|
|
Dynamics of selected DNA damage response proteins
Benada, Jan ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Buněčná odpověd' na poškození DNA (DNA damage response) představuje kriti- cky důležitou signalizační sít', která ochraňuje celistvost genomu a brání vzniku rakoviny. Studium odpovědi na poškození DNA má tudíž zásadní klinický výz- nam a proteiny účastnící se této signalizace jsou slibnými cíli léčiv. Ačkoliv byly dosaženy značné pokroky v popisu interakcí jednotlivých proteinů této signali- zace, stále potřebujeme lépe porozumět komplexnímu chování celé signální sítě. Jedním z přístupů, který nám v tomto může pomoci, je popsání dynamiky klíčo- vých proteinů této signalizace v různých podmínkách. Prvním cílem této práce bylo popsat časovou dynamiku vybraných proteinů odpovědi na poškození DNA po různých genotoxických insultech, konkrétně po γ-ozáření a UV-C ozáření. Uká- zali jsme, že zatímco určité proteiny jsou aktivovány v jednom spojitém pulzu, jiné vykazují aktivaci v sérii pulzů. Na buněčné linii MCF7 jsme po γ-ozáření pozorovali již dříve popsané pulzy p53. Nicméně, na buněčné linii U2OS jsme po γ-ozáření detekovali spojitý nárůst hladin p53. Stejnou dynamiku p53 jsme pozorovali i po UV-C ozáření. Navrhujeme, že dynamika p53 závisí na účin- ném zapojení negativní zpětné vazby mezi kinázami aktivujícími p53 a fosfatázou Wip1. V druhé části této...
|
|
|
Úloha proteinkinázy StkP v regulaci buněčného dělení Streptococcus pneumoniae
Malíková, Eliška ; Doubravová, Linda (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Každá bakteriální buňka se neustále vyrovnává s tlakem okolního prostředí. Životaschopnost jednotlivce i mikrobiální populace jako celku úzce souvisí se schopností rychle a účelně reagovat na změny vnějších podmínek. Z těchto důvodů si bakterie vyvinuly rozličnou škálu mechanizmů, které jim umožňují zaznamenávat informace o okolí, zprostředkovat adekvátní odpověď a vzájemně se dorozumívat. Jednou z možností, jak realizovat fosforylaci proteinů, je prostřednictvím ATP dependentních Ser/ Thr proteinkináz eukaryotního typu. Vhodným modelovým organizmem pro studium funkce Ser/ Thr proteinkináz eukaryotického typu se stal Streptococcus pneumoniae. Tento významný lidský patogen kóduje jedinou eukaryotickou proteinkinázu StkP. StkP reguluje virulenci, kompetenci, rezistenci ke stresům různého původu, genovou expresi a hraje také důležitou roli v regulaci buněčného dělení. Pomocí fosfoproteomické analýzy bylo identifikováno několik substrátů pneumokokové proteinkinázy StkP. Jedním z nich byl protein DivIVA účastnící se buněčného dělení (NOVÁKOVÁ et al., 2010). DivIVA u Streptococcus pneumoniae je lokalizován ve středu buňky a na buněčných pólech. Zdá se, že je primárně důležitý pro správné a zrání pólů buňky (FADDA et al., 2007). Cílem této diplomové práce bylo zjistit, které aminokyselinové zbytky DivIVA podléhají...
|
|
|
The Persistence of Human Polyomaviruses
Blažková, Kristýna ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Navzdory mnohaletému výzkumu jsou i ty nejznámější Polyomaviry - BK a JC - stále záhadou. Vzhledem k objevení mnoha nových Polyomavirů - KIV, WUV, MCV, HPyV6, HPyV7, TSV a HPyV9 v průběhu posledních pár let se ještě zdůraznila důležitost výzkumu mechanismů, které Polyomaviry využívají ve svých hostitelích. Pravděpodobný způsob přenosu je buď skrze dýchací cesty nebo fekálně-orální. Počáteční infekcí lidé procházejí nejčastěji v raném dětství nebo v předpubertálním věku. Poté následuje celoživotní perzistence. Seroprevalence lidských Polyomavirů je mezi dospělou populací relativně vysoká: BKV (81-97 %), JCV (35-69 %), KIV (55 %), WUV (69 %), MCV (25-46 %) a TSV (70-80 %). Lidské polyomaviry mohou v imunosuprimovaných jedincích působit i smrtelná onemocnění. Místo perzistence v lidech pravděpodobně závisí na konkrétním Polyomaviru. U BK a JC virů je prokázána perzistence v ledvinách a močových cestách. Lidské Polyomaviry byly dále detekovány v lymfatických tkáních, krvi, dýchacích, močových a trávicích cestách, není ale jasné, zda ve všech těchto místech i perzistují. Mezi mechanismy, které Polyomaviry využívají k vytvoření a udržení perzistence, mohou patřit virové miRNA a virový agnoprotein, které modulují samotnou proliferaci viru i imunitní odpověď. Jsou tedy do určité míry schopné seberegulace.
|
|
|
Hledání lidských bílkovin ovlivňujících funkci IRES viru hepatitidy typu C
Roučová, Kristina ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Virus žloutenky typu C (HCV) představuje celosvětově rozšířený patogen infikující až 3 % lidské populace. V posledních letech se výzkum nových léčiv proti tomuto viru zaměřuje na jednotlivé kroky v jeho životním cyklu, mimo jiné na iniciaci translace. V případě HCV je iniciace translace závislá na vnitřním vazebném místě pro ribozóm (IRES) a kromě složek translačního aparátu se na ní podílí i další buněčné komponenty tzv. IRES trans-účinkující faktory (ITAF). Tato práce navazuje na předchozí výzkum naší laboratoře zaměřený na hledání nových ITAF. Pro hledání potenciálních ITAF zvyšujících aktivitu IRES HCV byly připraveny nové rekombinantní plazmidové vektory, nové referenční kvasinkové kmeny a byly optimalizovány selekční podmínky připraveného sytému. Rozdíly v růstových vlastnostech referenčních kmenů byly zkoumány a kvantifikovány v selekčních i neselekčních podmínkách. Dále byla provedena série pilotních vysokovýtěžkových transformací kvasinkového kmene pJ69-4A, nesoucího bicistronní konstrukt s IRES HCV, lidskou expresní cDNA knihovnou s cílem optimalizovat transformační účinnost a selekční podmínky a v neposlední řadě i s cílem pokusit se identifikovat nové ITAF. Několik desítek náhodně vybraných klonů získaných v selekčních podmínkách z těchto transformací bylo podrobeno analýze růstových vlastností,...
|
|
|
Prevalence polyomavirů v lidské populaci
Blagoevová, Kateřina ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Lidský BK polyomavirus, též známý jako lidský polyomavirus typu 1, je malý živočišný tumorogenní virus. Vstupuje do buňky kaveolin-zprostředkovanou endocytózou a přes endoplazmatické retikulum se dostává až do jádra, kde se množí a exprimuje proteiny. K primární infekci dochází během dětství a je převážně asymptomatická, jen občas je doprovázena mírným onemocněním dýchacích cest či močového ústrojí a tím spojenou virurií. Po primární infekci se virus vyskytuje zejména v ledvinách a močových cestách a u imunokompetentních jedinců zůstává v nereplikativním stádiu. Zdravého člověka nijak nepoškozuje a přetrvává v něm jako celoživotní infekce. U imunosuprimovaným jedincům, zvláště pacientům po transplantaci ledvin nebo kostní dřeně, způsobuje virurie, virémie, stenózy močovodu až těžké nefropatie, které mohou vést k selhání štěpu. Výskyt tohoto viru je ve světové populaci značný, vědecké publikace uvádějí, že až 80% populace vykazuje specifické protilátky. Případné nízké hodnoty výskytu viru uváděné v některých publikacích jsou pravděpodobně zapříčiněny použitím různě citlivých detekčních metod a rozdílným typem vzorků.
|
|
|
Umlčování genů u kvasinek.
Tarabová, Eva ; Kuthan, Martin (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
V ka dé bu ce je obsa ena kompletní kopie celé genetické výbavy organismu. Ov em ne v echny geny se exprimují, u vy ích eukaryot jsou bu ky diferenciované a dochází v nich k transkripci pouze ur itých protein . To je umo n no díky uml ování genové exprese, která je stabilní b hem celého bun ného cyklu a epigeneticky p edávána z jedné generace bun k na dal í. Slou í také k udr ení integrity chromozom , souvisí se správným pr b hem bun ného d lení, u kvasinek dokonce umo uje p epínání párovacího typu a zaji uje správnou identitu bun k. Základem je kompaktní a vysoce organizovaná struktura chromatinu nazývaná heterochromatin. Mechanismus je spole ný mnoha r zným organism m, p esto e proteiny, které uml ování zaji ují, jsou odli né.
|
|
|
Notch independentní funkce transkripčních faktorů CSL
Teska, Mikoláš ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent) ; Kuthan, Martin (oponent)
Signální dráha Notch hraje zásadní roli při vývoji a během života mnohobuněčných živočichů. CBF1 je prvkem dráhy Notch, který zprostředkovává regulaci cílových genů. Objev proteinů podobných CBF1 v kvasinkách vznesl otázku jejich funkce v jednobuněčných organismech - před vznikem kanonické dráhy Notch. Kvasinkové homology CBF1 jsou konzervovány v oblastech důležitých pro vazbu na DNA a váží CBF1-vazebný element in vitro. CBF1 a příbuzné transkripční faktory v Metazoa (CSL) interagují s mnoha proteiny v Notch-dependentních ale i Notch independentních komplexech. Rovněž receptor Notch má některé funkce CSL-independentní. Práce se zabývá interakčními partnery CSL v Metazoa a jejich homology v kvasinkách s cílem upozornit na možné interakce CBF1 homologů v evolučně ancestrálním kontextu.
|
|
|
Geny pro hybridní sterilitu myší: mapování epistatických interakcí.
John, Václav ; Forejt, Jiří (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
MOUSE HYBRID STERILITY GENES: A MAPPING OF EPISTATIC INTERACTIONS Hybrid sterility is an important postmeiotic reproductive isolation barrier. The phenotype of mouse hybrid sterility includes decreased testes weight and an absence of sperm. It occurs only in F1 males from PWD/Ph (PWD; Mus musculus domesticus) x C57BL/6J (B6, M. m. musculus) cross but not reciprocal B6 x PWD F1 males (FOREJT & IVÁNYI, 1974; FOREJT et al., 1991). Nowadays we know that the phenotype of hybrid sterility is controlled by the PWD/B6 allelic combination on chromosome 17 at Prdm9 locus is needed and by the PWD allele on chromosome X at Hstx2 locus. This combination of two loci is necessary but not sufficient obtain full sterility (MIHOLA et al., 2008; FOREJT, JIŘÍ, pers. comm.), so another genes must play role. In this experimental work I prepared the F2 cross from B6 and PWD mouse strains and I genotyped the males of F2 crosses and I carried out the QTL analysis. Extended QTL analysis was carried out with all animals carrying Prdm9PWD/B6 - Hstx2PWD allelic combination. The results showed unexpectedly low number of sterile males in F2 generation (1.90 %), and significant QTLs on chromosomes 17 (in Prdm9 loci) and X (different from Hstx2) in sperm, no other significant peak on any chromosome was found. These results indicate a more...
|
|
|
Periferní cirkadiánní hodiny savců, jejich molekulární mechanismus a synchronizace
Polidarová, Lenka ; Kuthan, Martin (oponent) ; Sumová, Alena (vedoucí práce)
Mammalian circadian clock in peripheral organs, molecular mechanism and entrainment The circadian system controls timing of behavioral and physiological processes in most organisms. In mammals, central oscillator is located in the suprachiasmatic nuclei (SCN) of the anterior hypothalamus. Apart from the SCN, peripheral oscillators are located in numerous organs like liver, heart, lung, muscle, intestine etc. The central and peripheral oscillators need to be synchronized by external cues (Zeitgeber). The SCN coordinates and entrains the phase of the clocks in numerous peripheral tissues via neuronal and humoral signals. For the SCN, dominant synchronizer is external light-dark cycle. Peripheral oscillators are cell-autonomous, they could work also independently of the SCN as a consequence of a feeding cycle. The basic molecular core clock mechanism responsible for generating circadian rhythms in the central and peripheral clocks is composed of transcriptional/translational feedback loops between the clock genes and their protein products. The aim of the present thesis was to ascertain whether the clock gene and protein expressions exhibit circadian rhythms in the rat intestine and whether the core clock mechanism drives expression of a cell cycle regulator rWee1. Next aim was to reveal how the circadian...
|
|
| |
host ::
RSS.