|
Evoluční vztahy mezi druhy parem rodu Barbus (Cyprinidae) s důrazem na Řecko a biogeografie řeckých linií
Kyralová, Eva ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent)
Evoluční vztahy mezi druhy rodu Barbus byly studovány již v minulosti, většina studií však byla založena na mitochondriální DNA, neexistuje žádná detailní studie, která by studovala vztahy i na základě nukleárních markerů. Je to dáno především tím, že parmy rodu Barbus jsou tetraploidní. Oblast Řecka nebyla dosud dostatečně studována, a to především oblast západního Řecka, o které se ví, že skrývá daleko vyšší diverzitu sladkovodní ichtyofauny, než bylo dosud známo. Území Řecka je jedním z "horkých míst" (tzv. hotspots) biodiverzity. Řecké říční systémy se vyznačují značným podílem endemických druhů sladkovodních ryb. V této práci byly studovány evoluční vztahy mezi druhy rodu Barbus, s důrazem na diverzitu řeckých linií. Také bylo revidováno geografické rozšíření jednotlivých druhů rodu Barbus v Řecku. Celkem bylo analyzováno 192 jedinců, z čehož bylo 156 jedinců ze 40 řeckých lokalit a dalších 36 jedinců druhů rodu Barbus z dalších oblastí rozšíření. Dataset byl doplněn dostupnými publikovanými sekvencemi. Pro fylogenetické analýzy byl použit mitochondriální gen cytochrom b a nukleární markery 1. intron ribozomálního protein genu S7 a 2. intron genu beta-actinu. Pro oba nukleární markery byly použity paralog-specifické primery. Analýza cytochromu b odhalila několik dobře podpořených linií: 1....
|
|
Molecular Characterisation of Parvalbumin Gene: Evolutionary Insights and Forensic Applications for Fish Species Identification and Authentication
Mukherjee, Subham ; Horká, Petra (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent) ; Flajšhans, Martin (oponent)
Abstract Parvalbumin (pvalb), a low molecular weight calcium-binding protein, plays a crucial role in regulating Ca2+ switching in fast-twitch muscle fibres and has been identified as a major cause of fish-induced food allergies. The molecular evolution of pvalb genes in teleost fish and its cause, duplication of the whole genome, was investigated, revealing high diversity and complex gene repertoires, making detection and identification challenging. This study provides robust genomic evidence of the complex evolution of parvalbumin genes in teleost fish. In addition to its role as a potent allergen, the pvalb gene, a nuclear gene, can serve as a valuable molecular marker. Keeping this in mind, a real-time PCR assay is developed to detect and quantify two European anglerfish species simultaneously, Lophius piscatorius and Lophius budegassa, which are susceptible to illegal species substitutions in the global seafood trade. The assay targets the intronic region of the pvalb gene, demonstrating high specificity, efficiency, and robustness, making it a potential forensic tool to prevent food fraud and ensure the accurate identification of fish species. Furthermore, a standardised quantitative PCR-based method is presented for the β-pvalb gene in Lophius piscatorius, utilising a plasmid DNA calibrator...
|
|
Evolutionary history, genetic diversity and human impact on selected leuciscids from the southern Balkans
Viñuela Rodríguez, Nuria ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Perea, Silvia (oponent) ; Kalous, Lukáš (oponent)
- ABSTRAKT - Ryby jsou nejrozmanitější skupinou obratlovců na Zemi, z nichž polovinu tvoří sladkovodní druhy, i když obývají prostor, který zabírá pouhých 0,01 % světové vodní plochy. Balkán je považován za evropský hotspot biologické diverzity, a obzvlášť jeho jižní část je uznávána jako centrum ichtyologické rozmanitosti, vyznačující se výjimečnou diverzitou a vysokým stupněm endemismu. V rámci jižního Balkánu vyniká jónský ekoregion, který je, díky velmi složité geologické historii, jednou z nejizolovanějších ichtyologických oblastí v Evropě. Téměř všechny druhy sladkovodních ryb obývajících jónskou oblast jsou endemické a většina z nich má velmi malý areál rozšíření s výraznou geografickou strukturou. Západoegejská oblast je naopak považována za druhově chudý ekoregion v rámci jižního Balkánu, přestože se zde rovněž vyskytuje značný počet endemických druhů. Jakkoli je oblast jižního Balkánu zajímavá z hlediska ichtyofauny, o mnoha druzích ryb, které ji obývají, dosud nejsou dostatečné znalosti. V této práci se zabýváme dvěma rody, Pelasgus a Telestes, patřícíh do nejrozmanitější čeledi v této oblasti (Leuciscidae), s cílem lépe porozumět historickému šíření sladkovodních ryb na jižním Balkáně, jejich kolonizačním cestám z Asie do Evropy a odhalit, které překážky v jejich šíření podnítily jejich speciaci...
|
|
Fylogeografie rodu Squalius v Albanii
Lerch, Zdeněk ; Švátora, Miroslav (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent)
Souhrn Diplomová práce na téma Fylogeografie rodu Squalius v Albánii popisuje genetickou diverzitu tohoto rodu v Albánii a přilehlých oblastech a to na základě molekulární analýzy cytochromu b. V této oblasti byly identifikovány celkem tři linie nejasného taxonomického postavení, které se vzájemně geneticky lišily v průměru o 1,6 % - 2,1 %. Jedna linie je rozšířena směrem na sever od Albánie, v celé perijadranské oblasti, další linie se vyskytuje hlavně v severní polovině Albánie a konečně třetí linie má centrum výskytu v oblasti starých tektonických jezer Prespa a Ochrid, odkud proniká zejména do jižní části Albánie. V povodí Ochrid -Drin- Skadar systému se obě linie vyskytují sympatricky. Fylogenetická a taxonomická situace rodu Squalius se v této části Balkánu jeví jako zajímavé téma i pro budoucí detailnější studie. Klíčová slova: Squalius, Albánie, cytochrom b, fylogeografie
|
|
Endemická vodní fauna krasových poljí na Balkáně
Doulíková, Tereza ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent)
Oblast Dinárského krasu na Balkánském poloostrově patří mezi "hot spot" biodiverzity a vyznačuje se vysokým stupněm endemismu sladkovodních ryb. Četné geologické a klimatické události ovlivnily formování oblasti a speciaci druhů. Krasová polje jsou charakteristickým znakem Dinárského krasu. Představují specifický ekosystém plný endemických druhů živočichů, kde hrají roli hydrogeologické pochody. Na poljích se objevují pravidelné záplavy, čímž dochází k aktivaci různých podzemních cest a jejich propojení. Životu v této oblasti se přizpůsobilo dvacet dva endemických druhů ryb, které žijí část roku v podzemních a část roku v povrchových vodách, a mohou mezi těmito polji migrovat podzemními toky. U těchto ryb proto došlo k výrazné redukci velikosti šupin i změně v komplexnosti ošupení. Šupiny jsou malé a u některých druhů sotva viditelné. Tyto druhy ryb a bohatá podzemní fauna krasu jsou ohroženy především znečištěním, destrukcí habitatu a odvodňováním poljí.
|
|
Evoluce zraku u paprskoploutvých ryb
Truhlářová, Veronika ; Musilová, Zuzana (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent)
Zrak hraje klíčovou roli v životě mnoha obratlovců a výkon zrakového systému je často přizpůsoben podmínkám prostředí, v němž jednotlivé druhy žijí. Ryby osídlily širokou škálu habitatů a přizpůsobily jim svůj zrak tak, aby maximalizovaly svou úspěšnost v lovu, reprodukci a úniku predátorům. Tato práce se zabývá zrakovými schopnostmi dvou velkých skupin kostnatých ryb: afrických říčních cichlid z čeledi Cichlidae (řád Cichliformes, součást velké skupiny Percomorpha) a evropských kaprovitých ryb z čeledi Cyprinidae (řád Cypriniformes, součást velké skupiny Ostariophysi), u nichž jsou zde zkoumány geny pro fotoreceptorové proteiny opsiny. Na sítnici jsou přítomny dvě skupiny světločivných buněk (fotoreceptorů): tyčinky a čípky a paprskoploutvé ryby mají obecně čtyři skupiny čípkových opsinů (SWS1, SWS2, RH2 a LWS) využívané pro barevné (fotopické) vidění, a jednu skupinu tyčinkových opsinů (rodopsinů) pro vidění za špatných světelných podmínek (skotopické vidění). V této práci se zaměřuji 1) na DNA sekvenci a aminokyselinové záměny opsinových genů, a 2) na expresi těchto genů citlivých na různé vlnové délky viditelného spektra dopadající na sítnici. Výsledky mé práce ukazují, že jak cichlidy (čeleď Cichlidae), tak i kaprovité ryby (čeleď Cyprinidae) mají ve svém genomu kompletní sadu genů pro opsiny...
|
|
Evoluční vztahy mezi druhy parem rodu Barbus (Cyprinidae) s důrazem na Řecko a biogeografie řeckých linií
Kyralová, Eva ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent)
Evoluční vztahy mezi druhy rodu Barbus byly studovány již v minulosti, většina studií však byla založena na mitochondriální DNA, neexistuje žádná detailní studie, která by studovala vztahy i na základě nukleárních markerů. Je to dáno především tím, že parmy rodu Barbus jsou tetraploidní. Oblast Řecka nebyla dosud dostatečně studována, a to především oblast západního Řecka, o které se ví, že skrývá daleko vyšší diverzitu sladkovodní ichtyofauny, než bylo dosud známo. Území Řecka je jedním z "horkých míst" (tzv. hotspots) biodiverzity. Řecké říční systémy se vyznačují značným podílem endemických druhů sladkovodních ryb. V této práci byly studovány evoluční vztahy mezi druhy rodu Barbus, s důrazem na diverzitu řeckých linií. Také bylo revidováno geografické rozšíření jednotlivých druhů rodu Barbus v Řecku. Celkem bylo analyzováno 192 jedinců, z čehož bylo 156 jedinců ze 40 řeckých lokalit a dalších 36 jedinců druhů rodu Barbus z dalších oblastí rozšíření. Dataset byl doplněn dostupnými publikovanými sekvencemi. Pro fylogenetické analýzy byl použit mitochondriální gen cytochrom b a nukleární markery 1. intron ribozomálního protein genu S7 a 2. intron genu beta-actinu. Pro oba nukleární markery byly použity paralog-specifické primery. Analýza cytochromu b odhalila několik dobře podpořených linií: 1....
|
|
Endemická vodní fauna krasových poljí na Balkáně
Doulíková, Tereza ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent)
Oblast Dinárského krasu na Balkánském poloostrově patří mezi "hot spot" biodiverzity a vyznačuje se vysokým stupněm endemismu sladkovodních ryb. Četné geologické a klimatické události ovlivnily formování oblasti a speciaci druhů. Krasová polje jsou charakteristickým znakem Dinárského krasu. Představují specifický ekosystém plný endemických druhů živočichů, kde hrají roli hydrogeologické pochody. Na poljích se objevují pravidelné záplavy, čímž dochází k aktivaci různých podzemních cest a jejich propojení. Životu v této oblasti se přizpůsobilo dvacet dva endemických druhů ryb, které žijí část roku v podzemních a část roku v povrchových vodách, a mohou mezi těmito polji migrovat podzemními toky. U těchto ryb proto došlo k výrazné redukci velikosti šupin i změně v komplexnosti ošupení. Šupiny jsou malé a u některých druhů sotva viditelné. Tyto druhy ryb a bohatá podzemní fauna krasu jsou ohroženy především znečištěním, destrukcí habitatu a odvodňováním poljí.
|
|
Fylogeografie rodu Squalius v Albanii
Lerch, Zdeněk ; Švátora, Miroslav (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent)
Souhrn Diplomová práce na téma Fylogeografie rodu Squalius v Albánii popisuje genetickou diverzitu tohoto rodu v Albánii a přilehlých oblastech a to na základě molekulární analýzy cytochromu b. V této oblasti byly identifikovány celkem tři linie nejasného taxonomického postavení, které se vzájemně geneticky lišily v průměru o 1,6 % - 2,1 %. Jedna linie je rozšířena směrem na sever od Albánie, v celé perijadranské oblasti, další linie se vyskytuje hlavně v severní polovině Albánie a konečně třetí linie má centrum výskytu v oblasti starých tektonických jezer Prespa a Ochrid, odkud proniká zejména do jižní části Albánie. V povodí Ochrid -Drin- Skadar systému se obě linie vyskytují sympatricky. Fylogenetická a taxonomická situace rodu Squalius se v této části Balkánu jeví jako zajímavé téma i pro budoucí detailnější studie. Klíčová slova: Squalius, Albánie, cytochrom b, fylogeografie
|
|
Mikrobiota trávicího traktu včel a příbuzného hmyzu a faktory ovlivňující její složení
Hroncová, Zuzana ; Havlík, Jaroslav (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent)
Disertační práce se skládá ze šesti výzkumných kapitol, z nichž pět již bylo publikováno ve vědeckých časopisech, jeden je v oponentském řízení a poslední kapitola představuje originální nepublikovaná data v procesu přípravy rukopisu.
Výzkum prezentovaný v této práci se zabývá složitými mechanismy imunitního systému včel a vos, se zaměřením na mikrobiotu jako součást imunity. Jak je popsáno v úvodu, sociální hmyz, jako včely a čmeláci, hrají klíčovou roli v ekosystémech po celém světě. Nedávné ztráty včel jsou připisovány používání pesticidů, špatné výživě, zvýšenému infekčnímu tlaku a ničení přírodních stanovišť. Během několika posledních let se včelaři i široká veřejnost zabývají úbytky včelstev po celém světě a dožadují se dalšího výzkumu zaměřeného na řešení těchto problémů. Naším hlavním cílem bylo prozkoumat vazby střevní bakteriální populace včel a příbuzných druhů, jejich propojení s imunitou a zjistit možnosti ovlivnění těchto vztahů prostřednictvím suplementace. Součástí cíle bylo charakterizovat střevní mikrobiotu čmeláků a vos pomocí 16S RNA sekvenování, použitého při hledání potenciálně nových bakteriálních druhů.
V práci jsme se snažili objasnit, jak mikrobiom interaguje s hostitelem a prokázat, že hlavní členy těchto komunit ho pozitivně ovlivňují. Bakteriální komunity nacházející se v trávicím traktu včel, jsou ideálním modelem pro zkoumání evolučních a genetických vztahů. Informace založené na našich výsledcích můžou díky objasněným fyziologickým podmínkám v trávicím traktu včel pomoci při vývoji vhodných probiotických preparátů.
|