|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků v genomu eukaryotických organismů
Urbánková, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v DNA. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a vysvětlení CpG ostrůvků. Praktickou část tvoří program, který vyhledává úseky CpG ostrůvků v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných u Homo sapiens, Pan troglodytes, Mus musculus a Bos taurus.
|
|
|
Bioinformatika lidského genomu
Kupková, Karolína ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá úseky DNA obsahujícími pouze adenin a guanin. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a o konformacích řetězců obsahujících adenin s guaninem. Praktickou část tvoří program, který vyhledá požadované úseky v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných pro člověka a šimpanze, které byly zkoumány pro stanovení náhodnosti, funkčnosti a konzervovanosti těchto úseků.
|
|
|
Komparační analýza genomických dat pomocí grafické reprezentace
Těthal, Jiří ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce se zabývá identifikací druhů živočichů pomocí denzity nukleotidů mitochondriálního genu CO1. V první části práce jsou teoreticky shrnuty informace o DNA barcodingu a buněčné organele mitochondrii, která s touto metodou úzce souvisí. Druhá část se již prakticky zabývá porovnáváním různých sekvencí s využitím denzity jejich nukleotidů. K tomuto účelu byl vytvořen program, který využívá dvě funkce, přičemž první ze zadaných sekvencí nukleotidů vypočítá jejich denzitu a druhá dokáže tyto denzity porovnat distanční metodou.
|
|
|
Detekce genomových variací
Beluský, Tomáš ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Vliv variací v lidském genomu je znatelný již při prvním pohledu na člověka, kde se projevují odlišnosti mezi jedinci i celými populacemi. Rovněž chování, nebo pravděpodobnost výskytu určité choroby jsou do značné míry ovlivněny právě změnami na úrovni genomu. Tato práce se zabývá studiem metod detekujících variace v lidském genomu, které byly vyvinuty po nástupu druhé generace sekvenovacích technologií. V rámci této práce byl dále navržen a implementován nový nástroj kombinující metodu read pair a metodu split read s využitím informace o hloubce pokrytí. Nástroj byl otestován na simulačních i reálných datech a porovnán s referenčními výstupy.
|
|
|
Porovnávání mitochondriální DNA pro identifikaci druhů
Labounek, René ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce se zabývá metodou rozeznávání živočišných druhů na základě analýzy úseku mitochondriální DNA. K této analýze a zařazení se využívá úsek genu CO1 v literaturách nazýván jako čárový kód života. V úvodu práce je rozebrána teorie mitochondriální dědičnosti a podmínek tvorby čárového kódu. Z této teorie nadálé vychází její praktické využití při tvorbě knihovny vytvořených čárových kódů jednotlivých živočišných druhů. Data pro tvorbu knihovny jsou čerpány z veřejných databází NCBI a BOLD Systems. Další část práce se zabývá metodami porovnávání jednotlivých čárových kódů mezi sebou a hlavně s čárovým kódem člověka. K těmto analýzám byly použity tři hlavní výpočetní postupy. Byly to Needleman-Wunschův algoritmus, Smith-Watermanův algoritmus a porovnávání podobností pomocí distanční matice. S metodou porovnávání pomocí distanční matice je úzce spjat převod sekvencí molekuly DNA ze znakové podoby do numerických formátů, kterým se tato práce také zabývá. K usnadnění práce s daty byly vytvořeny vyhledávací algoritmy čárových kódu podle zadaného názvu druhu a naopak.
|
|
|
Fuzzy klasifikace DNA sekvencí
Těthal, Jiří ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Práce se zabývá Fuzzy klasifikací sekvencí DNA. V první části práce jsou teoreticky shrnuty informace o fuzzy logice a metodách jejího využití v klasifikaci biologických sekvenčních dat. Druhá část se již prakticky zabývá řešením klasifikačního algoritmu pro posouzení podobnosti sekvencí. Konkrétně pro rozdělení kódujících a nekódujících částí sekvence a využití fuzzy klasifikace v DNA barcodingu.
|
|
|
Genetická a morfologická variabilita skupiny \kur{Melampyrum nemorosum}
DRAHNÍK, Petr
Melampyrum nemorosum agg. je značně komplikovaná skupina poloparazitických rostlin. Podle tradičního pojetí se rozlišuje na 15 druhů. Molekulární analýzy z posledních let ukazují potřebu moderní taxonomické revize. Problematika celé skupiny je komplexní v důsledku pravděpodobné historické hybridizace a složité evoluční historie celé skupiny. Sekvenace 3 úseků cpDNA (trnTUGU-trnLUAA, psbA-trnHGUG, rpl32-trnLUAG) a 2 úseků jaderné DNA (Agt1 a At103) rozlišila několik geneticky odlišených skupin, u kterých byly provedeny morfologické a cytometrické analýzy.
|
|
|
Genetická a morfologická variabilita skupiny \kur{Melampyrum nemorosum}
DRAHNÍK, Petr
Melampyrum nemorosum agg. je značně komplikovaná skupina poloparazitických rostlin. Podle tradičního pojetí se rozlišuje na 15 druhů. Molekulární analýzy z posledních let ukazují potřebu moderní taxonomické revize. Problematika celé skupiny je komplexní v důsledku pravděpodobné historické hybridizace a složité evoluční historie celé skupiny. Sekvenace 3 úseků cpDNA (trnTUGU-trnLUAA, psbA-trnHGUG, rpl32-trnLUAG) a 2 úseků jaderné DNA (Agt1 a At103) rozlišila několik geneticky odlišených skupin, u kterých byly provedeny morfologické a cytometrické analýzy.
|
|
|
Symbiotické bakterie vší rodu \kur{Polyplax}: základní fylogenetická a genomická charakterizace
ŘÍHOVÁ, Jana
Krevsající vši rodu Polyplax hostí dva bakteriální endosymbionty z čeledi Legionellales a Neisseriales. Fylogenetické a genomické analýzy naznačují typické znaky endosymbiotických bakterií a koevoluční historii s hostitelem. V genomu endosymbionta z čeledi Legionellales jsem objevila operon, který kóduje biosyntézu biotinu, esenciálního vitamínu, obzvláště důležitého pro krevsající hmyz živící se potravou s nedostatkem těchto vitamínů. Tento operon byl pravděpodobně horizontálně přenesen z bakterie Wolbachia, nutričního endosymbionta štěnice Cimes lectularius.
|
|
| |
host ::
RSS.