|
|
Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech
Martinková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část práce se zabývá základními pojmy jako bakteriální genom, komparativní genomika a synteny bloky. Je zde vysvětleno, co synteny je a v čem spočívá její důležitost. Dále je v teoretické části zmíněn GenBank formát, jeho obsah a využití. Praktická část je zaměřena na vyhledávání podobností v sekvencích DNA referenční bakterie s vybranou bakterií, jejich setřídění pomocí hladového algoritmu a zobrazení podobnosti fylogenetickým stromem.
|
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků v genomu eukaryotických organismů
Urbánková, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v DNA. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a vysvětlení CpG ostrůvků. Praktickou část tvoří program, který vyhledává úseky CpG ostrůvků v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných u Homo sapiens, Pan troglodytes, Mus musculus a Bos taurus.
|
|
|
Metody predikce genů v prokaryotických genomech
Nykrýnová, Markéta ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá metodami predikce genů v prokaryotických organismech. V první části je popsána prokaryotická buňka včetně genomu, exprese genetické informace a rozdělení metod pro predikci genů. Dále je zde uveden popis tří vybraných softwarů, které predikci provádějí. V praktické části je rozebráno testování softwarů a vyhodnocení jejich účinnosti na daném genomu. Nakonec je zde popsán vytvořený program pro hledání genů a jsou zde uvedeny výsledky jeho účinnosti.
|
|
|
Navržení genové regulační sítě na základě vzájemné informace u nemodelových organismů
Pirkl, Petr ; Sedlář, Karel (oponent) ; Musilová, Jana (vedoucí práce)
Práce se zabývá shrnutím základních laboratorních metod pro stanovování genové exprese, postupy předzpracování dat a nástroji používanými k odvozování genových regulačních sítí. Dále se práce zabývá samotným předzpracováním dat, tedy vytvořením matice počtů a její normalizace s využitím dat nemodelového organismu Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Hlavní částí práce je poté navržení algoritmu pro tvorbu genové regulační sítě s využitím vzájemné informace a jeho implementace v jazyku R, včetně testování na datech nemodelového organismu i zlatého standardu.
|
|
|
Molecular Signature as Optima of Multi-Objective Function with Applications to Prediction in Oncogenomics
Aligerová, Zuzana ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Content of this work is theoretical introduction and follow-up practical processing of topic Molecular signature as optima of multi-objective function with applications to prediction in oncogenomics. Opening chapters are targeted on topic of cancer, mainly on breast cancer and its subtype Triple Negative Breast Cancer. Succeeds the literature review of optimization methods, mainly on meta-heuristic methods for multi-objective optimization and problematic of machine learning. Part is focused on the oncogenomics and on the principal of microarray and also to statistics methods with emphasis on the calculation of p-value and Bimodality Index. Practical part of work consists from concrete research and conclusions lead to next steps of research. Implementation of selected methods was realised in Matlab and R, with use of other programming languages Java and Python.
|
|
|
Molecular Characterisation of Parvalbumin Gene: Evolutionary Insights and Forensic Applications for Fish Species Identification and Authentication
Mukherjee, Subham ; Horká, Petra (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent) ; Flajšhans, Martin (oponent)
Abstract Parvalbumin (pvalb), a low molecular weight calcium-binding protein, plays a crucial role in regulating Ca2+ switching in fast-twitch muscle fibres and has been identified as a major cause of fish-induced food allergies. The molecular evolution of pvalb genes in teleost fish and its cause, duplication of the whole genome, was investigated, revealing high diversity and complex gene repertoires, making detection and identification challenging. This study provides robust genomic evidence of the complex evolution of parvalbumin genes in teleost fish. In addition to its role as a potent allergen, the pvalb gene, a nuclear gene, can serve as a valuable molecular marker. Keeping this in mind, a real-time PCR assay is developed to detect and quantify two European anglerfish species simultaneously, Lophius piscatorius and Lophius budegassa, which are susceptible to illegal species substitutions in the global seafood trade. The assay targets the intronic region of the pvalb gene, demonstrating high specificity, efficiency, and robustness, making it a potential forensic tool to prevent food fraud and ensure the accurate identification of fish species. Furthermore, a standardised quantitative PCR-based method is presented for the β-pvalb gene in Lophius piscatorius, utilising a plasmid DNA calibrator...
|
|
|
Function of the Tetratrico-peptide Thioredoxin-Like (TTL) gene family in root system development
Xin, Pengfei ; Soukup, Aleš (vedoucí práce) ; Vaňková, Radomíra (oponent) ; Ovečka, Miroslav (oponent)
Kořenový systém plní základní funkce rostlin, jako je příjem živin a vody, ukotvení v půdě, nebo interakce s abiotickými a biotickými faktory v půdním prostředí. Funkce kořenů hraje významnou roli také u zemědělských plodin, při naplňování potřeb potravinové bezpečnosti dnešního světa. Postranní kořeny (LR) jsou základní složkou kořenového systému rostlin. Identifikovali jsme gen TETRATRICOPEPTIDE-REPEAT THIOREDOXINLIKE 3 (TTL3), který je funkčně propojený s vývojem kořenových primordií, jejich vynořením z mateřského kořene a pozdějším vývojem LR. Ztráta funkce TTL3 vede ke snížení počtu postranních kořenů v důsledku opožděného vývoje jejich primordií (LRP). Genová rodina TTL u Arabidopsis obsahuje čtyři členy. S výjimkou genu TTL2, který byl specificky zapojen do vývoje samčího gameofytu, je exprese ostatních tří (TTL1, TTL3 a TTL4) spojena s růstem a vývojem kořenů. Časové a prostorové rozložení exprese TTL3 odpovídá jeho roli v postiniciačním vývoji LRP, v období emergence a pozdějším vývoji rostoucích postranních kořenů. Subcelulární lokalizace TTL1, TTL2, TTL3 a TTL4 ukázala, že jsou spojeny při transientní expresi v listech tabáku ko-lokalizovány s mikrotubuly, což bylo pro TTL3 potvrzeno také v Arabidopsis. TTL3 byl také spojen s endomembránovým systémem a bylo již dříve popsáno, že je...
|
|
|
Zvukový efekt založený na modifikaci spektra signálu
Vejvoda, Zdeněk ; Sysel, Petr (oponent) ; Schimmel, Jiří (vedoucí práce)
Tato práce popisuje návrh a konstrukční řešení hardwarového elektronického zvukového efektu, který je kombinací efektů Frequency shifter a Delay. V úvodní části se text zaměřuje na elektronické nástroje, zvukové efekty, platformu modulárních syntezátorů Eurorack a software Max/MSP. Firmware, který je provozován na čipu ARM byl vyvinut v prostředí Max Gen. V druhé části práce jsou uvedeny výpočty a postup při návrhu softwarových algoritmů a hardwarových částí modulu. Na závěr je efektový modul sestaven, oživen a proměřen.
|
|
| |
|
|
Variabilita polymorfizmu v genu FABP3 a jeho asociace s ukazateli kvality masa u prasat
Boleslavová, Štěpánka
Cílem diplomové práce bylo studium variability genu FABP3 v populaci prasat plemene české bílé ušlechtilé. Analyzovat jejich asociaci s ukazateli produkce vepřového masa. Gen FABP3 patří do multigenové rodiny FABP (proteiny vázající mastné kyseliny mající vliv na přepravě dlouhých řetězců mastných kyselin). Studovaný polymorfizmus se nachází na pozici X98558:g.1321G>C v 5'UTR oblasti. Relativní frekvence genotypů byly: HH = 0,87, Hh = 0,13. Genotyp hh nebyl u sledovaných jedinců zjištěn. Hodnoty relativních frekvencí alel byly: H = 0,93 a h = 0,07. Na základě asociační analýzy byl prokázán statisticky průkazný rozdíl mezi genotypy pro kyselinu stearovou a linolovou. Vysoce statisticky průkazný rozdíl byl prokázán u kyseliny palmitové.
|
host ::
RSS.