|
|
Genetické vazby v okolí Rudého moře hodnocené pomocí mtDNA
Čížková, Martina ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Rídl, Jakub (oponent)
Okolí Rudého moře je jedním z důležitých regionů, které nám umožňují poodkrýt stopy evoluce anatomicky moderního člověka. Kromě otázek souvisejících s jeho šířením z Afriky je tato oblast významná i z hlediska vzájemného vlivu afrických a arabských populací, které se po delším období vzájemné izolace a genetické diferenciace související s klimatickými změnami v pleistocénu a následným rozvojem námořních i pozemních tras v holocénu začaly dostávat do stále častějšího kontaktu. Ačkoliv byla v rámci této oblasti provedena již řada archeogenetických analýz, některé otázky týkající se pozdějšího vývoje zůstávají dosud nedostatečně zodpovězené, především z důvodu nedostatečného materiálového zastoupení. Tato práce je zaměřena na analýzu 200 sekvencí mtDNA čtyř súdánských populací - dvou populací kočovných pastevců Rašajda a Bedža žijící v těsném sousedství v okolí města Kassala a hovořící odlišnými jazyky a dvou populací z údolí Nilu žijící usedlým způsobem života. Prostřednictvím intrapopulační analýzy byla zjištěna mnohem vyšší diverzita u usedlých populací (v této práci jsou reprezentovány Núbijci a Araby). Při hodnocení interpopulační variability a genetických vzdáleností v rámci dalších 46 populací z oblasti Rudého moře bylo dále zjištěno, že ačkoliv žijí Rašajdové a Bedžové v současné době v těsném...
|
|
|
Ovlivnění genetické diverzity rákosových porostů strukturou říčních systémů
Fuxová, Gabriela ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Kubátová, Barbora (oponent)
Řada rostlinných druhů je vázána na biotopy související s říčním prostředím nebo krajinou ovlivňovanou řekami. Říční systémy vytváří v ekosystémech významné lineární koridory a přímo nebo nepřímo ovlivňují rozšíření řady druhů v krajině. Nabízí se tak řada otázek ohledně šíření druhů v tomto prostředí. Jednou z možností, jak hledat odpovědi na tyto otázky, je využití molekulárních metod. Pomocí 10 mikrosatelitových jaderných primerů byla provedena analýza 202 vzorků rákosu obecného ze 60 populací České republiky. Tato analýza umožnila odhalit příbuzenské vztahy mezi jedinci, získat informace o prostorovém rozložení populací a šíření rákosu obecného. Phragmites australis tvoří jak monoklonální populace, tak populace tvořené z několika klonů. Byla odhalena závislost míry klonality na prostředí, ve kterém se populace nachází. Populace rostoucí na březích řek byly spíše monoklonální, rybniční polyklonální. Jednotlivé populace vykazují vysoký stupeň izolovanosti. Nejvyšší procento variability bylo vysvětleno na mezipopulační úrovni, což je běžné u druhů lehce šiřitelných větrem. Dochází ke komunikaci mezi populacemi, ve větší míře na krátké vzdálenosti. Mezi populacemi byl nalezen důkaz vegetativního šíření na krátké vzdálenosti, mnohem častěji ale dochází ke generativnímu šíření. K šíření na velké vzdálenosti...
|
|
|
Diverzita rodu Blastocystis (Stramenopiles)
Lorencová, Markéta ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent)
Ačkoli je rod Blastocystis málo známý, získává si v současné době pozornost mnoha protistologů a parazitologů. Zástupci tohoto rodu zcela ztratili bičíky, ale obdobně jako zástupci příbuzných skupin Opalinidae a Proteromonadidae, jsou anaerobní a žijí endobioticky ve střevním traktu mnoha živočichů. Vzhledem k těmto vlastnostem byla fylogenetická pozice rodu Blastocystis dlouhou dobu záhadou. B. hominis je jedním z nejběžnějších střevních parazitů lidí a celé škály živočichů. Jeho prevalence dosahuje poměrně vysokých hodnot, a to nejen v zemích třetího světa, ale i v rozvinutých státech. Díky jeho obrovské genetické diverzitě, patogennímu a zoonotickému potenciálu (B. hominis bývá často spojován se syndromem dráždivého tračníku) vzrůstá význam tohoto rodu.
|
|
|
Morfologická a genetická diverzita agrolesnického druhu Guazuma crinita v Peruánské Amazonii.
Tuisima Coral, Lady Laura ; Lojka, Bohdan (vedoucí práce) ; Helena, Helena (oponent)
Guazuma crinita (Malvaceae) je dřevina pocházející z peruánské Amazonie a díky svému důležitému významu pro místní zemědělce byla vybrána jako vhodná pro domestikaci. Tento proces je stále ještě v raném stádiu. Tak jako u mnoha jiných druhů dřevin je málo známá její genetická variabilita a stále není jasné, jaký bude mít dopad proces domestikace na její genetické zdroje. Hlavním cílem tohoto výzkumu bylo posoudit genetickou variabilitu G. crinita mezi různými populacemi v peruánské Amazonii pomocí morfologických (kvalita dřeva) a molekulárních (ISSR a AFLP) markerů.
První část této studie se zaměřila na variabilitu fyzikálních vlastností dřeva u této dřeviny v rámci jedinců původem z šesti různých lokalit. Vzorky dřeva byly získány ze spodní, střední a horní části kmene. U vzorků dřeva z dvanácti náhodně vybraných stromů, starých osm let, byla stanovena vlhkost, hustota, specifická hmotnost, radiální, tangenciální a objemové smrštění a koeficient anizotropie. Dále byly stanoveny vzájemné vztahy mezi těmito fyzikálními vlastnostmi. Všechny fyzikální vlastnosti dřevin, s výjimkou čerstvé hustoty, se významně lišily mezi jednotlivými lokalitami. Statisticky významné rozdíly byly nalezeny i mezi vzorky z různých částí stromu. Hustota dřeva a koeficient anizotropie (1.6) ukázal, že G. crinita má stabilní dřevo, představující významné výhody, pokud jde o náklady na dopravu a proces zpracování. Výsledky ukázaly potenciál pro výběr vhodných genotypů s požadovanými vlastnostmi dřeva pro další výsadbu a domestikaci.
Druhá část studie popisuje výzkum genetické variability na základě využití ISSR markerů u 44 genotypů z klonálního sadu založeného v peruánské Amazonii ve výzkumném ústavu IIAP v oblasti Ucayali. Deset molekulárních markerů (ISSR) bylo amplifikováno v 65-ti lokusech, z toho 61 lokusů bylo polymorfních (93.8%). Rozsah amplifikace DNA se pohybovala od 260 do 2,200 bp. Celková genetická rozdílnost mezi populacemi (Gst) byla pouze 0.03, což ukazuje 97% genetické rozmanitosti uvnitř jednotlivýchpopulací . Genetický tok (Nm) byl 12.9 allel na generaci. Nenalezli jsme korelaci mezi místem původu a genetickou variabilitou, což značí společný genetický původ těchto jedinců, což dokládá slabá pozitivní korelace mezi genetickou a geografickou vzdáleností.
Třetí část poskytuje přehled o tom, jaký má domestikační proces dřeviny G. crinita vliv na její genetické zdroje. Podařilo se nám zhodnotit 58 vzorků z osmi lokalit tří typů populací, 19 vzorků z přírodní populace, 15 pěstovaných v domácích zahradách a 24 z domestikovaných populací. Použili jsme metodu AFLP se sedmi vybranými primerovými kombinacemi. Celkem 171 fragmentů bylo amplifikováno s 99.42% polymorfismu na úrovni druhu. U testovaných typů populací byl získán následující počet fragmentů 124, 84 a 93 s úrovní polymorfismu 72.51%, 49.12% a 54.39%. Genetická rozmanitost a Shannon index byly zjištěny vyšší v přírodní populaci ve srovnání s domestikovanou populací (He = 0.1 a 0.9, I = 0.19 a 0.16). AMOVA ukázala vyšší rozdíl v rámci jednotlivých populací než mezi nimi (84% a 4%). UPGMA analýza a PCoA neukázaly statisticky významnou korelaci mezi genetickou a geografickou vzdáleností. Došlo však k výrazné genetické diferenciaci mezi jednotlivými typy populací, což naznačuje zúžení genetické variability u domestikovaných populací, i když genetická variabilita zůstává stále relativně vysoká.
Použití morfologických (kvalita dřeva) a molekulárních markerů úspěšně odhalilo genetickou variabilitu druhu G. crinita a tyto metody mohou být použity i pro jiné druhy tropických dřevin. Pro další výzkum doporučujeme rozšíření počtu vzorků i do dalších geografických oblastí.
|
|
|
Genetic diversity of baobab (&-lt;i&-gt;Adansonia digitata&-lt;/i&-gt; L.) along an elevation transect in Kenya
Chládová, Anna ; Lojka, Bohdan (vedoucí práce) ; Petra, Petra (oponent)
@Adansonia digitata@L. (Malvaceae) is a huge multipurpose tree of the savannahs of sub-Saharan Africa with high economic potential for local communities. The edible fruits and leaves are known for their high nutritional values and can be used fresh or processed. However, a high intra-specific variability regarding morphology, genetics and nutritional content of baobab and its products is documented for several African regions, while data for Kenya is largely lacking. This study aimed at documenting the genetic and morphological variability of baobab accessions in Kenya and at checking the presence of the newly described diploid baobab species @Adansonia kilima@. Samples were collected from 204 baobab trees from seven populations defined by geographical distance in South-eastern and Coastal Kenya at altitudes of 6-1,058 m asl. Leaf or bark samples for genetic diversity assessment were collected from all 204 trees, while leaves only from 65 and fruits from 76 trees (all in inland locations) for morphological analyses based on the publication Descriptors for Baobab. Nine microsatellite loci were used to assess genetic variation and results analysed with specific software because of the tetraploid nature of baobab. Overall genetic diversity was high and all loci were polymorphic. The mean gene diversity was 0.803 and observed heterozygosity was 0.907. Analysis of molecular variance (AMOVA) revealed low variation among populations (12.4%) and high variation within populations (87.6%). Bayesian clustering and Principal Coordinate Analysis divided the accessions into two clusters, one with only inland and one with coastal accessions. Although the presence of @Adansonia kilima@ was previously postulated for Kenya, flow cytometry did not detect any among the analysed samples as only tetraploids were observed. Regarding morphological characteristics, no differences among the fruit accession from inland populations were found (no fruits were collected in coastal areas). Leaf morphological data showed significant differences between inland and coastal populations with longest leaflets and leaf petioles in accession from the Coast, thus confirming the results obtained for genetic analysis. This study contributes to the overall knowledge of the genetic diversity of baobab in Kenya and can contribute to the development of germplasm conservation strategies and domestication programs for baobab.
|
|
|
Analýza genetické variability jírovce maďalu pomocí DNA markerů
Bačovský, Václav
Někteří ze zástupců rodu Aesculus jsou každoročně silně infestováni klíněnkou jírovcovu (Cameraria ohridella), jejíž larvy minují v listech hostitelských dřevin a dokáží poškodit v příhodných podmínkách až 100% listové plochy. U napadených stromů dochází vlivem snížené obranyschopnosti k invazi houbových (Erysiphe flexuosa, Guignardia aesculi) a bakteriálních (Pseudomonas syringae pv. aesculi) patogenů, a později dochází k vysoké mortalitě u infikovaných jedinců. V této práci byla studována genetická diverzita A. hippocastanum, A. turbinata, A. glabra, A. parviflora, A. glabra var. arguta, A. x carnea, A. marilandica, A. pavia a jejich genotypů s rozdílnou náchylností ke klíněnce jírovcové. Analýzou 8 mikrosatelitních lokusů, s využitím SB pufru během separace, byla zjištěna vysoká hodnota polymorfního informačního obsahu 0,45 -- 0,77 (v průměru 0,60). Na jeden lokus bylo identifikováno v průměru 5,5 alely. Za dvě vegetační období bylo zároveň programem Assess 2.0 vyhodnoceno poškození listové plochy u náchylných genotypů. Na každé lokalitě byl zjištěn rozdílný tlak a rozdílný vývoj klíněnky, v některých případech bylo zaznamenáno menší poškození, u jednoho jedince dokonce opakovaně. Z uvedených výsledků byla stanovena stupnice napadení a zhotoven dendrogram podobnosti, kde byly rozlišeny tři skupiny rezistentních, náchylných a imunních jedinců, a 5 hlavních sekcí rodu Aesculus. Klonováním a následnou analýzou vnitřních transkribovaných mezerníků, ITS1 a ITS2, byla zjištěna variabilita na vnitřní i mezidruhové úrovni. Pro hybridní druh A. x carnea byly získány unikátní sekvence, když nebyla nalezena shoda v genové databázi NBCI pro žádný z uvedených druhů.
|
|
|
Hodnocení genetické diverzity genových zdrojů rostlin, programy, modely, využití
Oshea, Denisa
Bakalářská práce je literární rešerší na téma hodnocení genetické diverzity. Začátek práce je věnován genetické diverzitě z obecného hlediska, jejímu významu, historii a její ztrátě, která je nenahraditelná a mnohými je považována za nejvýznamnější ekologický problém. Dále její ochraně, která je velice důležitá, a v České republice ji zabezpečuje Národní program konzervace a využití genofondu rostlin. V práci jsou také popsány metody jejího hodnocení od morfologických, přes biochemické až po molekulární metody. Jsou zde popsány a porovnány hlavně molekulární metody, například RAPD, AFLP, RT-PCR a další. Poslední část práce se věnuje popisu některých databází rostlinných genomů. Jednou z nich je např. European Vitis Database.
|
|
|
Metodické aspekty hodnocení genetické diverzity skotu
MIJAILOVIĆ, Angelina
Cílem bakalářské práce je popsat metody hodnocení genetické diverzity. Na začátku je popsána biologická diverzita a její rozdělení se zaměřením na genetickou diverzitu. Dále jsou popsány mutace, segregace, rekombinace, migrace, selekce, genetický drift, inbreeding. Práce se dále zabývá polymorfismem, zejména jednoduchými bodovými polymorfismy (SNP), VNTR a mikrosatelity. Jsou popsány genetické markery, markery asistovaná selekce a genomová selekce. U vnitropopulační genetické diverzity jsou popsány biometrické metody, u mezipopulační genetické diverzity poté genetické distance a některé nejčastěji používané programové balíky. V závěru práce jsou popsány fylogenetické stromy a jejich druhy s uvedenými příklady využití v praxi.
|
|
|
Vybrané otázky z genetické diverzity psů
CHLUPATÁ, Lucie
Bakalářská práce je zpracována formou rešerše, na téma "Vybrané otázky z genetické diverzity psů". Cílem této práce bylo zpracování současného stavu vědeckého poznání v oblasti genetické diverzity psů. Nejdříve je v práci popisován původ, domestikace psů,organizace zabývající se chovem psů a vybraná plemena psů. Z genetické stránky jsou popisovány základní pojmy v genetice, genetické markery, DNA profil psa a metody hodnocení genetické diverzity. V závěru mé bakalářské práce jsem nastínila možná doporučení pro chovatele psů.
|
|
|
Genetická diverzita prasat
BÁRTA, Jan
Cílem této bakalářské práce je, popsat současný stav z hlediska genetické diverzity prasat, hodnocení genetické diverzity a současný stav ochrany genových zdrojů v ČR. Nejprve je popsán význam chovu prasat, jejich domestikace a plemena prasat nejčastěji chovaná v ČR. Dále pak biodiverzita a její dělení, genetická diverzita a metody jejího zjišťování. Poslední kapitolou jsou pak genové zdroje.
|
host ::
RSS.