|
|
Detection of Similar Binding Sites in Protein Structure Databases
Telčer, Jakub ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Galgonek, Jakub (oponent)
Vyhodnocování podobnosti protein-ligand vazebných míst je důležité v mnoha oblastech, jako je výzkum nových využití stávajících léčiv nebo evoluční studie. Nejmodernější současné přístupy dosahují dobrých výsledků, ale pracují pouze s definovanými vazebnými místy, což není možné v nepředzpracovaných pro- teinových databázích. Pokud tato místa nejsou známá, je nejprve nutné prohledat proteinové struktury nástroji pro jejich predikci. To významně navyšuje cenu velkých databází podobných vazebných míst. Tato práce se zaměřuje na popis stávajících metod pro hodnocení podobnosti protein-ligand vazebných míst a zkoumá možnosti rychlého vyhledávání podobných míst ve velkých databázích příbuzných struktur. Je zde navržena jednoduchá metoda umožňující rychlejší než lineární vyhledávání bez nutnosti predikce potenciálních vazebných míst. Předběžné výsledky naznačují, že tento přístup je hoden další pozornosti, ačkoliv je stále zapotřebí více vhledu do dané problematiky.
|
|
|
BIOPHYSICAL AND FUNCTIONAL CHARACTERIZATION OF DDI1-LIKE ASPARTIC PROTEASES INVOLVED IN REPLICATION STRESS RESPONSE
Svoboda, Michal ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent) ; Čermák, Lukáš (oponent)
Bezchybná a včasná replikace molekul DNA je jedním z rozhodujících momentů životního cyklu každého organismu. Jakýkoliv defekt, ať už v časování či lokalizaci, může tento delikátní, na přesnosti závislý mechanismus uvrhnout do stavu takzvaného replikačního stresu. Některé z překážek blokujících postup replikační vidličky obsahují proteinovou složku. V průběhu evoluce se tak vyvinuly specializované proteasy, zodpovědné právě za uvolňování replikačního stresu. Kompletní paleta těchto proteolytických enzymů, stejně jako jejich substrátový repertoár a detailní molekulární mechanismus jejich zapojení v obraně proti DNA replikačnímu stresu však dosud nebyly objasněny. Tato disertační práce se zabývá rolí evolučně konzervovaných aspartátových proteas z rodiny proteinů podobných Ddi1 v proteolytické odpovědi na DNA replikační stres. V této práci byly strukturně a biofyzikálně charakterisováni členové rodiny Ddi1 podobných proteinů kvasinkového a lidského původu, byly prozkoumány jejich interakce s ubikvitinem, stejně jako s polyubikvitinovými řetězci. V neposlední řadě byla též mutantního kvasinkového kmene, který vedle genu pro DDI1 postrádá také gen pro DNA aktivovanou metalloproteasu WSS1, identifikována přecitlivělost na hydroxymočovinu, známý inhibitor replikace DNA. Detailní rozbor role kvasinkové...
|
|
|
Development of web-based interface for visualization of protein-ligand interaction sites and their conservation
Jendele, Lukáš ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Škoda, Petr (oponent)
Bílkoviny jsou základními stavebními kameny všech živých organismů. Fun- gují na základě interakcí s jinými molekulami. Tato práce se zabývá vazebnými místy mezi proteiny a malými molekulami, zejména protože většina současných léků jsou právě malé molekuly. Zatímco nástrojů na predikci těchto vazebných míst je mnoho, počet nástrojů na jejich vizualizaci je téměř nulový. Spojením několika projektů zabývajících se zobrazením proteinů jsme vytvořili nový vizua- lizační web. Jelikož evoluční konzervovanost koreluje s výskytem vazebných míst, umožňujeme její zobrazení společně s detekovanými vazebnými místy. Vyvinuli jsme několik metod pro výpočet konzervovanosti a použili je v experimentech pro zlepšení detekce vazebných míst. Zde představujeme PrankWeb, moderní webo- vou aplikaci pro vizualizaci struktury a sekvence proteinů, jejich vazebných míst a konzervovanosti. Doufáme, že PrankWeb bude vědcům poskytovat rychlý a po- hodlný prostředek pro analýzu bílkovin. 1
|
host ::
RSS.