|
|
Metody vyhledávání tandemových repetic v DNA sekvencích
Havlík, Kryštof ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
V této práci je objasněna základní problematika repetitivní DNA a jsou zde zhodnoceny vyhledávače tandemových repetic bezplatně dostupné široké veřejnosti. V praktické části práce je popsán algoritmus sloužící k vyhledávání tandemových repetic založený na převodu sekvence DNA do číselného formátu. Následuje zpracování vzniklého signálu pomocí krátkodobé Fourierovy transformace, vytvoření spektrogramu, jehož analýza slouží k nalezení pozice a obsahu repetitivních oblastí. Výsledkem práce je porovnání výstupů vybraných volně dostupných programů s vytvořeným programem a zhodnocení výhod a nevýhod.
|
|
| |
|
| |
|
|
Isolation and characterization of highly repetitive fraction of codling moth, \kur{Cydia pomonella}
VĚCHTOVÁ, Pavlína
Repetitive DNA comprises substantial part of the eukaryotic genome. ?Junk DNA?, as it was originally understood at the beginning of its discovery has attracted a lot of attention lately due to many studies proving its functional perspectives. Analysis of its dynamics, characteristics and distribution has been widely studied in organisms with monocentric chromosomes. Holokinetic system, however, was left behind in these efforts and whole image of repetitive DNA distribution and dynamics in this system remains to be elucidated. In this thesis various approaches were used to isolate and characterise repetitive DNA in the genome of the codling moth, Cydia pomonella. Satellite DNA CPSAT-1 was successfully isolated, characterised with Dot blot and Southern blot and mapped with FISH in the genome of C. pomonella. 17 microsatellite probes were used to localize microsatellite arrays in the genome of C. pomonella. Method of microsatellite FISH revealed distribution of all tested microsatellites in C. pomonella complement.
|
host ::
RSS.