Original title: Studium ubiquitinace proteinů DELLA
Authors: Breineková, Alžběta
Document type: Master’s theses
Year: 2016
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Posttranslační modifikace (PTM) proteinů reprezentují fascinující rozšíření dynamické komplexity proteomu živých buněk, ale představují i značnou překážku v analýze proteomu. Identifikace a mapování PTM proteinů se výrazně vylepšily, avšak pro pochopení složitých mechanismů a biologických funkcí je třeba zabývat se také proteiny s velmi nízkou abundancí. V této diplomové práci s názvem Studium ubiquitinace proteinů DELLA byl použit standard rekombinantního proteinu. Je tak poukázáno na možnost jeho využití pro determinaci in vivo modifikovaných peptidů rodiny DELLA proteinu RGA. Pro sekvence peptidů byla navržena SRM analýza pro detekci místa ubiquitinace. Výsledky této analýzy a MS/MS dat poukazují na lokalizaci modifikace v konzervované N-terminální oblasti proteinu RGA. Posttranslational modifications (PTMs) of proteins represent fascinating extensions of the dynamic complexity of living cells' proteomes, but also present a solid obstacle in the proteome analysis. Identification and mapping of PTMs in proteins have improved dramatically, but to comprehend complex mechanisms and biological functions, one must address also a very low abundant proteins. Here, in this thesis entitled 'Analysis of DELLA protein ubiquitination' we demonstrate the use of a recombinant protein standard for the determination of in vivo modified peptides of the DELLA family protein RGA. The candidate peptide sequences were targeted in an SRM-based analysis to detect the ubiquitination site and the results of this analysis and that of an MS/MS data processing indicate that the modification is localized in the conserved N-terminal region of RGA protein.
Keywords: DELLA protein; posttranslační modifikace; proteomika; PTM; ubiquitinace

Institution: Mendel University in Brno (web)
Document availability information: Available in the digital repository of Mendel University.
Original record: http://is.mendelu.cz/zp/index.pl?podrobnosti=77528

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-645278


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Mendel University in Brno
Academic theses (ETDs) > Master’s theses