|
|
Metody vícenásobného zarovnávání nukleotidových sekvencí
Trněný, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Ke správnému pochopení vlastností a účelu biologických sekvencí je nezbytně nutné mít možnost je mezi s sebou porovnávat a ze získaných informací vyvozovat jejich vlastnosti, účel a evoluční historii. K rozšíření již existující báze znalostí mohou velkou mírou přispět metody pro vícenásobné zarovnávaní sekvencí, které umožňují nahlížet na již známá fakta ve zcela novém světle dosud neznámých informací o vztazích mezi často na první pohled nepodobnými sekvencemi. Pro provádění této analýzy proto bylo navrženo několik algoritmů, na jejichž základě následně vznikly programy umožňující komplexní analýzu obsáhlých dat. Jedním z nich je algoritmus progresivního zarovnání, který je v rámci této práce implementován.
|
|
|
Vzájemná podobnost sekvencí aminokyselin různých organismů
Vysoudil, Ladislav ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Cílem této práce je pokusit se prostudovat a popsat práci se sekvencemi proteinů různých organismů a to především přiřazení sekvencí a vyhodnocení podobnosti sekvencí. Na začátku práce se zabýváme biochemií proteinů, jejich složením a strukturou. Dále text pokračuje teorií pro práci se sekvenčními daty, globálním, lokálním a mnohočetným přiřazením. V poslední části zkoumáme možnostmi programu Matlab pro výše zmíněné přiřazení.
|
|
|
Signaling Pathway for Butanol Production in Solventogenic Clostridium Bacteria
Musilová, Jana ; Škutková, Helena (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The diploma thesis is dedicated to studying signaling pathway for butanol production in Clostridium bacteria. The first part addresses the signaling pathways modeling by means of systems biology. The thesis follows the description of the data acquisition for signaling pathways modeling and modifying with the main focus on techniques for the detection of gene expression, products and phenotype. The third section is to obtain a basic model of a signaling pathway involved in butanol production in solventogenic clostridia. The final point and main goal is to create a dynamic model of butanol production signaling pathway in the Clostridium beijerinckii NRRL B-598 strain, its evaluation by static and dynamic analysis and comparison with biological data.
|
|
|
Software pro extrakci genomických dat z GenBank formátu
Jurečková, Kateřina ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce obsahuje literární rešerši na témata databáze GenBank, její nejpoužívanější datový formát gbk a jeho srovnání s dalšími používanými formáty sekvenčních dat. Dále práce popisuje strukturu mitochondriální DNA živočichů a rostlin, u rostlin blíže popisuje i DNA plastidovou. V praktické části se práce zaměřuje na vyhodnocení úspěšnosti automatické extrakce dat z gbk formátu pro celé mitochondriální sekvence pomocí funkce genbankread z Matlabu. A popisuje nově vytvořenou aplikaci na extrakci dat z GenBank souborů. V závěru je tato aplikace využita při analýze mitochondriálních genomů.
|
|
|
Klasifikace vzorků 1D gelové elektroforézy
Krupka, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá klasifikací vzorků 1D gelové elektroforézy. Popisuje teoretické informace týkající se gelové elektroforézy, různým druhům rušení, zpracování obrazu a jeho klasifikace pomocí shlukové analýzy. Jeden z hlavních úkolů je vytvoření databáze obrazů s ohledem na jejich co nejvyšší obrazovou kvalitu. Je realizována metoda předzpracování a detekce hranic jednotlivých vzorků v prostředí MATLAB. A konečně, je realizována klasifikace na základě shlukové analýzy vzorků, které je posléze statisticky ohodnocena.
|
|
|
Využití molekulárně-genetických metod při výzkumu kolorektálního karcinomu
Janáková, Tereza ; Škutková, Helena (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je analýza mutací v genech KRAS, BRAF a PIK3CA. Úvodní část je věnována kolorektálnímu karcinomu obecně. Následující části se zabývají úvodem do genetiky zhoubného bujení, popisem genů, které hrají u kolorektálního karcinomu důležitou roli (KRAS, BRAF a PIK3CA), molekulárně-genetickými metodami, které jsou v genetice hojně využívány (PCR), a metodami detekce mutací. Následně byl navržen způsob detekce mutací, jenž spočíval především ve využití PCR a komerčních kitů. Navazující kapitola "Výsledky analýzy mutací" obsahuje podrobné grafické znázornění výskytu mutací. Frekvence mutací byly porovnány s publikovanými údaji a s údaji laboratoře v Plzni a v Praze. V závěru práce jsou shrnuty výsledky analýzy mutací a možný přínos do budoucna.
|
|
|
Numerické reprezentace proteinových sekvencí pro klasifikaci
Bartoň, Vojtěch ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
S rozmachem bioinformatiky vyvstala možnost analyzovat a~srovnávat i~rozsáhlé soubory nejen genomických, ale i~proteomických sekvencí. Byla tedy nutnost zavést numerické reprezentace sekvencí pro jejich počítačové zpracování. Reprezentace proteinových sekvencí má svá specifika a~často vyšší výpočetní náročnost, než reprezentace genomických sekvencí. V~práci je představeno několik různých metod přístupu k~numerickým reprezentacím proteinů. Vybrané metody jsou poté testovány na setu mitochondriálně kódovaných proteinů a srovnány se standardní taxonomií a s běžně používanou symbolickou reprezentací.
|
|
|
Statistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencí
Zembol, Filip ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tématem této diplomové práce je statistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencí pomocí fylogenetických stromů. V teoretické části vypracujeme literární rešerši metodologie odhadu průběhu fylogeneze na základě podobnosti biologických sekvencí (DNA a bílkovin), kde se zaměříme na nepřesnosti v odhadu, čím jsou způsobeny a na možnosti jejich odstranění. Poté srovnáme metody pro statistické vyhodnocení správnosti průběhu fylogeneze. V praktické části navrhneme algoritmy, které budou sloužit pro testování věrohodnosti konstrukce fylogenetických stromů na základě bootstrappingu, jackknifingu, OTU jackknifingu a PTP testu, které budou schopny z biologických sekvencí ve FASTA kódu vykreslit fylogenetický strom metodou neighbor joining a lze také měnit distanční model a substituční matici. Abychom mohli tyto algoritmy použít pro statistickou podporu fylogenetických stromů, musíme ověřit jejich správnou funkci. Toto ověření vyhodnotíme na teoretických sekvencích aminokyselin. Po ověření správné funkce algoritmů, si demonstrujeme jednotlivé statistické testy na reálných 10 sekvencích ubikvitinu savců. Tyto výsledky analyzujeme a vhodně okomentujeme.
|
|
|
Předzpracování obrazu 1D gelové elektroforézy
Jaroš, Luboš ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Gelová elektroforéza je metoda sloužící k separaci a analýze makromolekul, které mají elektrický potenciál. Tato metoda je hojně používaná v mnoha odvětvích vědy a medicíny, avšak trpí na různá zkreslení obrazu. Bakalářská práce nejprve popisuje různé druhy zkreslení a existující metody pro detekci drah a bandů v gelové elektroforéze. Jádro práce představuje novou metodu detekce jednotlivých drah a předzpracování obrazu gelové elektroforézy založenou na výpočtu směrodatné odchylky z horizontální segmentace obrazu, implementovanou v prostředí Matlab. Úspěšnost navržené detekce drah je 96,7 % z testovaných 35 obrazů gelové elektroforézy. Následuje detekce bandů z vertikálního profilu a vykreslení binárního obrazu, který může být použit k další analýze. Přestože není detekce bandů plně automatizována, lze vhodným nastavením dosáhnout úspěšnosti 86,4 %.
|
|
|
Detekce mobilních genetických elementů pomocí číslicového zpracování genomických signálů
Nováková, Jarmila ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Práce se zabývá mobilními genetickými elementy. Je zaměřena na jejich vlastnosti využitelné pro jejich detekci. Zároveň se věnuje problematice transformace symbolické sekvence do numerické formy. Jsou vysvětleny klasifikace mobilních genetických sekvencí, popsány základní typy mobilních genetických sekvencí, principy numerických map a detekce v symbolické reprezentaci Je zpracována konverze symbolických genetických sekvencí dle zvolené numerické mapy a provedena analýza vlastností mobilních genetických elementů v numerické reprezentaci pro návrh detektoru. Na závěr je vytvořena knihovna motivů používaná navrženým detektorem.
|
host ::
RSS.