|
| |
|
|
CUG kodon u patogenních kvasinek rodu Candida
Marečková, Lucie ; Heidingsfeld, Olga (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent)
1. Abstrakt Mnoho druhů kvasinek rodu Candida překládá standardní leucinový kodon CUG jako serin, ovšem ne v 100% případů. Ukázalo se, že dvojí specifita CUG kodonu se vyvíjela pomocí mechanismu zahrnujícího dvojznačné kódování zprostředkované unikátní tRNACAG, která je in vitro častěji aminoacylována serinem než leucinem. Tato dvojznačnost byla tolerována některými kandidami více jak 170 miliónů let. Prozatím nejlepším možným vysvětlením této tolerance je, že nestandardní překlad CUG způsobil vznik genové diverzity a umožnil produkci nového fenotypu odolnějšího vůči stresovým podmínkám. Důležitým krokem byla zároveň redukce negativního vlivu dvojznačné translace pomocí klíčových mutací ve struktuře ser-tRNACAG. Kandidy se staly cenným experimentálním modelem pro objasnění změn v genetickém kódu. Zatímco byly důsledky dvojího překladu CUG kodonu studovány hlavně u druhu Candida albicans, ve spojitosti s kvasinkou Candida parapsilosis nebylo toto téma prozatím diskutováno. Vyřešení struktury sekretované aspartátové proteázy Sapp1p z C. parapsilosis nám poskytlo nástroj ke studiu případů možného vlivu dvojznačného překladu CUG kodonu. Gen SAPP1 obsahuje jeden CUG kodon a na jeho místo dosazovaný serin se ve struktuře proteinu nachází ve smyčce v těsné blízkosti aktivního místa.
|
|
| |
|
|
Localization matters: function of paxillin and phopholipids in the cell nucleus
Marášek, Pavel ; Hozák, Pavel (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent) ; Žárský, Viktor (oponent)
(Czech) Paxillin i PIP2 jsou dobře známé součásti každé buňky, i když odlišné povahy. Paxillin, protein fokálních adhezí, šíří signál z extracelulární matrix prostřednictvím integrinů a receptory růstových faktorů, a tak reguluje buněčnou motilitu a migraci buněk (Schaller, 2001). PIP2, hlavní stavební kámen buněčných membrán, který je fosfolipasou C štěpen na tzv. druhé posly (Hokin and Hokin 1953; Streb et al. 1983). V nedávné době bylo prokázáno, že obě molekuly jsou také lokalizovány v jádře. Jejich dosud známé funkce jsou detailně prozkoumány, ale my nyní odhalujeme zcela odlišné funkce těchto biologických složek, a to navíc v úplně odlišných částech buňky, než kde se jejich lokalizace předpokládá. V této práci ukazujeme, že paxillin je důležitým faktorem buněčného jádra, kde kontroluje expresi dvou důležitých genů IGF2 a H19, které řídí růst buňky. Paxillin nemění alelickou expresi těchto imprintovaných genů, ale reguluje chromosomální interakce mezi promotory IGF2/H19 a jejich společným enhancerem na aktivní alele. Přesněji řečeno, paxillin stimuluje interakci mezi enahncerem a promotorem genu IGF2, čímž zesiluje transkripci IGF2, zároveň paxillin brání interakci mezi enhancerem a promotorem H19, a tím snižuje transkripci H19. Nalezli jsme paxillin v komplexu s kohesiny a také Mediatorem RNA...
|
|
| |
|
|
GAL4/UAS binární systém jako nástroj pro studium genové funkce
Soukup, Tomáš ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent)
GAL4/UAS systém je bipartitním nástrojem genového inženýrství, umožňujícím ektopickou expresi in vivo v časovém i tkáňově specifickém kontextu. Design této techniky vychází z mechanismů regulace genové transkripce, objasněných z veliké části experimentálním studiem regulace metabolického okruhu pro zpracování galaktosy organismu Saccharomyces cerevisiae. Nezávislou inkorporací genu pro transkripční faktor Gal4p a jeho vazebné sekvence (UAS) za pomoci transposibilních technik a technik pro integraci do specifické části genomu je možné generovat stovky stabilních, transgenních linií. Křížením jedince z GAL4 linie s jedincem z UAS linie lze následně získat jedince, vykazujícího za vhodných, regulovatelných podmínek ektopickou expresi. Tato práce představuje syntézu základních principů GAL4/UAS systému a jeho variant, adaptovaných zejména pro potřeby genových manipulací s modelovými organismy Drosophila melanogaster a Danio rerio. Dále tento text shrnuje propojení GAL4/UAS systému s dalšími technikami a ve stručnosti poukazuje na možnosti praktické aplikace zejména na poli neurologie. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Funkce proteinu Slu7 v sestřihu pre-mRNA Saccharomyces cerevisiae
Ničová, Eva ; Půta, František (vedoucí práce) ; Vašicová, Pavla (oponent)
Alternativní sestřih je jedním z nástrojů regulace genové exprese. Za různých podmínek mohou z jednoho buněčného transkriptu vznikat různé mRNA kódující proteiny s různou funkcí, lokalizací či stabilitou. Lidský protein hSlu7 ovlivňuje alternativní sestřih některých genů prostřednictvím volby alternativních 3'sestřihových míst (3'SS). Ačkoli se původně zdálo, že kvasinky Saccharomyces cerevisiae alternativní sestřih nevyužívají, v poslední době se množí důkazy, že tomu tak není. Rozhodli jsme se proto blíže charakterizovat funkci kvasinkového Slu7, který se účastní druhého kroku sestřihu pre-mRNA a je úzce spjatý s volbou 3'SS. Pozornost jsme zaměřili na vysoce sekvenčně konzervovaný, doposud nepopsaný motiv v esenciální části proteinu, nazvaný motiv RED. Mutace v motivu způsobují defekt druhého kroku sestřihu některých substrátů a ovlivňují poměr využití alternativních 3'SS některých sestřihových konstruktů. Výsledky pokusů ukazují na roli motivu ve výběru především distálních 3'SS. Genetické interakce mutací slu7 s alelami genů PRP45 a PRP22 rozšiřují spletitou interakční síť sestřihových faktorů a naznačují možnou roli Slu7p ve vazbě Prp22p na spliceosom.
|
|
|
Homeostáze kationtů alkalických kovů patogenních kvasinek rodu Candida
Elicharová, Hana ; Sychrová, Hana (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Půta, František (oponent)
Kvasinky rodu Candida jsou oportunní patogeny schopné vyvolat závažné systémové infekce u imunokompromitovaných pacientů. Virulence jednotlivých druhů kan- did závisí mimo jiné na jejich odolnosti vůči proměnlivosti vnějšího prostředí. Udržování homeostáze kationtů alkalických kovů, čili na jedné straně schopnost akumulovat dostatečné množství draselných iontů a na straně druhé úspěšně čelit jejich vysoké extracelulární koncentraci, je nezbytné pro růst a virulenci kandid. V rámci této práce jsme popsali souvislost mezi tolerancí k solím a rezistencí k flukonazolu u šesti druhů kandid a možný mechanismus této interakce. Flu- konazol hyperpolarizuje plasmatickou membránu buněk kandid a zvyšuje tak nespecifický vstup kationtů alkalických kovů do buňky, čímž výrazně narůstá citli- vost kandid k solím těchto kationtů. Popsaný mechanismus má obecnou platnost, nebot' flukonazol zvyšuje senzitivitu kandid i k dalším kladně nabitým látkám, které vstupují do buňky v závislosti na velikosti membránového potenciálu. Účinek flukonazolu na membránový potenciál a tedy i na vstup kationtů alkalických kovů do buňky obrátil naši pozornost k homeostázi draselných kationtů, jejichž relativně vysoká...
|
|
| |
|
|
Prp45 v regulaci exprese paralogních genů TUB1 a TUB3 v S. cerevisiae
Cihlářová, Zuzana ; Půta, František (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Prp45 je esenciální sestřihový faktor kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Lidský ortholog Prp45 - protein SNW1/SKIP - je zapojen do regulace sestřihu pre-mRNA a pravděpodobně ovlivňuje proces transkripce a modifikace histonů. Naše laboratoř odhalila genetické interakce sestřihového faktoru Prp45 nejen s proteiny zahrnutými v sestřihu pre-mRNA, ale rovněž také s faktory důležitými pro elongaci transkripce a s efektory chromatinových modifikací. Naše předběžné výsledky tak naznačují, že by protein Prp45 mohl sloužit jako faktor propojující sestřih, transkripci a stav chromatinu u S. cerevisiae. Prvním cílem této diplomové práce bylo prozkoumat roli intronů v regulaci genové exprese paralogních genů TUB1 a TUB3, a zda je tato regulace závislá na sestřihu. Pomocí kvantitativní PCR jsem zjistila, že exprese paralogních genů TUB1 a TUB3 není závislá na přítomnosti jejich intronů a ani na funkčním sestřihu. Druhým cílem této diplomové práce bylo zjistit potenciální úlohu proteinu Prp45 v regulaci chromatinového stavu. Pro tento účel jsem zavedla systém β-estradiolem indukované exprese značeného histonu H3 a následně jsem metodou chromatinové imunoprecipitace měřila inkorporaci tohoto histonu do nukleozomů. I přes nedostatečnou průkaznost výsledky naznačují, že by mutace prp45(1-169) mohla zvyšovat dynamiku...
|
host ::
RSS.