|
|
Genetické algoritmy – Multi-core CPU implementace
Studnička, Vladimír ; Kuba, Martin (oponent) ; Matoušek, Radomil (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce je vytvořit co možná nejuniverzálnější knihovnu pro genetické algoritmy v jazyce C++, s určitým počtem implementovaných univerzálních operátorů a následně vytvořenou knihovnu otestovat na příkladech. Musí být implementována podpora více-jádrových procesorů pomocí OpenMP. Knihovna bude testována celkově na třech příkladech. První dva příklady jsou matematické funkce, které se používají právě k testování genetických algoritmů. Dalším testovacím příkladem je problém rozložení n-dam na šachovnici, aby se vzájemně neohrožovali. Nakonec se pokusíme pomocí navrhnutých algoritmů zjistit řešení puzzle s názvem Eternity II, za jehož vyřešení je vypsána odměna 2 milióny dolarů.
|
|
|
Obrazová analýza mitotických chromosomů
Danielová, Tereza ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na obrazovou analýzu mitotických chromosomů. Zabývá se návrhem celého procesu zpracování digitálních snímků – od předzpracování snímků, až ke klasifikaci jednotlivých chromosomů, včetně jeho testování na sadě obrázků. V teoretické části práce jsou popsány cytogenetické metody, které se používají pro vizualizaci chromosomů. Tato práce se v praktické části zabývá morfologickými operacemi a klasifikačními postupy. Klasifikace chromosomu byla do 5 skupin (A - G). Všechny algoritmy jsou realizovány v prostředí MATLAB.
|
|
|
Evoluční algoritmy
Bortel, Martin ; Karásek, Jan (oponent) ; Burget, Radim (vedoucí práce)
Práce se zabývá principy a základními vlastnostmi Evolučních a Genetických algoritmů. Jsou zde rozebrány operátory mutace, křížení a selekce a možnosti ukončení algoritmu. Uvedeny jsou příklady využití evolučních a genetických algoritmů v praxi. Využití technologií PHP&MySQL a Google Maps API k optimalizaci distribuční trasy, je důležitým bodem práce.
|
|
|
Towards the Automatic Design of Image Filters Based on Cartesian Genetic Programming
Kečkéš, Miroslav ; Uher, Václav (oponent) ; Karásek, Jan (vedoucí práce)
The aim of this diploma thesis is using cartesian genetic programming on design image filters and creating basic structure for implement diferent type of problems. Genetic programming is rapidly growing method, which often using for solve dificult problems. This thesis analyze basic principle, way of application and implementing this method to design filters. Result of this thesis is program realize design filters define by specific parameters, overview of implementig method and achieve summary from this sphere.
|
|
|
Návrh genetického algoritmu pro optimalizaci vybavení distribuční sítě vn
Ondruš, Tomáš ; Skala, Petr (oponent) ; Paar, Martin (vedoucí práce)
Práce se zabývá genetickými algoritmy a jejich potenciální využití v aplikačním softwaru pro optimalizaci vybavení distribuční sítě vysokého napětí spínacími prvky. Teoretická část vysvětluje základní pojmy genetické algoritmy jako gen, populace a chromozom a také základní principy vývoje genetických algoritmů. Hlavním úkolem práce je navrhnout genetický algoritmus, který bude simulovat různé rozmístění místně ovládaného odpojovače, dálkově ovládaného odpojovače nebo recloseru a bude analyzovat, jak nastavit parametry ovlivňující rychlost konvergence tohoto genetického algoritmu. Základní parametry ovlivňující konvergenci jsou pravděpodobnost křížení, pravděpodobnost mutace, velikost populace nebo používání elitismu. Druhým cílem je nalezení vhodného nastavení vstupních parametrů pro vybrané velikosti populace bez a s použitím elitismu. Výsledkem práce je zjistit vhodné nastavení parametrů pro každou generaci a určení přibližného počtu generací potřebných k nalezení nejlepšího řešení . Genetický algoritmus byl testován i na méně rozsáhlé distribuční síti se šesti spínacími prvky.
|
|
|
Digital Image Analysis of Mitotic Chromosomes
Buchta, M.
The present work describes the cytogenetic from the point of view of image processing. We propose an algorithm which is able to treat every aspect of this analysis such as segmentation and separation of chromosomes. Moreover, our algorithm is tested on images of chromosomes labelled with 2 different methods coming from various free databases.
|
|
|
ArrayCGH a její využití v preimplantační diagnostice
PITTROVÁ, Monika
Preimplantační analýza umožňuje genetické vyšetření embryí vzniklých procesem in vitro fertilizace, a to před jejich transferem do dělohy. V rámci preimplantačního vyšetření lze provádět jak screening náhodných aneuploidií (PGS), tak cílenou diagnostiku chromosomových aberací či monogenních onemocnění (PGD), popř. jejich kombinaci (PGD/PGS). Preimplantační vyšetření jsou tedy vhodná nejen pro páry s obecnými reprodukčními problémy (např. vyšší maternální věk), ale také pro páry s genetickou zátěží v rodinné anamnéze. Metoda aCGH umožňuje v jednom experimentu rychlou a přesnou analýzu nebalancovaných chromosomových aberací v celém embryonálním genomu, tedy spojení screeningu náhodných aneuploidií (PGS) se současnou detekcí případné nebalancované formy familiární aberace (PGS/PGD). V genetické laboratoři IVF Zentren Prof. Zech jsme metodou aCGH vyšetřili za rok 2014 celkem 469 embryí od 98 klientek. Biopsie embryií byly prováděny ve stádiu blastocysty, kdy bylo šetrně odebráno několik buněk trofoektodermu. U všech embryonálních vzorků byla provedena celogenomová amplifikace (WGA) a pro vyšetření aCGH byla použita platforma 24sure BlueGnome. Preimplantační screening (PGS) byl proveden celkem u 366 embryí a kombinované vyšetření (PGD/PGS) celkem u 103 embryí. Průměrný věk našich klientek v době vyšetření byl 40,5 roku. Z výsledků vyšetření vyplývá, že se zvyšujícím se maternálním věkem u embryí významně stoupá četnost sporadických aneuploidií. Provádění preimplantačního screeningu je tedy zejména vhodné u klientek s vyšším maternálním věkem. Také u klientek, které podstoupily kombinované vyšetření z důvodu genetické zátěže v rodině (PGD/PGS) a klientek, u kterých byly indikovány cykly s dárcovskými gametami, však screeningové vyšetření může zvýšit úspěšnost IVF cyklu a šanci na donošení zdravého dítěte.
|
|
|
Vyšetření karyotypu z plodové vody
MOULEOVÁ, Pavlína
Ve své bakalářské práci se zabývám vyšetřením karyotypu z plodové vody. Vyšetření karyotypu z plodové vody, která je získávána amniocentézou, je považováno za základní metodu prenatální diagnostiky. Díky tomuto vyšetření je možné potvrdit nebo naopak vyloučit chromozomální aberace plodu. Amniocentéza je invazivní metoda získání plodové vody. Riziko komplikací spojených s odběrem, jako je například potrat nebo předčasný odtok plodové vody, se pohybuje okolo 0,5-1 %. Indikaci k amniocentéze provádí genetik nejčastěji na základě pozitivních výsledků screeaningových vyšetření. Samotný odběr se provádí mezi 16. až 18. týdnem těhotenství. Vlastní kultivace a následné zpracování preparátu se obvykle pohybuje mezi 10-17 dny, proto je velice důležitý termín pro provedení odběru. Z odebrané plodové vody jsou centrifugací odděleny buňky. Ty jsou nasazeny do kultivačního média, kde dorostou do potřebného množství. Na konci kultivační doby je jejich dělení zablokováno v metafázi mitotického dělení přidáním colcemidu. Následuje zpracování pro mikroskopické zobrazení, jehož součástí je hypotonie, fixace a vytvoření nativních preparátů, které se barví nejčastěji technikou podle Giemsy-Romanowského pro G-pruhování. Poté se tyto vzorky hodnotí ve světelném mikroskopu s použitím počítačového karyotypovacího systému. Během stáže v laboratoři Genetiky ? Plzeň s.r.o. jsem provedla měření 50 vzorků plodové vody. Z tohoto počtu bylo 48 vzorků s negativním nálezem (to znamená, že měli normální karyotyp) a 2 vzorky s pozitivním nálezem. Jedním z nálezů byla trizómie na 21. chromozómu, která je charakteristická pro Downův syndrom. Druhým nálezem byla reciproká translokace, která byla navíc dourčena metodou FISH.
|
|
|
Výskyt chromozomálních aberací v České republice
LANDOVÁ, Ivana
Cílem této bakalářské práce bylo popsat problematiku výskytu chromozomálních aberací v České republice a ověřit, zda souhlasí literární údaje se zjištěným výskytem. Tato práce má 2 části: V teoretické části práce jsem popsala fenotypické příznaky chromozomálních aberací, jejich vznik, příčinu a četnost v populaci dle literárních údajů. V praktické části jsem si ověřila jejich četnost z výsledků vyšetření (prenatálně i postnatálně), které mi poskytly laboratoře Genetika Plzeň s.r.o., Institut reprodukční medicíny a genetiky v Karlových Varech a Ústav lékařské genetiky Fakultní nemocnice Plzeň. Také jsem pracovala s údaji Ústavu zdravotnických informací a statistiky ČR a s údaji, které jsem našla na různých internetových zdrojích. Záměrem mého výzkumu bylo tyto výsledky graficky znázornit, sjednotit a najít mezi nimi souvislost. Z výsledků je patrné, že od roku 1995 došlo k přesunu věkové skupiny maximální intenzity plodnosti z věku 20 ? 24 na 30 ? 34 let v roce 2008. Průměrný věk matek, u jejichž plodu byl diagnostikován Downův syndrom se mezi jednotlivými lety ve sledovaných pracovištích pohyboval v rozpětí od 27 do 37,5 lety. Zastoupení Downova syndromu v jednotlivých letech ani mezi sledovanými pracovišti nevykazovalo významné diferenciace a pohybovalo se v rozpětí od 0,19 do 1,52 %. Průměrný výskyt Downova syndromu spočítaný z výsledků ÚZIS z let 1994-2007 je 1 na 1 700 živě narozených dětí. Všechny mé cíle práce se mi podařilo zrealizovat. Prenatální i postnatální výskyt aberací ve sledovaných pracovištích v jednotlivých letech kolísal anebo vykazoval jen nepatrné známky vzestupu či poklesu. Pro potvrzení hypotézy by bylo dobré sledovat vyšší počet pracovišť.
|
|
| |
host ::
RSS.