|
|
Diverzita nekultivovatelných a obtížně kultivovatelných zástupců čeledi Psalteriomonadidae (Excavata: Heterolobosea)
Uhrová, Kristýna ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Kmen Heterolobosea je skupinou améboflagelátů, améb a flagelátů patřící do říše Excavata. V současnosti je popsáno asi 150 druhů zástupců kmene Heterolobosea, z nichž je asi 20 druhů obligátně anaerobních. Většina z nich patří do čeledi Psalteriomonadidae. Cílem této práce bylo poznat diverzitu potenciálních obtížně kultivovatelných a nekultivovatelných anaerobních zástupců kmene Heterolobosea. Získali jsme mnoho nových izolátů zejména ze sladkovodních sedimentů. Izolovali jsme DNA z čerstvých kultur a určili jsme sekvence jejich genu pro SSU rRNA za použití primerů specifických pro skupinu Psalteriomonadidae. Získali jsme 123 nových sekvencí, které reprezentují 6 již popsaných druhů, dále bylo objeveno 16 potenciálně nových druhů. Nicméně mnoho nových druhů zaniklo v raných stádiích kultivování. Naše výsledky naznačují, že existuje velká diverzita nekultivovatelných a obtížně kultivovatelných druhů čeledi Psalteriomonadidae. Klíčová slova: diverzita, gen pro SSU rRNA, Heterolobosea, kultivace, Psalteriomonadidae
|
|
|
Dynamika lišejníkové symbiózy
Vaiglová, Zuzana ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Vondrák, Jan (oponent)
Symbiotické vztahy často nejsou jen neměnným soužitím dvou organismů, ale mohou se postupem času vyvíjet. U lišejníků bylo již publikováno mnoho prací o jejich specificitě, která se pohybuje od vysoce specifických typů, po takové, které jsou schopny kooperace s řasami nejrůznějšími. A právě u lišejníků schopných kooperace s více různými řasami si lze představit možnost změnit fotobionta během života, neboli dynamiku jejich symbiózy. Tento fenomén byl studován pomocí srovnání fotobiontů na disturbovaných lokalitách a lokalitách bez známek disturbancí. Počtem přítomných linií fotobiontů byly obě lokality vyrovnané, avšak rodů fotobiontů bylo na disturbovaných lokalitách nalezeno více. Srovnání fylogenetické diverzity obou stanovišť také poukázalo na vyšší diverzitu disturbovaných stanovišť. Nefylogenetické analýzy naopak vyzdvihly diverzitu lokalit stálých - avšak na těchto lokalitách tvořily většinu diverzity různé linie rodu Trebouxia. Byly nalezeny i případy lišejníků téhož druhu, které měly na lokalitách disturbovaných jiného fotobionta, než na lokalitách stálých. Nalezená distribuce fotobiontů naznačuje možnost změny fotobionta s vývojem společenstva. Vysvětlením by mohla být buď snížená specificita při tvorbě stélky a možnost pozdějšího nahrazení, či to, že fotobiont upřednostněný v počátečních...
|
|
|
Diverzita fotobiontů ve stélkách lišejníku Psora decipiens
Jadrná, Iva ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Peksa, Ondřej (oponent)
Psora decipiens je charakteristickým druhem společenstva terikolních lišejníků Toninio-Psoretum decipientis rostoucím na vápenitých nebo bazických substrátech. Společenstvo sestává v různých modifikacích z lišejníků Placidium squamulosum, Toninia sedifolia, T. opuntioides, Fulgensia fulgens, F. bracteata a dalších. Fototobionti lišejníku Psora decipiens byli determinováni. Psora decipiens a Placidium sp. společně sdílí jeden druh fotobionta, běžnou terestrickou řasu Myrmecia israeliensis. Klonování ITS rDNA odhalilo velkou variabilitu M. israeliensis v rámci jedné lišejníkové stélky. Ve stélce bylo často nalezeno několik genotypů ve stélce, což odhaluje buď vysokou mutační rychlost řasy nebo neustálou relichenizaci. Saxikolní druhy Psora (P. testacea, P. himalayana, P. valesiaca a P. rubiformis) mají na rozdíl od terikolního druhu P. decipiens jako fotobionta M. biatorellae, což naznačuje možný vliv fotobiontů na substrátovou specifitu lišejníků rodu Psora . Práce se mimo jiné zamýšlí nad vhodnou metodikou používanou pro identifikaci fotobiontů. Není možné popsat pravého fotobionta bez morfologické determinace řasy přímo ve stélce nebo kultuře kombinované s jasnými molekulárními metodami. Postup identifikace fotobiontů byl dřív podceněn v případě lišejníku Psora decipiens. Klíčová slova: lišejník,...
|
|
|
Rekonstrukce morfologické evoluce a fylogenetických vztahů šupinatých chrysomonád rodu Mallomonas
Čertnerová, Dora ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Záveská, Eliška (oponent)
Rod Mallomonas (Synurales, Synurophyceae) se vyzna uje obrovskou variabilitou k emi itých šupin, na kterých byl vystav n i druhový koncept tohoto rodu. Cílem této práce bylo objasnit fylogenetické vztahy mezi jednotlivými zástupci a rekonstruovat morfologickou evoluci k emi itých struktur na šupinách. V rámci diplomové práce byly získány sekvence pro šest druh , pro které doposud molekulární data chyb la. Poprvé je tak známo jejich umíst ní na fylogenetickém strom zástupc rodu. Rod Mallomonas je rozd len do dvou hlavních evolu ních linií, které lze (s n kolika výjimkami) rozlišit i na základ p ítomnosti i nep ítomnosti struktury V-žebra. Ornamentace povrchu k emi itých šupin je druhov specifická, a rozdíly v morfologii šupin do zna né míry odrážejí i fylogenetické vztahy jednotlivých zástupc . Morfologický koncept pojetí druhu se tak zdá být v kontextu našich výsledk oprávn ný. Morfologicky vymezené sekce rodu jsou však nez ídka parafyletické, v d sledku za len ní menších sekcí ( asto zastoupených jediným druhem) do sekcí v tších jako jejich vnit ních skupin. U t chto druh došlo k velmi rychlé morfologické evoluci, která m la za následek radikální odlišení fenotypu druh od jejich nejbližších p íbuzných. Ze srovnání k emi itých šupin recentních a fosilních zástupc rodu Mallomonas je z ejmé, že n...
|
|
|
Terestrické řasy rodu Klebsormidium (Streptophyta) ve světle hypotézy "Everything is everywhere, but the environment selects"
Ryšánek, David ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Dvořák, Petr (oponent) ; Leliaert, Frederik (oponent)
V roce 1934 Baas Becking vyslovil hypotézu o rozšíření mikroorganismů: "Everything is everywhere, but environment selects", která stále skýtá tři nevyřešené problémy u protist: (1) existenci biogeografie, (2) nejednotný druhový koncept, a (3) ekologické preference. V posledních letech se biogeografie a diverzita protist stala velmi aktuálním tématem. Dvě hypotézy byly vysloveny: ubikvitní model, navazující na Beckingovu hypotézu, který předpokládá kosmopolitní rozšíření protist s nízkou globální diverzitou; a umírněný ubikvitní model, který prosazuje, že i protista mají endemitní druhy s omezeným rozšířením stejně jako makroorganismy. V této práci jsem se zabýval jednou z nejběžnějších terestrických řas rodu Klebsormidium (Streptophyta), a studoval jsem následné otázky (i) jaké geografické rozšíření má tato řasa, (ii) jaká je diverzita v mírném pásu a v polárních oblastech, (iii) jak ekologie (hlavně pH) ovlivňuje diverzitu, a (iv) jak nejlépe provést epityfikaci druhů Klebsormidium. Výsledky ukazují dva rozdílné typy rozšíření. Jednak jsme zjistili neomezené šíření a intenzivní genetický tok v jedné linii (superclade B), což je v souladu s ubikvitní teorií, avšak většina linií rodu Klebsormidium měla spíše omezené rozšíření. A navíc jsme nalezli významné snížení genetické diverzity směrem k pólům,...
|
|
|
Mechanismy šíření protistních organismů
Křivská, Lucie ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Urbánková, Pavla (oponent)
Protistní organismy jsou všudypřítomné, jsou základem potravních řetězců, ovšem způsobují i nemalé ekonomické škody v oblasti zdravotnictví, zemědělství a potravním průmyslu. Jejich rozšíření je dlouhou dobu v debatách mnoha vědců a přes poměrně pokročilé metody, které dnešní věda nabízí, stále není přiřčena pravdivost pouze jedné teorii ze dvou primárně nabízených, i když v dnešní době pomalu začíná převládat podpora moderátní endemické teorie rozšíření mikroorganismů. Tato rešerše shrnuje dosavadní poznatky z oblasti šíření protistních organismů na celé planetě, ve vodním i terestrickém prostředí. Mechanismy šíření pokrývají mnoho oblastí studia a je to velice komplexní a složité téma. Pro přenos jsou důležitá dormantní stádia organismů donedávna považovaná pouze za adaptace pro nepříznivé podmínky bez primární možnosti šíření. Šíření je ovlivněno klimatickými podmínkami na daném území a tudíž není snadné jej předpovědět. Je zde shrnut i nemalý vliv člověka na biogeografii mikroorganismů a možnosti disperze těchto organismů včetně zahrnutí historického hlediska. Tomuto tématu začíná být v posledních letech právem věnována zvýšená pozornost. Zmíněné jsou také adaptace a odolnosti organismů pro přenos různými druhy vektorů. Klíčová slova: faktory prostředí, šíření, distribuce, endemické druhy
|
|
|
Species concept in the genus Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta): a combination of molecular and morphological approaches
Šafránková, Michala ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Hodač, Ladislav (oponent)
Diplomová práce je zaměřena na problematiku druhového konceptu zelené aerofytické řasy Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta). Tento rod byl intenzivně studován již od 18. století. Po více než 200 let byly druhy rodu Trentepohlia tradičně určovány na základě morfologických znaků. Nedávné molekulární studie však ukázaly, že toto tradiční pojetí má řadu nedostatků. Mým cílem proto bylo detailně morfologicky prostudovat druhy rodu Trentepohlia v Evropě a pomocí následné sekvenace rbcL genu zhodnotit jejich fylogenetickou pozici. Během let 2013-2015 jsem detailně prostudovala nejstarší zmínky o druzích rodu Trentepohlia a sestavila určovací klíč pro evropské druhy. Na základě tohoto výzkumu jsem došla k závěru, že by bylo vhodné synonymizovat druh T. odorata s T. jolithus, a též T. uncinata s T. arborum. Též jsem provedla odběry vzorků druhů rodu Trentepohlia v rámci Evropy a jejich morfologii jsem pečlivě prostudovala a popsala. V rámci molekulárních analýz jsem využila klonování a odhalila častou přítomnost směsi jednotlivých druhů rodu Trentepohlia v jinak na první pohled homogenních nárostech. Fylogenetické analýzy založené na rbcL potvrdily rozpory mezi molekulárně a morfologicky určenými druhy a existenci kryptických druhů. Bude vhodné provést revizi na druhové i rodové úrovni a uspořádat tak...
|
|
|
Diverzita zelených řas tvořících lišejníkové symbiotické interakce
Vaiglová, Zuzana ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Štifterová, Anna (oponent)
Tato práce se zabývá zelenými řasami, které jsou v literatuře zmiňovány jako fotobionti lišejníků. Podrobněji se věnuji jednotlivým rodům vývojové větve Chlorophyta ve třídách Ulvophyceae, Trebouxiophyceae a Chlorophyceae. Zabývám se fylogenetickou pozicí rodů, definuji jejich morfologii a zejména analyzuji jejich účast v lišejníkových symbiózách. Srovnávám poznatky založené na tradičních morfologických metodách s údaji z moderních molekulárních studií. Za potvrzené lišejníkové fotobionty považuji rody Trentepohlia, Cephaleuros, Phycopeltis a Dilabifilum ze třídy Ulvophyceae a rody Dictyochloropsis, Chloroidium, Elliptochloris, Coccomyxa, Diplosphaera, Auxenochlorella, Myrmecia, Asterochloris, Trebouxia, Coccobotrys a Leptosira ze třídy Trebouxiophyceae. Řasy Chlorella a Stichococcus nejsou na úrovni rodu dobře definovány, jako fotobionti jsou však často zmiňovány. Prasiola tvoří asociaci s houbovým partnerem, ale povaha jejich soužití není vyjasněná. Lišejníková symbióza rodů Parachloroidium, Pseudochlorella a Gloeocystis nebyla molekulárně potvrzena a vyžaduje další výzkum. Klíčová slova fotobiont, lišejník, zelené řasy, Chlorophyta, diverzita, fylogeneze, Trebouxiophyceae
|
|
|
Vliv environmentálních faktorů na diverzitu lišejníkových fotobiontů
Červenková, Tereza ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Peksa, Ondřej (oponent)
Lišejníky jsou synergickým spojením nejméně dvou organismů, heterotrofní houby a fotosyntetické řasy nebo sinice. Toto sdružení má za následek, že interagující organismy jsou daleko tolerantnější vůči environmentálním vlivům, jelikož tyto organismy si vzájemně poskytují určité výhody, které by jako volně žijící jedinci nebyly schopné získat. Je všeobecně známo, že houboví partneři z lišejníku jsou daleko méně citliví, co se týče přírodních podmínek, jakými jsou např. teplota, nadmořská výška, množství srážek nebo typ a složení substrátu. Proto také mají houby tvořící lišejníky daleko větší ekologické valence než s nimi interagující fotobionti, z nichž většina rodů a druhů je adaptovaná pouze na určité podmínky prostředí. Z tohoto důvodu jsou to právě symbiotické řasy a sinice, které pravděpodobně z velké míry určují prvotní vznik lišejníku na dané lokalitě. Tato rešerše je převážně věnována adaptabilitě fotoautotrofních symbiontů lišejníků, tj. kokálních zelených řas a sinic, na environmentální podmínky. Ekologické rozrůznění fotobiontů má přímý vliv na jejich genetickou diferenciaci a tím i na diferenciaci samotných druhů lišejníků. Bohužel se v mnoha studiích většinou autoři zabývají pouze diverzitou makroskopického symbiotického partnera, tj. mykobionta, a ekologie fotobiontů je často přehlížena...
|
|
|
Ekofyziologická diferenciace kryptických druhů komplexu Synura petersenii (Synurophyceae)
Jelínková, Lucie ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Elster, Josef (oponent)
Synura petersenii představuje komplex pseudokryptických druhů. Jedná se o planktonní koloniální organismy náležející do taxonu Chrysophyceae. Hojné jsou na jaře a na podzim, kdy v oligo-mezotrofních sladkých vodách vytvářejí zlato-hnědé vodní květy (zákaly). V této práci byly hodnoceny růstové parametry čtyř druhů tohoto komplexu: S. petersenii, S. americana, S. glabra a S. conopea v závislosti na teplotě. Bylo provedeno a posléze statisticky analyzováno několik teplotních experimentů. Dle růstových křivek byla teplota 25 žC většinou již pro tyto organismy stresující. Jedině S. petersenii sensu stricto dokázala občas v této teplotě růst. Celkově se signifikantně lišily druhy S. petersenii a S. americana. S. petersenii rostla v rámci všech analyzovaných experimentů nejpomaleji. Tento ubikvitní druh se pravděpodobně chová jako K- stratég. S. americana rostla obecně velmi rychle, a to zejména v teplotě 13 žC, která je pro ni zřejmě optimální. Dále byla zjištěna též statisticky významná kmenová specifita, která je v ekofyziologii již velmi dobře doloženým jevem. Signifikantní rozdíly v růstových rychlostech byly zaznamenány mezi teplotami 13 žC a 16 žC, takže všechny testované druhy rostly nejlépe v těchto teplotách. To je v souladu s obecně uznávaným tvrzením o relativní chladnomilnosti těchto...
|
host ::
RSS.