Original title:
Studium genetické struktury a diverzity různých populací dravců (Falconiformes)
Authors:
Bryndová, Marta Document type: Doctoral theses
Year:
2012
Language:
cze, eng Abstract:
[cze][eng] Hlavním cílem této disertační práce bylo zhodnotit genetickou variabilitu v různých populacích dravců v České republice. Pro izolaci DNA bylo jako alternativní zdroj využito peří. Jako referenční druh byl vybrán sokol stěhovavý (Falco peregrinus) a raroh velký (Falco cherrug), který byl porovnán i se subpopulací žijící na Slovensku. Testování bylo provedeno na základě panelu deseti mikrosatelitů vybraných z literatury. Polymorfnost jednotlivých markerů značně kolísala, lokus NVH fp5 byl nejméně polymorfní (PIC = 0,185 F. p.; PIC = 0,119 F. ch.), v populaci sokola stěhovavého se v tomto lokusu vyskytly nulové alely, proto by bylo vhodné tento lokus pro tento druh z testovaného panelu vyřadit. Mezi jednotlivými subpopulacemi sokola stěhovavého byla genetická diverzita nízká, FST pro populaci žijící v zajetí a ve volné přírodě byl roven 0,025. V případě raroha velkého subpopulace žijící na Slovensku vykazovala průměrnou genetickou diverzitu vyššími hodnotami (0,185 pro subpopulaci žijící v zajetí a 0,126 pro subpopulaci z volné přírody ČR). Všechny subpopulace (kromě muzejních vzorků raroha velkého) byly v Hardy -- Weinbergově rovnováze. Tok genů byl vyšší mezi subpopulacemi sokola stěhovavého než raroha velkého, kde byla zařazena i populace z jiné geografické oblasti. 454 sekvenováním byly získány 3 kompletní sekvence mitochondriální DNA pro sokola stěhovavého, 2 pro raroha velkého a 2 pro raroha loveckého (Falco rusticolus). Nejdelší velikost sekvence mitochondriální DNA pro raroha velkého byla 16 154 bp, pro raroha loveckého 17 239 bp a pro sokola stěhovavého 17 527 bp. Sekvence sokola stěhovavého byla vložena do databáze Genbank pod číslem JX029991. Celomitochondriální sekvence raroha velkého a raroha loveckého nebyly dosud nikde publikovány, proto budou součástí připravovaného rukopisu.The main aim of this thesis was to evaluate the genetic variability in different populations of birds of prey in the Czech Republic. As an alternative source, the feathers were used for the extraction of DNA. The reference species were chosen the Peregrine Falcon (Falco peregrinus) and the Saker Falcon (Falco cherrug), which was also compared with the subpopulation living in Slovakia. Ten microsatellite markers from the literature were tested. Polymorphism of markers varied significantly, locus NVH fp5 was the least polymorphic (PIC = 0.185 F. p; PIC = 0.119 F. ch.). Null alleles were observed in this locus in the Peregrine Falcon population, that is why it should be discarded from the microsatellite panel. The genetic diversity was low among subpopulations of the Peregrine Falcon. FST for the population living in the captivity and living in the wild was 0.025. In the case of the Saker Falcon subpopulation living in Slovakia showed moderate genetic diversity values (0.185 for the subpopulation living in the captivity and 0.126 for the subpopulation living in the wild in the Czech Republic). All subpopulations (except museum specimens of the Saker Falcon) were in Hardy - Weinberg equilibrium. Gene flow was higher among subpopulations of the Peregrine Falcon than the Saker Falcon, where the other population from the different geographical area was also included. 454 sequencing revealed 3 complete mitochondrial DNA sequences of Peregrine Falcons, 2 of Saker Falcons and 2 of Gyrfalcons (Falco rusticolus). The longest sizes were 16,154 bp for the Saker Falcon, 17,239 bp for Gyrfalcon and 17,527 bp for the Peregrine Falcon. Sequence of the Peregrine Falcon was inserted into the Genbank database under accession number JX029991. Whole genome mitochondrial DNA sequences of Saker Falcons and Gyrfalcons have never been published, that is why it will be the part of the new manuscript.
Keywords:
DNA; dravci; genetická diverzita; mikrosatelit; mikrosatelitní markery; raroh velký; sokol stěhovavý
guest ::
