|
|
Measurement of drop size distribution time rate for liquid-liquid dispersion using IPI method
Jašíková, D. ; Kotek, M. ; Kysela, Bohuš ; Šulc, R. ; Kopecký, V.
The liquid-liquid dispersion properties are studied mainly by image analysis (IA) and Interferometric Particle Imaging (IPI). Drop sizes will be investigated in dilute dispersion since in this case the break up phenomena is the dominating and is not affected by phase fraction. Characteristics of the size distribution and the evolution of two liquid-liquid phase’s disintegration were studied. The IPI method was used for subsequent detailed study of the disintegrated droplets. We compared two liquids: Rhodosil Oil 47V50, and Silicone Oil AP1000 under stirrer rate of 540 rpm, and 760 rpm. The experiment run in the scaled model of agitated tank with Rushton turbine.
|
|
| |
|
|
Study of protein structure and dynamics by means of optical spectroscopy
Pazderka, Tomáš ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Kaminský, Jakub (oponent) ; Setnička, Vladimír (oponent)
Název: Studium struktury a dynamiky proteinů pomocí optické spektroskopie Autor: Tomáš Pazderka Ústav: Fyzikální ústav UK Vedoucí doktorské práce: RNDr. Vladimír Kopecký, Ph.D., Fyzikální ústav UK Abstrakt: Cílem práce je zdokonalit experimentální techniky vibrační spektrosko- pie (především vibrační optické aktivity - VOA) a metodiky pro zpracování dat, vedoucí k lepšímu pochopení struktury a dynamiky proteinů. Byla vypracována metodika pro intenzitní kalibraci spekter Ramanovy optické aktivity. Užitečnost metody byla demonstrována na ROA spektrech změřených na různých přístrojích a/nebo za použití více přístrojových konfigurací. Modifikací konvenčního přístro- je pro měření spekter vibračního cirkulárního dichroismu (VCD) byl sestaven spektrometr umožňující mikroskopická měření VCD spekter s prostorovým roz- lišením 1 mm. S využitím této techniky byly nalezeny prostorové nehomogenity ve vzorku proteinových fibril. Pomocí metod optické spektroskopie byly zkou- mány modelové molekuly pro neplanaritu amidové vazby a byly identifikovány klíčové spektrální znaky pro určování neplanarity amidové vazby a její absolut- ní konfigurace. Byla změřena úplná sada Ramanových spekter proteinogenních aminokyselin. Byly identifikovány a následně diskutovány závislosti spekter na koncentraci a formě vzorku. Rozhodovací...
|
|
|
Ramanova spektroskopie jako nástroj k diagnostice Alzheimerovy choroby
Tesař, Adam ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Jelínek, Otakar (oponent)
Alzheimerova nemoc (AD) je nejčastější demencí v lidské populaci. Trpí jí až 10 % lidí starších 65 let a její výskyt s věkem narůstá. V současnosti dostupná léčba je schopna pouze zpomalit progresi onemocnění, proto je důležité AD diagnostikovat v časném stadiu. V naší práci jsme Ramanovou spektroskopií kapkově nanášených povlaků (DCDR) analyzovali vzorky mozkomíšního moku (MM) a krevního séra (KS) souboru 55 pacientů s cílem ověřit dříve publikovanou vysokou senzitivitu spektroskopické diagnostiky AD ze vzorků MM a nalézt novou diagnostickou metodu na vzorcích KS. Nalezli jsme vhodné podmínky pro měření KS pomocí DCDR. Výsledky měření jsme vyhodnocovali pomocí analýzy hlavních komponent a shlukové analýzy. Malé soubory vzorků MM i KS vykazovaly vysokou senzitivitu, která ale pro celý soubor pacientů prudce poklesla. Výsledky na MM byly značně ovlivněny volbou vyhodnocovaných spektrálních intervalů, největší senzitivity i specificity dosahovaly intervaly obsahující pásy na 980, 1080 a 1249 cm-1, které byly již dříve popsány jako signifikantní pro AD. Výsledky na vzorcích KS byly nejvíce citlivé při analýze aplikované na celé spektrum avykazovaly nízkou senzitivitu, ale vysokou specificitu k AD (92 %). Užitím neuronových sítí jsme naopak dosáhli vysoké senzitivity (88,9 %), ale nízké specificity na vzorcích...
|
|
|
Mikroskopie atomárních sil ve světě biomakromolekul
Vančura, Martin ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Bednárová, Lucie (oponent)
Mikroskopie atomárních sil (AFM) umožňuje zobrazování objektů na mikrometrové až nanometrové škále a v poslední době se začíná uplatňovat při studiu biomakromolekul. V práci jsme popsali základní principy AFM s důrazem na praktické užití a se zvláštním důrazem na bioaplikace. Testovali jsme experimentální možnosti užití Alpha 300 - Ramanovského mikroskopu s přídavným AFM/SNOM modulem od firmy WITec. Demonstrovali jsme schopnost AFM přístroje studovat objekty buněčné velikosti (s rozměry řádu µm) na erytrocytech a zelené řase Desmodesmus quadricauda. Podařilo se nám pomocí AFM pozorovat postupný růst fibril proteinu lysozymu v průběhu dní - od rozměrů jader (s výškou ~3 nm) až po samotné fibrily (o výšce 3-10 nm a délce 100 nm až několik µm). Následně jsme pozorovali jednotlivé molekuly proteinu thyreoglobulinu (~6 nm) a též γ-globulinu (~3 nm). Z hlediska poměru signál/šum se jeví jako možné zobrazovat daným přístrojem objekty až do velikosti 2 nm.
|
|
|
The minimum record time for PIV measurement in a vessel agitated by a Rushton turbine
Šulc, R. ; Ditl, P. ; Fořt, I. ; Jašíková, D. ; Kotek, M. ; Kopecký, V. ; Kysela, Bohuš
In PIV studies published in the literature focusing on the investigation of the flow field in an agitated vessel the record time is ranging from the tenths and the units of seconds. The aim of this work was to determine minimum record time for PIV measurement in a vessel agitated by a Rushton turbine that is necessary to obtain relevant results of velocity field. The velocity fields were measured in a fully baffled cylindrical flat bottom vessel 400 mm in inner diameter agitated by a Rushton turbine 133 mm in diameter using 2-D Time Resolved Particle Image Velocimetry in the impeller Reynolds number range from 50 000 to 189 000. This Re range secures the fully-developed turbulent flow of agitated liquid. Three liquids of different viscosities were used as the agitated liquid. On the basis of the analysis of the radial and axial components of the mean- and fluctuation velocities measured outside the impeller region it was found that dimensionless minimum record time is independent of impeller Reynolds number and is equalled N. t(Rmin) = 103 +/- 19.
|
|
|
Local velocity scaling in T400 vessel agitated by Rushton turbine in a fully turbulent region
Šulc, R. ; Ditl, P. ; Fořt, I. ; Jašíková, D. ; Kotek, M. ; Kopecký, V. ; Kysela, Bohuš
The hydrodynamics and flow field were measured in an agitated vessel using 2-D Time Resolved Particle Image Velocimetry (2-D TR PIV). The experiments were carried out in a fully baffled cylindrical flat bottom vessel 400 mm in inner diameter agitated by a Rushton turbine 133 mm in diameter. The velocity fields were measured in the zone in upward flow to the impeller for impeller rotation speeds from 300 rpm to 850 rpm and three liquids of different viscosities (i.e. (i) distilled water, ii) a 28% vol. aqueous solution of glycol, and iii) a 43% vol. aqueous solution of glycol), corresponding to the impeller Reynolds number in the range 50 000 < Re < 189 000. This Re range secures the fully-developed turbulent flow of agitated liquid. In accordance with the theory of mixing, the dimensionless mean and fluctuation velocities in the measured directions were found to be constant and independent of the impeller Reynolds number. On the basis of the test results the spatial distributions of dimensionless velocities were calculated. The axial turbulence intensity was found to be in the majority in the range from 0.388 to 0.540, which corresponds to the high level of turbulence intensity.
|
|
|
Never Born Proteins: Occurence and characterization of secondary structure motifs
Treťjačenko, Vjačeslav ; Hlouchová, Klára (vedoucí práce) ; Kopecký, Vladimír (oponent)
Studium náhodných proteinových sekvencí skýtá velký potenciál pro pochopení původu a mechanismu tvorby hydrofobního jádra a uspořádané struktury proteinů. V této práci byla provedena biofyzikální charakterizace pěti proteinových sekvencí bez homologie s dosud známými proteiny. Sekvence byly vybrány na základě bioinformatické analýzy, jenž spočívala ve vyhodnocení 10 0000 náhodných polypeptidových řetězců pomoci prediktorů sekundárních struktur, rozpustnosti a celkové proteinové neuspořádánosti. Charakterizace vedla k potvrzeni přítomnosti sekundárních struktur a v některých případech také k odhalení náznaků nativního uspořádání proteinů - tvorby stabilního hydrofobního jádra a tendenci k specifické oligomerizaci. Přestože uvedená práce je pouze součásti většího projektu, výsledky již teď naznačují, že náhodne proteinové sekvence mají potenciál k tvorbě sekundární i terciární struktury Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Charakterizace proteinů dráhy 2'-5' oligoadenylátů pomocí vibrační spektroskopie
Víšová, Ivana ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Bednárová, Lucie (oponent)
Práce se zabývá strukturní charakterizací dvou významných proteinů dráhy 2'-5' oligoadenylátů, účastnících se imunitní odpovědi organismu na virovou infekci. Studována byla ankyrinová doména myší RNasy L, C-terminální část lidské fosfodiesterázy 12 a následně kompletní lidská fosfodiesteráza 12. Proteiny byly charakterizovány pomocí Ramanovy spektroskopie, infračervené spektroskopie, elektronového cirkulárního dichroismu, dynamického rozptylu světla a jako doplňková měření byla provedena kalorimetrie a gelová elektroforéza. Pro jednotlivé proteiny byla stanovena sekundární struktura, teplotní stabilita, velikost oligomerů a obecně byla provedena jejich základní charakterizace výše zmíněnými metodami.
|
|
|
Integrace zařízení energetického využití odpadů do sítě centrálního zásobování teplem s existující teplárnou
Kopecký, Václav ; Janošťák, František (oponent) ; Putna, Ondřej (vedoucí práce)
Tato práce je věnována shrnutí současného stavu odpadového hospodářství a představení možností pro rozšíření strategie energetického využívání odpadu. Práce je dělena na 4~hlavní části, z nichž každá popisuje část této problematiky, nebo problematiku přímo s ní spojenou. Nejprve práce představuje situaci odpadového hospodářství v ČR z několika různých pohledů. Dále představuje systémy centrálního zásobování teplem, které tvoří dobrou základnu pro stavbu zařízení, která spalují odpad. Poslední dvě kapitoly jsou pak věnovány problémům, spojeným s vytvářením projektů nových zařízení, a optimalizačním modelům, které umožňují vytvářet projektovou dokumentaci, která více odpovídá realitě.
|
host ::
RSS.