Original title:
Metody frakcionace a obohacování rostlinného proteomu
Authors:
Breineková, Alžběta Document type: Bachelor's theses
Year:
2014
Language:
cze Abstract:
[cze][eng] Proteom je komplexní a dynamická směs proteinů produkovaná organismem. Představuje desítky tisíc různých druhů proteinů a jejich charakterizace je obtížným úkolem i s použitím nejmodernějších technik. Tato bakalářská práce s názvem ,,Metody frakcionace a obohacování rostlinného proteomu" je zaměřena na rostlinnou proteomiku a přístupy, které mohou zlepšit detekční limity a zvýšit pokrytí proteomu. V experimentální části byl analyzován proteom modelové rostliny huseníčku rolního (Arabidopsis thaliana). Testované techniky zahrnují hrubé frakcionace na úrovni pletiv, subcelulární frakcionaci a separace na úrovni proteinů. Nakonec byly sady vzorků analyzovány prostřednictvím LC-MS a byla optimalizována metoda analýzy peptidů. Kombinace výsledků z jednotlivých LC-MS analýz odhalilo více než 4900 identifikovaných proteinů huseníčku rolního (Arabidopsis thaliana) (FDR< 1%). Z tohoto počtu bylo 248 detekováno pouze v ekvalizovaném proteomu. Výsledky této práce pomohly vytvořit robustní analytickou metodu, která bude využita v dalším výzkumu rostlinného proteomu na MENDELU.The proteome is a complex and dynamic mixture of proteins produced by an organism. It represents tens of thousands different protein species and its characterization is a difficult task even with state-of-the-art techniques. This thesis entitled "Methods for plant proteome fractionation and enrichment" is focused on plant proteomics and approaches that can improve detection limits and increase proteome coverage. In the experimental part, model plant Arabidopsis thaliana proteome was analysed. The tested techniques include crude fractionations on the tissue level, a subcellular fractionation, and separations on the protein level. Finally, sets of samples were analysed via LC-MS and the method for peptide analysis was optimized. Combining the LC-MS datasets revealed more than 4900 identified Arabidopsis proteins (FDR<1%). Of these, 248 were detected only in equalized proteome. The results of this work helped to establish a robust proteome analysis workflow that will be implemented in plant proteome research at MENDELU.
Keywords:
hmotnostní spektrometrie; proteins; proteomika