Original title: Predikce efektu bodových mutací na interakci proteinu s nukleovými kyselinami
Translated title: Prediction of effects of single point mutations on protein-nucleic acids interactions
Authors: Štěpánková, Věra Tereza ; Novotný, Marian (advisor) ; Neuwirthová, Tereza (referee)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2024
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Bodové mutace jsou nejčastějším typem mutací a mnohé z nich mohou mít patogenní efekt, je proto užitečné umět kvalitně a efektivně predikovat jejich vliv na daný protein, a právě proteiny interagující s nukleovými kyselinami jsou nezbytné pro většinu buněčných procesů. Pokrok ve výpočetních metodách a strojovém učení umožňuje vývoj stále kvalitnějších nástrojů pro predikci vlivu mutací na proteiny. Důležitou kategorií těchto prediktorů jsou nástroje pro predikci vlivu bodových mutací na interakce proteinů s nukleovými kyselinami. Tato práce se zaměřuje na aktuálně dostupné prediktory vlivu missense mutací na protein-NK interakce, které predikují kvantitativní změnu afinity proteinu a nukleové kyseliny a na základě této změny odhadují závažnost mutace. Pozornost je též věnována způsobům hodnocení kvality predikcí jednotlivých nástrojů. Klíčová slova: bodová mutace, predikce, interakce, mechanismus Single point mutations are the most common type of mutations and many of them can have pathogenic effects, it is therefore useful to be able to correctly and effectively predict their impact on a given protein. Proteins interacting with nucleic acids are essential for most cellular processes. Progress in computational methods and machine learning enables the development of increasingly high-quality tools for predicting the effect of mutations on proteins. An important category of these predictors are tools for predicting the effect of single point mutations on protein interactions with nucleic acids. This thesis focuses on currently available tools for prediction of missense mutation effect on protein-NA interactions, which predict quantitative changes in protein and nucleic acid affinity and estimate the severity of the mutation based on this change. Attention is also paid to methods for evaluating the quality of predictions of individual tools. Keywords: point mutation, prediction, interaction, mechanism
Keywords: interaction; mechanism; point mutation; prediction; bodová mutace; interakce; mechanismus; predikce

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/190015

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-620662


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses