| |
|
Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců
Nosek, Ondřej ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Metody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.
|
|
Syntéza proteinů obsahujících nekanonické aminokyseliny
Knetl, Adam ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Plocek, Vítězslav (oponent)
0 Abstrakt: Nekanonické aminokyseliny umožňují vkládat nové chemické vlastnosti do proteinů, což je užitečné jak pro zkoumání stávajících proteinů, tak i pro design proteinů nových. Syntéza proteinů obsahujících nekanonické aminokyseliny se setkává s problémy efektivity translace. Tato práce se zabývá rolí genetického kódu pro kódování nekanonických aminokyselin, proteosyntézou a aminoacylací tRNA a konečně samotnými nekanonickými aminokyselinami a jejich využitím v proteinech včetně příkladů.
|
| |
|
Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců
Nosek, Ondřej ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Metody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.
|