Original title:
Optimalizace metod detekce mykovirů získaných analýzou NGS dat
Translated title:
Optimization of mycovirus detection methods obtained from NGS data analysis
Authors:
PÍCHALOVÁ, Barbora Document type: Master’s theses
Year:
2024
Language:
cze Abstract:
[cze][eng] Celosvětově známým patogenem jsou houby z rodu Armillaria způsobující onemocnění armillaria root disease vyznačující se napadením kořenového systému dřevin, vylamováním bazální části a rozvojem bělavého syrrocia pod kůrou stromů. Při výzkumu tohoto onemocnění bylo již publikováno několik genomových sekvencí mykovirů včetně virů z čeledi Mymonoviridae, Botourmiaviridae, Partitiviridae, Virgaviridae a nově popsané skupiny virů s názvem ambi-like viry. In silico analýzou sekvencí virů získaných pomocí metod NGS byly v izolátech Armillaria spp. z České republiky popsány kromě ambi-like virů a partitivirů i dosud neobjevené viry v tomto rodu a to beny-like viry. Pro potvrzení přítomnosti beny-like virů in vitro byla použita metoda reverzní transkripce s následnou PCR. Celková RNA byla izolována pomocí komerčního kitu a její přítomnost ve vzorcích byla potvrzena elektroforeticky. K navržení trojice primeru Beny F1 a Beny R1, Beny F2 a Beny R2 a BV1 F a BV1 R byla využita sekvence získaná pomocí sekvenační platformy NovaSeq 6000 systému Illumina, ve které byly navrženy potenciální ORF. Primery byly cíleny na nejdelší úsek ORF kódující RdRp, který je nejvíce konzervovaným genem v RNA virech. Úsek DNA získaný reverzní transkripcí byl amplifikován metodou PCR s následnou reamplifikací a na závěr byly vzorky byly vyhodnoceny elektroforeticky na přítomnost ssRNA virů. One well-known pathogenic fungus Armillaria causing Armillaria root disease which is characterised by infecting the root system of woody plants, resulting in basal decay and the development of a white syrrocium under the bark of trees. Several genome sequences of mycoviruses have already been published in research on this disease, including viruses from the Mymonoviridae, Botourmiaviridae, Partitiviridae, Virgaviridae as well as a newly described group of viruses known as ambi-like viruses. In this study, alongside ambi-like viruses and partitiviruses, by in silico analysis of virus sequences obtained via NGS methods unveiles the identification of previously unknown beny-like viruses within Armillaria spp. from the Czech Republic. To confirm the presence of beny-like viruses in vitro, reverse transcription with PCR was used. Total RNA was isolated using a commercial kit and its presence in the samples was confirmed electrophoretically. The sequence obtained using the Illumina system's NovaSeq 6000 sequencing platform was used to design the triple pairs of primers Beny F1 and Beny R1, Beny F2 and Beny R2, and BV1 F and BV1 R, in which potential ORFs were designed. The primers were designed to target the longest ORF encoding RdRp, the most conserved gene in RNA viruses. The DNA fragment obtained by reverse transcription was amplified by PCR followed by reamplification. Finally the samples were evaluated electrophoretically for the presence of viral single-stranded RNA.
Keywords:
Armillaria; Benyviridae; Mycoviruses; NGS; RNA-Seq; Armillaria; Benyviridae; Mykoviry; NGS; RNA-Seq Citation: PÍCHALOVÁ, Barbora. Optimalizace metod detekce mykovirů získaných analýzou NGS dat. České Budějovice, 2024. diplomová práce (Ing.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Fakulta zemědělská a technologická
Institution: University of South Bohemia in České Budějovice
(web)
Document availability information: Fulltext is available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Original record: http://www.jcu.cz/vskp/71264