|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Strukturní flexibilita regulačního segmentu DNA
Řezáčová, Barbora ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Rosenberg, Ivan (oponent)
Transcription of the genetic code is controlled by numerous proteins. Some of them, so-called transcription factors, bind to certain DNA regions possessing anomalous properties due to their specific and highly conservative base sequence. One of these DNA segments is SRE (Serum Response Element). The diploma work is linked to results of the previous study indicating that the structural flexibility of this segment, related to the CArG box sequence, plays a key role in its physiological activity. Our work is devoted to study of this DNA segment and its model sequential variants. The approach of accurate measurements of temperature dependent UV absorption spectra and their consecutive analysis by means of factor analysis techniques and difference spectra construction, the main part of which was also developed within the framework of this work, was employed. The results indicate that separate chains of SRE with various length form surprisingly stable hairpins, which in some cases prevail even in mixtures of both chains of the SRE segment over duplexes. By using a fitting to thermodynamic equilibrium equations, thermodynamic characteristics of temperature induced association and dissociation transitions of complexes, both intermolecular (duplexes) and intramolecular (hairpins), were obtained.
|
|
|
Mikrokalorimetrické studium termodynamické stability hybridních komplexů nukleových kyselin
Ottová, Pavla ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Vaisocherová, Hana (oponent)
Práce se zabývá aplikací diferenční skenovací kalorimetrie (DSC) pro studium potenciálních oligonukleotidových terapeutik. Byly stanoveny možnosti i limity použitého DSC přístroje a stanovené optimální podmínky pro měření komplexů nukleových kyselin. Byly zkoumané čtyři typy modifikovaných oligonukleotidů s izopolární neizosterní internukleotidovou spojkou, která vznikla vložením methylenové skupiny do fosfodiesterové vazby mezi atom fosforu a jeden ze dvou esterových kyslíků (methylenová skupina vložena na 3' nebo 5' konec spojky, modifikované spojky buď alternují s přirozenými, nebo jsou modifikované všechny). Stanovili jsme termodynamické charakteristiky hybridních duplexů složených z modifikovaných deoxythymidinových patnáctimerů a komplementárního RNA polymerního řetězce, kyseliny polyadenylové. Oligonukleotid s methylenovou skupinou na 3' konci, jehož všechny spojky jsou modifikované, s polyadenylovou kyselinou komplexy netvoří. Ostatní oligonukleotidy komplexy vytvářejí a jejich stabilita roste v pořadí (3' konec, alternující) ~ (5' konec, všechny) < přirozený (dT)15 < (5' konec, alternující). U všech komplexů byla zjištěná vysoká kooperativita vazby oligonukleotidů na polymer. Dále byla termodynamicky charakterizována RNA vlásenka TAR segmentu HIV-1 a její aptamer R06. Vedle termodynamických...
|
|
| |
|
| |
|
|
Kompexní charakterizace buněčných suspenzí pomocí elastického rozptylu světla
Macháň, Radek ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Plášek, Jaromír (oponent)
Při experimentech s kvasinkami Saccharomyces cerevisiae, sloužícími jako modelový eukaryotní organismus je často důležité stanovit počet buněk v suspenzi. Jednou z často užívaných metod studia buněčných suspenzí je měření elastického rozptylu světla procházejícího suspenzí. Obvyklým výstupem těchto měření je úhlová závislost intenzity rozptýleného záření, která nese informaci o velikosti buněk, na kterých k rozptylu dochází. V této diplomové práci jsou studovány časové závislosti intenzity elastického rozptylu a souvislost jejich statistických vlastností s počtem rozptylových center v jednotkovém objemu. Za tím účelem byl navržen jednoduchý model popisující jak tato veličina pro monodisperzní suspenzi souvisí se závislostí směrodatné odchylky časového průběhu intenzity elastického rozptylu na střední hodnotě tohoto průběhu. K získání experimentálních dat byl zkompletován přístroj na počítačem řízené měření úhlových a časových závislostí intenzity elastického rozptylu. Měření bylo prováděno na suspenzích kvasinek Saccharomyces cerevisiae a na modelovém systému (suspenze polymerních částic o průměru 8m). Naměřená data byla interpretována v rámci navrženého modelu. Přestože suspenze kvasinek nelze považovat za monodisperzní, naměřená data byla v dobré shodě s předpověďmi navrženého modelu. To ukazuje, že efekt...
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.