Original title: Testování a optimalizace postupů pro odstraňování kontaminujících látek během izolace DNA z květů ibišku
Translated title: Testing and optimization of protocols for removal of contaminants during DNA isolation from hibiscus blossoms
Authors: Brabcová, Martina ; Kubalová, Michaela (referee) ; Fialová, Lenka (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2024
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract: [cze] [eng]
Ibišek súdánský (Hibiscus sabdariffa) je hojně využívaná rostlina v potravinářském průmyslu, zejména při výrobě čajů. Květ ibišku je bohatý na polyfenolické látky, které jsou velkým problémem při izolaci DNA. Práce se zabývá úpravou izolačního CTAB protokolu k zajištění dostatečné koncentrace a čistoty pro amplifikaci. DNA izolovaná dle CTAB protokolu neposkytla dostatečnou koncentraci a čistotu pro amplifikaci kvůli vysoké kontaminaci polyfenolickými látkami. K odstranění byl navrhnut postup s dvojitou inkubací rostlinné tkáně v CTAB pufru s 3% obsahem polyvinylpyrrolidonu (PVP). Tyto izoláty byly úspěšně amplifikovány. Dále byl sledován vliv koncentrace PVP (1-5 %) v CTAB pufru na koncentraci a čistotu izolované DNA. Výsledky PCR ukázaly, že dvojitá inkubace s CTAB pufrem měla větší vliv na odstranění polyfenolických látek, než změna koncentrace PVP. Modifikovaný izolační protokol byl následně úspěšně využit i k izolaci amplifikovatelné DNA z komerčních čajových směsí. The Roselle (Hibiscus sabdariffa) is a widely used plant in food industry, especially in tea production. The hibiscus flower is rich in polyphenolic substances, which are a major problem in DNA isolation. This work deals with the modification of the CTAB isolation protocol to ensure concentration and purity of DNA sufficient for its amplification. DNA isolated according to the CTAB protocol did not have sufficient concentration and purity for amplification due to high contamination with polyphenolic substances. A procedure with double incubation of plant tissue in CTAB buffer containing 3% polyvinylpyrrolidone (PVP) was proposed to remove it. These isolates were successfully amplified. The effect of PVP concentration (1-5%) in CTAB buffer on the concentration and purity of isolated DNA was also investigated. PCR results showed that double incubation with CTAB buffer had a greater effect on the removal of polyphenolic compounds than changing the PVP concentration. Subsequently, the modified isolation protocol was also successfully used to isolate amplifiable DNA from commercial tea blends.
Keywords: DNA isolation; flavonoids; polymerase chain reaction (PCR); polyphenolic contamination; Roselle; flavonoidy; Ibišek súdánský; izolace DNA; polyfenolická kontaminace; polymerázová řetězová reakce (PCR)

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: https://hdl.handle.net/11012/246419

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-619001


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses