|
|
Evoluční strategie v úloze predikce vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinu
Pavlík, David ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá otázkou predikce změn stability proteinů v důsledku aminokyselinových mutací. Cílem je vytvořit meta-klasifikátor, který bude využívat výsledky predikcí vybraných nástrojů, použít evoluční strategii pro přiřazení vah jednotlivým nástrojům a dosáhnout tak větší úspěšnosti predikce než při použití nástrojů samostatně. Bylo vybráno celkem pět dostupných nástrojů, jejichž výsledky predikcí byly váhovány. Jsou zde zkoumány a porovnávány dvě odlišné metody evoluční strategie. První je evoluční strategie s pravidlem 1/5 a druhou je evoluční strategie s autoevolucí řídících parametrů typu 2. Pro trénování a následné ověření úspěšnosti navrženého meta-klasifikátoru byly vytvořeny dvě nezávislé sady mutací. Z provedených experimentů a dosažených výsledků byl zjištěn možný přínos evoluční strategie, ovšem za podmínek pečlivého výběru sady nástrojů a datových sad pro trénování a testování.
|
|
|
Predikce struktury kvadruplexu
Mikula, Adrian ; Lexa, Matej (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá způsobem vyhledávání a predikcí struktury kvadruplexů v sekvencích DNA. Jsou zde vysvětleny související pojmy, které jsou důležité pro pochopení funkcí kvadruplexů, jejich vlastnosti a možnosti geometrického uspořádání. Také jsou zde popsány současné metody, které umožňují vyhledávání a predikci struktur kvadruplexů a to jak fyzikálně-chemické, tak výpočetní. Je zde taky vysvětlen princip molekulárního modelování, který byl použit ve výsledné aplikaci. Součástí této práce je i návrh a popis implementace finálního řešení vyhledávání a predikce struktury kvadruplexů pomocí nástrojů AMBER Tools.
|
|
|
Strojové učení v úloze predikce vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinu
Malinka, František ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce popisuje nový přístup k predikci vlivu aminokyselinových mutací na změnu stability proteinu. Cílem je vytvořit nový meta-nástroj, který kombinuje výstupy osmi vybraných nástrojů, díky čemuž je schopen svoji predikční schopnost zlepšit. Pro nalezení optimálního konsenzu mezi těmito nástroji je použito různých metod strojového učení. Ze všech testovaných metod strojového učení dosahuje KStar nejvyšší úspěšnosti predikce na trénovacím datasetu tvořeného experimentálně ověřenými mutacemi z databáze ProTherm. Právě z tohoto důvodu je KStar vybrán jako optimální predikční technika. Pro prokázání korektnosti výsledků tohoto meta-nástroje je použito testovacího datasetu vytvořeného ojedinělým způsobem, a to z vícebodových mutací extrahovaných taktéž z databáze ProTherm. Jelikož nebyly vícebodové mutace použity pro natrénování žádného z integrovaných nástrojů, předpokládá se, že takovéto porovnání je objektivní. Ve výsledku se tímto přístupem podařilo pomocí metody strojového učení KStar zvýšit korelační koeficient na trénovacím datasetu o 0,130, respektive o 0,239 na datasetu testovacím oproti nejúspěšnějšímu integrovanému nástroji. Na základě zjištěných údajů je možné říci, že metody strojového učení jsou vhodnými technikami pro problémy z oblasti proteinových predikcí.
|
|
|
Prediction of Transposons in DNA
Černohub, Jan ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
The paper offers brief introduction into DNA with focus on transposable elements also know as transposons and how do they relate to the ongoing research into biology - seen mainly from the bioinformatics point of view. The goal is to research past and concurrent tools and algorithms that were developed for transposon detection in sequenced genomes. Based on the surveyed designs a proposal for long terminal repeat transposons oriented tool is created and implemented.
|
|
|
Hardwarová akcelerace identifikace protokolů
Kobierský, Petr ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Kořenek, Jan (vedoucí práce)
S dynamickým rozvojem sítí dochází také k bouřlivému rozvoji síťových aplikací a služeb. Pro zajištění jejich kvality je nutné v síťových tocích identifikovat aplikační protokoly a podle jejich typu jednotlivé toky omezovat nebo blokovat. Tato práce popisuje metody identifikace síťových protokolů, diskutuje jejich přesnost a analyzuje možnosti použití těchto metod na vysokorychlostních sítích. Na základě provedené studie byl vytvořen a analyzován model identifikace aplikačních protokolů. Výsledky analýzy byly použity k návrhu hardwarové architektury akcelerující výpočetně náročné části algoritmu identifikace aplikačních protokolů. Navržené řešení je schopno pracovat na 10 Gb/s sítích a exportovat informace o aplikačních protokolech ve formě NetFlow protokolu.
|
|
|
Hledání regulárních výrazů s využitím technologie FPGA
Kaštil, Jan ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Kořenek, Jan (vedoucí práce)
V práci je vysvětluje několik algoritmů pro vyhledávání výrazů v textu. Algoritmy pracují v software i hardware. Část práce se zabývá rozšířením konečných automatů. Další část práce vysvětluje, jak funguje hash a představuje koncept perfektního hashování a CRC. Součástí práce je návrh možné struktury vyhledávací jednotky založené na deterministických konečných automatech v FPGA. V rámci práce byly provedeny exprimenty pro zjištění podoby výsledných konečných automatů.
|
|
| |
|
|
Analýza síťového provozu pomocí zařízení NIFIC
Melo, Juraj ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Kořenek, Jan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce popisuje příklady použití zařízení NIFIC na potlačení bezpečnostních rizik v počítačových sítích. NIFIC je bezstavový paketový filtr s hardvérovou akcelerací vhodný na nasazení do vysokorychlostních sítí. Práce obsahuje příklady, ve kterých je prezentováno použití tohoto zařízení, které ve spolupráci s dalšími bezpečnostními systémy dokáže zvýšit bezpečnost sítě, na které je nasazeno. Některé příklady jsou rozšířeny o popis jeho dalších užitečných vlastností, které zlepšují efektivitu správy a monitorování počítačových sítí.
|
|
|
Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích
Remiáš, Richard ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Práca sa zaoberá problematikou vyhľadávania presných a približných palindrómov. V súvislosti s vyhľadávaním presných palindrómov analyzuje naivný postup vyhľadávania ako aj postupy založené na sufixových stromoch, ktorých konštrukcia je tiež rozobraná. Vyhľadávanie približných palindrómov je realizované za pomoci princípov dynamického programovania. Samotné vyhľadávanie je rozdelené na tri časti: vyhľadanie palindrómov, filtrácia výsledkov a ich rekonštrukcia. Každá časť je popísaná algoritmom a implementovaná programom v prílohe práce.
|
|
|
Akcelerace algoritmů pro porovnání řetězců na základě podobnosti
Voženílek, Jan ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je návrh a implementace architektury pro FPGA čipy akcelerující porovnávání dvou řetězců a jejich ohodnocení na podobnost. Použité postupy vycházejí z bioinformatických algoritmů, především Needleman-Wunsch a Smith-Waterman. Jednotka může díky obecnému návrhu a generickému zpracování v jazyce VHDL porovnávat libovolné sekvence znaků, což je úloha prostupující mnoha oblastmi informatiky od prohledávání databází (kde porovnání na podobnost umožňuje odhalit překlepy) po detekci nevyžádané elektronické pošty - spamu. V závislosti na specifikaci úlohy se může zrychlení oproti běžnému softwarovému řešení pohybovat v řádu stovek až tisíců.
|
host ::
RSS.