Original title: Polymorfismus mikrosatelitových markerů u kmenů \kur{Beauveria bassiana}.
Translated title: Polymorphism of microsatellite markers in selected \kur{Beauveria bassiana} strains/isolates
Authors: KRÁLOVÁ, Martina
Document type: Master’s theses
Year: 2010
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
\kur{Beauveria bassiana} je entomopatogenní polyfágní houba, která se běžně vyskytuje v půdě a parazituje na půdním hmyzu, resp. na stádiích hmyzu, jež se vyskytují v půdě. Dnes se používá při ochraně rostlin proti více jak 70 druhům hmyzu. V České republice má \{Beauveria bassiana} nyní největší význam v boji proti lýkožroutu smrkovému \kur{Ips typographus} v Národním parku Šumava. Tato práce byla zaměřena na hodnocení genetické variability kmenů entomopatogenní houby \kur{Beauveria bassiana} na základě analýzy mikrosatelitů a porovnání čtyř separačních metod elektroforézy na 2% agarózovém gelu, elektroforézy na 3% synergelu, čipové elektroforézy a fragmentační analýzy z hlediska nejpřesnější separace PCR produktů. V této studii bylo použito 41 kmenů z NP Šumava a 20 kmenů ze sbírky, označených jako ostatní, kde kromě kmenů odebraných z celého světa, byly zahrnuty i kmeny odebrané z NP Krkonoše a jižní Moravy. Pro analýzu mikrosatelitů bylo použito 11 primerových párů a pro vzájemné porovnání metod byly vybrány pouze 4. Populace kmenů \kur{Beauveria bassiana} odebrána z NP Šumava byla vyhodnocena na základě analýzy mikrosatelitů jako plně konzervativní a uzavřená bez ohledu na zdroj a lokalitu. U kmenů, které byly odebrány z celého světa, se projevila značná genetická variabilita. Z hlediska separace se jako nejlepší a nejvhodnější metoda pro detekci mikrosatelitů osvědčila fragmentační analýza. I přes její náročnou finanční stránku, se ukázala tato metoda jako nejpřesnější a nejcitlivější. Její výhoda spočívá v možnosti detekovat minimální rozdíly ve velikosti jednotlivých alel mikrosatelitů v rozmezí 1-2 bp, což je u gelové elektroforézy nemožné. \kur{Beauveria bassiana} is a entomopathogenic polyphagous fungus commonly found in soil and it is parasite of soil insects, mainly of the stages of insect that occur in soil. At the present time it is used in plant protection against more than 70 species of insects. In the Czech Republic \kur{Beauveria bassiana} has the greatest importance in the fight against bark beetle \kur{Ips typographus} in the NP Šumava in these days. This study was focused on the evaluation of genetic variability \kur{Beauveria bassiana} strains on the basis of microsatellite analysis and the comparison of four separation methods: electrophoresis in 2% agarose gel, electrophoresis in 3% synergel, chip electrophoresis and fluorescent capillary electrophoresis in term of the most precise separation of PCR products. We used 41 strains which were collected in the NP Šumava and 20 strains from long-term collection determined as an exotic in this study. This large geographical scale group contains the strains from whole world and in addition it was upgraded by the strains collected from the NP Krkonoše and South Moravia. For the microsatellite analysis there were used 11 pairs of primers but for inter-comparison of separative methods were chosen only 4 pairs of primers. The population of \kur{Beauveria bassiana} strains collected from the NP Šumava were evaluated by analysis of microsatellites as a conservative and fully closed regardless of the source and the location. The strains from the large geographical scale group showed the great genetic variability. In terms of separation, the best and most suitable separation method was proved, the fluorescent capillary electrophoresis. Despite of its difficult financial aspect, this method was evaluated as the most precise and the most sensitive. Its advantage is in possibility to detect the smallest differences in the length of single allele in the range 1-2 bp, which is for the gel electrophoresis impossible.
Keywords: \kur{Beauveria bassiana}; biological control; chip electrophoresis; entomopathogenic fungus; fluorescent capillary electrophoresis.; gel electrophoresis; microsatellite markers; \kur{Beauveria bassiana}; biologická kontrola; entomopatogenní houba; fragmentační analýza.; gelová elektroforéza; mikrosatelitové markery; čipová elektroforéza
Citation: KRÁLOVÁ, Martina. Polymorfismus mikrosatelitových markerů u kmenů \kur{Beauveria bassiana}.. České Budějovice, 2010. diplomová práce (Ing.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Fakulta zemědělská a technologická

Institution: University of South Bohemia in České Budějovice (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Original record: http://www.jcu.cz/vskp/15262

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-79703


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > University of South Bohemia in České Budějovice
Academic theses (ETDs) > Master’s theses