|
|
Monitorování vlivu mutovaného huntingtinu na autofagii v lidských nervových kmenových buňkách
Zezulová, Kristýna ; Vodička, Petr (vedoucí práce) ; Kohoutek, Jiří (oponent)
Huntingtonova choroba je dědičné neurodegenerativní onemocnění způsobené mutací v genu Huntingtin. Jeho exprimovaný produkt, mutovaný protein huntingtin, v buňce agreguje a ovlivňuje rozsáhlou škálu buněčných procesů, včetně mechanismů proteostáze. Autofagie, řazena k mechanismům buněčné degradace a recyklace proteinů i jiných buněčných komponent, je jedním z procesů narušených přítomností mutovaného huntingtinu. Cílem projektu bylo s použitím chemicky kompetentních bakterií metodami molekulárního klonování připravit tandemový genetický konstrukt (fúzní protein LC3-EGFP-mCherry) v plazmidu se savčím promotorem, transfekovat jej do připravených lidských linií, nesoucích jak normální, tak mutovaný huntingtin, a modifikovat tak linie k přechodné, a pokud možno i trvalé, expresi tohoto senzoru aktivity autofagie. Takto modifikované linie umožňují sledovat vliv přítomnosti normálního a mutovaného HTT na průběh autofagie a také poskytují experimentálně vhodné podmínky k ovlivnění autofagie v těchto buňkách pomocí inhibitorů a aktivátorů ze skupiny malých molekul. Podařilo se molekulárním klonováním připravit dva typy fúzních proteinů LC3-GFP-mCherry/RFP a přechodně je vpravit lipofekcí do kontrolních ARPE19 linií. Konstrukty se z důvodu selhání transfekce či selhání exprese nepodařilo transfekovat do...
|
|
|
Protinádorová aktivita polymerních konjugátů nesoucích deriváty proteasových inhibitorů a konvenčních cytostatik pro léčbu nádorů hlavy a krku
Běhalová, Kateřina ; Kovář, Marek (vedoucí práce) ; Vodička, Pavel (oponent)
Nádory hlavy a krku představují celosvětově zhruba 4,6 % všech maligních onemocnění a jejich incidence neustále roste. Navzdory tomu vývoj chemoterapeutik v této oblasti spíše stagnuje. Jako jedna z nadějných možností se jeví využití léčiv originálně vyvinutých jako inhibitory HIV virové proteasy, u nichž byla popsána i protinádorová aktivita. Esterifikace OH skupiny těchto léčiv 5-methyl-4-oxohexanovou kyselinou umožňuje jejich připojení pH-senzitivní hydrazonovou vazbou na hydrofilní biokompatibilní HPMA kopolymerní nosič. Tato vazba zajistí zlepšení farmakokinetiky navázaného léčiva, prodlouží jeho dobu cirkulace v krevním oběhu, sníží nežádoucí účinky a zároveň umožní pasivní akumulaci léčiva v nádoru díky EPR efektu. Celkem bylo takto derivatizováno šest proteasových inhibitorů (ritonavir, lopinavir, saquinavir, indinavir, nelfinavir a atazanavir). Ritonavir a jeho derivát byly testovány v rámci předchozího projektu a byly zde využity jako referenční látky. Po úvodním stanovení in vitro cytostatické a cytotoxické aktivity v buněčných liniích FaDu (lidský karcinom hlavy a krku), SCC7 (myší skvamózní karcinom), 4T1 (myší prsní karcinom) a CT26 (myší karcinom kolon) byl na základě získaných dat zvolen derivát lopinaviru jako derivát s nejvyšší in vitro protinádorovou aktivitou. Aktivita tohoto derivátu...
|
|
|
The impact of covid-19 restrictions on carbonaceous aerosols at rural background site: importance of vertical distribution
Mbengue, Saliou ; Vodička, Petr ; Komínková, Kateřina ; Schwarz, Jaroslav ; Zíková, Naděžda ; Prokeš, Roman ; Suchánková, Lenka ; Julaha, Kajal ; Ondráček, Jakub ; Holoubek, Ivan ; Ždímal, Vladimír
In this study, EC and OC at 4 m elevation and EC at 230 m elevation showed a similar \nseasonal pattern with higher values in winter and lower values in summer. OC, measured \nat 230 m height showed an opposite behavior with slightly higher values in spring and \nsummer, probably related to the increased contribution of secondary organic carbon \n(SOC). Concentrations were generally higher at 4 m, where there was also a better \ncorrelation between EC and OC, suggesting a greater influence of local sources near the \nsurface.
Plný tet:  PDF
|
|
|
NMR Aerosolomics Study of Water-Soluble Organic Compounds in Size-Resolved Particulate Matter
Horník, Štěpán ; Vodička, Petr ; Pokorná, Petra ; Schwarz, Jaroslav ; Ždímal, Vladimír ; Sýkora, Jan
Organic aerosols (OA) account for a significant fraction (10 – 90%) of atmospheric particulate matter (Hallquist et al., 2009). The composition of organic aerosols is very complex and is usually characterized by their water solubility. Water-soluble organic compounds (WSOC) constitute a large fraction of OA (10 – 80%) and consist of chemical species containing oxygenated functional groups such as hydroxyl, carboxyl, or carbonyl groups. NMR spectroscopy represents an alternative to commonly used techniques (gas chromatography-mass spectrometry, liquid chromatography-based techniques) for WSOC analysis. Our recently introduced method, called NMR aerosolomics, allows quantitative analysis of dozens of individual compounds from different aerosol samples. An important part of the characterization of aerosols is their classification by particle size. The analysis of individual compounds in the size-resolved fractions of the WSOC class has been performed only in a few studies that focus mainly on a particular subclass of compounds or use multiple analytical techniques.
Plný tet: PDF
|
|
|
Physicochemical Properties and Origin of PM1 Measured at a Rural Background Site
Pokorná, Petra ; Zíková, Naděžda ; Vodička, Petr ; Lhotka, Radek ; Mbengue, Saliou ; Holubová Šmejkalová, A. ; Riffault, V. ; Ondráček, Jakub ; Schwarz, Jaroslav ; Ždímal, Vladimír
This study assesses the variability of organic aerosol (OA) sources monitored at the rural background site Frýdlant. Non-refractory PM1 was evaluated in two seasons of\n2021. The positive matrix factorization with the multi-linear engine was used to determine the sources of OA at Frýdlant site, with four factors resolved both in winter and\nsummer.
Plný tet: PDF
|
|
|
Chemical composition and sources of atmospheric aerosols at the Frýdlant background station
Lhotka, Radek ; Pokorná, Petra ; Vodička, Petr ; Zíková, Naděžda ; Ondráček, Jakub ; Arora, S. ; Poulain, L. ; Hermann, H. ; Schwarz, Jaroslav ; Ždímal, Vladimír
This study assesses the variability of organic aerosol (OA) sources monitored at the rural background site Frýdlant. Non-refractory PM1 was evaluated in two seasons of\n2021. The positive matrix factorization with the multi-linear engine was used to determine the sources of OA at Frýdlant site, with four factors resolved both in winter and\nsummer.
Plný tet: PDF
|
|
| |
|
| |
|
|
Genetic variability in sporadic colorectal cancer: Searching for novel risk, prognostic and predictive biomarkers.
Jirásková, Kateřina ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Machoň, Ondřej (oponent) ; Eckschlager, Tomáš (oponent)
SOUHRN Rakovina tlustého střeva a konečníku (kolorektální karcinom, KRK) představuje celosvětově závažný zdravotní problém. I přes pokroky v diagnostice a v léčebných metodách zůstává prognóza onemocnění špatná. Pro zlepšení celkové míry přežívání je důležité umět rozpoznat jedince s vyšším rizikem vzniku KRK a odhalit onemocnění v rané potenciálně léčitelné fázi. Současně identifikace pacientů, kteří budou reagovat negativně na konkrétní léčbu, by přispěla ke snížení nadbytečné chemoterapie a k minimalizaci toxicity související s léčbou. Cílem této práce bylo hledání nových diagnostických, prognostických a prediktivních DNA-biomarkerů pro sporadickou formu KRK. Každý člověk je geneticky jedinečný a nalezení těchto biomarkerů by lékařům usnadnilo diagnózu a výběr optimální terapie pro každého pacienta s KRK na základě jejich molekulárního profilu. Pro dosažení tohoto cíle jsme zkoumali několik kandidátních genů u zdravých jedinců i u nově diagnostikovaných pacientů se sporadickou formou KRK. Výsledky této PhD práce byly shrnuty v sedmi impaktovaných publikacích. Hlavními závěry jsou: 1) Genetické varianty v cílových oblastech pro vazbu microRNA (miRSNPs) v genech opravy dvouřetězcových zlomů, genech důležitých pro etiologii KRK a mucinových genech souvisí buď s rizikem KRK nebo s odpovědí na léčbu, 2)...
|
|
|
Charakterizace prasečích indukovaných pluripotentních kmenových buněk
Svobodová, Eliška ; Vodička, Petr (vedoucí práce) ; Tlapáková, Tereza (oponent)
Indukované pluripotentní kmenové buňky (iPSCs) jsou pluripotentní buňky vytvořené reprogramací buněk somatických pomocí několika transkripčních faktorů v podmínkách kultivace embryonálních kmenových buněk (ESCs). Klasické faktory použité pro vytvoření prvních iPSCs jsou OCT4, SOX2, KLF4 a c-MYC. Takto vytvořené iPS buňky jsou svými vlastnostmi blízké ESCs. Technologie tvorby iPSCs může být využita k tvorbě iPS buněk z konkrétních pacientů a využita pro jejich léčbu tam, kde použití ESCs představuje etický a imunologický problém. Pro potřebu medicínských aplikací iPSCs je potřeba ověřit jejich dlouhodobou bezpečnost na vhodných zvířecích modelech.
|
host ::
RSS.