hybridizace a jaké ekologické...
|
|
|
Genome size studies in plants - from intraspecific variation to ecological consequences
Lučanová, Magdalena ; Trávníček, Pavel (vedoucí práce) ; Leitch, Ilia (oponent) ; Šmarda, Petr (oponent)
Velikost genomu je jednou ze základních charakteristik živých organizmů. U krytosemenných rostlin dosahuje rozsahu pěti řádů, což vždy fascinovalo vědce a vyvolávalo mnoho otázek. Tato práce se zabývá různými aspekty velikosti genomu u rostlin. Počínaje detailním studiem na homoploidní vnitrodruhové úrovni, přes studium ploidně variabilních druhů až po srovnávání velikosti genomu mezi druhy, jsme se snažili zjistit, jaký vztah má velikost genomu k biologickým vlastnostem rostlin, stanovit dynamiku a rozsah variability velikosti genomu a detekovat dosah velikosti genomu až do úrovně ekologické a evoluční. Stěžejní metodou stanovení velikosti genomu v celé práci je průtoková cytometrie (FCM). U druhu Taraxacum stenocephalum vykazujícího extrémní variabilitu velikosti genomu jsme provedli opylovací experiment, kde jsme křížili rodiče s různou velikostí genomu. Porovnali jsme velikost genomu rodičů a F1 generace. U potomků jsme také sledovali souvislost velikosti genomu a růstových charakteristik. U ploidně variabilních druhů Galium valdepilosum a Arabidopsis arenosa jsme se zabývali rozšířením zjištěných cytotypů a jejich ekologickými nároky. Na souboru druhů andského rodu Lasiocephalus jsme studovali relativní i absolutní velikost genomu, provedli jsme ITS sekvenování a otestovali možné hlavní...
|
|
|
Ekologické důsledky polyploidizace u mokřadní rostliny šmelu okoličnatého (Butomus umbellatus)
Rydlo, Jan ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Trávníček, Pavel (oponent)
Cílem této práce bylo srovnat environmentální požadavky, morfologické a biologické vlastnosti diploidního a triploidního cytotypu mokřadní rostliny šmelu okoličnatého (Butomus umbellatus) v oblasti Východoslovenské nížiny, kde tento druh tvoří unikátní cytotypově smíšené populace, a vyvinout primery pro variabilní mikrosatelitové lokusy vhodné k dalším populačně genetickým studiím. Celkem bylo objeveno 72 populací šmelu okoličnatého. Pomocí analýzy relativní velikosti genomu (průtoková cytometrie, FCM) bylo odhaleno 34 populací tvořených pouze triploidním cytotypem, 8 bylo tvořeno pouze diploidním cytotypem a 30 populací bylo smíšených. Ve smíšených populacích jsou počty jedinců obou cytotypů často velmi vyrovnané a tvoří prorůstající se kompaktní porosty. Na základě analýz environmentálních charakteristik lokalit cytotypů (PCA, RDA, ANOVA) nebyl prokázán rozdíl mezi stanovištními nároky diploidních a triploidních rostlin. Na základě morfometrických analýz (PCA, CDA) souboru znaků 36 diploidních a 54 triploidních rostlin byl ověřen rozdíl v morfologii obou cytotypů v přírodě. Po následném přesazení rostlin do kultivace a přeměření znaků se tento rozdíl ještě prohloubil. Nejspolehlivějším znakem, který odlišuje diploidní a triploidní rostliny je poměr šířky a délky vnitřního okvětního lístku, který...
|
|
|
Sources of variation in the genus Anthoxanthum L.
Chumová, Zuzana ; Trávníček, Pavel (vedoucí práce) ; Mano Loureiro, Joao Carlos (oponent) ; Kopecký, David (oponent)
Tomka (Anthoxanthum L.) patří mezi druhově nepočetný rod trav z čeledi lipnicovitých (Poaceae) s dosud nevyřešeným systematickým členěním a složitou evoluční historií. Předkládaná práce se zabývá skupinou Anthoxanthum sect. Anthoxanthum v Evropě, která zahrnuje pět tradičně rozpoznávaných vytrvalých druhů: A. odoratum, diploidní a tetraploidní A. alpinum, A. maderense a A. amarum) a tři druhy jednoleté (A. gracile, A. aristatum a A. ovatum). Cílem studie bylo zjištění variability v ploidní úrovni a ve velikosti genomu evropských zástupců rodu a objasnění dosud neznámých evolučních vztahů mezi jednotlivými taxony. Výsledků bylo dosaženo pomocí DNA průtokové cytometrie, sekvenování jaderných i plastidových úseků DNA, fluorescenční a genomové in situ hybridizace (FISH, GISH), modelování klimatických nik a modelování na prostorově-časové škále. Průtoková cytometrie odhalila druhově specifickou velikost genomu u většiny evropských taxonů, což umožňuje jejich nezávislé a objektivní určení. Výjimku tvoří druhy A. aristatum a A. ovatum, které jsou značně variabilní a jejichž velikost genomu se překrývá. Naopak byla potvrzena existence dosud nepopsaného vytrvalého mediteránního diploida ve východním Středozemí, na první pohled prakticky nerozpoznatelného od A. odoratum, jehož velikost genomu je odlišná od...
|
host ::
RSS.