Original title:
Diurnální variace v proteomu rostlin
Authors:
Dobešová, Markéta Document type: Bachelor's theses
Year:
2016
Language:
cze Abstract:
[cze][eng] Proteom je dynamická komponenta buňky, která se neustále mění. Některé z těchto změn se opakují periodicky v závislosti na biorytmech. Pravidelnost těchto změn je udržována pomocí vnitřních hodiny rostlin, regulací genové exprese, translací a degradací těchto proteinů. Tato práce s názvem "Diurnální variace v proteomu rostlin" shrnuje současné znalosti o vnitřních hodinách rostlin a mechanismu cílené degradace proteinů zprostředkovaného proteazomem. V experimentální části byly diurnální variace v proteomu Arabidopsis thaliana analyzovány pomocí LC-MS profilování kontrolních klíčních rostlin (Col-0) a klíčních rostlin transgenní linie Arabidopsis s potlačenou inhibicí proteazomové degradační dráhy. Pro detailnější analýzu bylo vybráno 199 nejvíce abundantních proteinů, z nichž 25% nebylo významně ovlivněno diurnálními rytmy a 72% mělo výrazně odlišnou odpověď v případě inhibice proteazomu.The proteome is dynamic and constantly changing. However, some of these changes will repeat over the period of time due to biorhythms. This periodicity in a protein abundance is maintained by the inner clock and regulation of expression, translation and degradation. This thesis entitled "Diurnal variations in plant proteome" summarizes present-day understanding of the plant inner clock and reviews the mechanisms of proteasome-mediated targeted degradation. In the experimental part, the diurnal variations in proteome of Arabidopsis thaliana were analyzed via an LC-MS profiling of wild-type (Col-0) and transgenic Arabidopsis seedlings with an inhibited proteasome degradation pathway. In total, profiles of 199 most abundant proteins were compared. Out of these 25 % were not significantly affected by diurnal rhythms and 72% had a significantly different response in seedlings with the inhibited proteasome patway.
Keywords:
hmotnostní spektrometrie; inhibice protezomu; LC-MS; proteomika